使用haploview进行LD分析

 

001、

软件官网：https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview

 

 

 

002、测试数据

root@PC1:/home/test# ls
outcome.map  outcome.ped
root@PC1:/home/test# ls
outcome.map  outcome.ped                 ## 使用plink软件转换数据为 haploview需要的格式
root@PC1:/home/test# plink --file outcome --chr 1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode HV --out test 1> /dev/null
root@PC1:/home/test# ls                  ## 测试结果文件
outcome.map  outcome.ped  test.chr-1.info  test.chr-1.ped  test.log  test.nosex

 

003、可以根据下面的选项设置不同的过滤标准

 

 

 出现如下界面：

 

 

 

003、LD、plot（出现三角不完整的原因是因为设定分析的最大距离计算LD导致的，默认500kb）

 

 

 004、导出LD分析结果

a、

 

 

b、

 

 

c、

 

 

d、

 

 

005、查看结果