R语言绘制单倍型热图

 

001、 将vcf数据转换为绘图格式，每个基因型转换为单个数值-1~2。

vcftools --vcf file.vcf --chr 1 --from-bp 40000 --to-bp 60000--012 --out chr12_region

 

002、绘图：

dat <- read.table("chr12_region.012")                                  ## 绘图数据
colnames(dat) <- c("samples", paste0("v", 1:(ncol(dat) -1)))           ## 修改列名
rownames(dat) <- NULL

library(tidyr)
dat2 <- pivot_longer(dat,                                             ## 宽格式转换为长格式数据，指定第一列为samples                          
             cols      = -samples,
             names_to  = "columns",
             values_to = "values"
)

genotype_colors <- c("-1" = "#E5F5E0", "0"="#FFFFFF", "1"="#6baed6", "2"="#c6dbef")     ## 对四种基因型值定义颜色

dat3 <- dat2 %>% mutate(
  samples = factor(samples, levels = dat$samples),
  values = factor(as.character(values), levels = names(genotype_colors))                ##： 设置绘图顺序
)

library(ggplot2)
ggplot(dat3, aes(x = columns, y = samples, fill = values)) +                            ## 绘图
  geom_tile(color = "gray", size = 0.1) +
  scale_fill_manual(
    values = genotype_colors
  ) 

。

 

reference:

01、https://mp.weixin.qq.com/s/2qOCNV9ogWJh904QubPMVw