使用liftOver进行不同版本参考基因组坐标的转换

 

使用liftover进行不同版本参考基因组坐标的转换

 

001、软件下载

 https://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

 

002、chain文件下载

 https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html

 

以绵羊为例：

a、选择哺乳动物

 

b、 多个参考基因组可供选择

 

c、下载chain文件

 

003、bed文件

 可以由vcf文件生成bed文件，命令如下：

awk '{print "chr"$1, $2 - 1, $2}' test.vcf > test.bed

(base) [b20223040323@admin2 04_data_dealwith]$ head test.bed
chr1 1077 1078
chr1 1104 1105
chr1 1132 1133
chr1 1148 1149
chr1 1153 1154
chr1 1174 1175
chr1 1193 1194
chr1 1300 1301
chr1 1418 1419
chr1 1522 1523

 

 

004、坐标转换

liftOver test.bed oviAri4ToGCF_016772045.1.over.chain.gz map.bed unmap.bed

map.bed表示转换成功的位点。

unmap.bed 表示转换失败的位点。

。