Linux 中 基因组数据基于IBS矩阵构建邻接树

 

Linux 中 基因组数据基于IBS矩阵构建邻接树

 

001、 plink计算ibs矩阵

plink --file outcome --distance 1-ibs flat-missing --out ibs

 

 

 002、 转换为meg格式

echo -e '#Mega\n!ibsmat' | cat - <(awk '{print "#"$2}' ibs.mdist.id) | cat - ibs.mdist > test.meg

 

003、megacc计算

megacc -a infer_NJ_distances.mao -d test.meg -o test

。

 

004、结果文件

 。