busco软件的安装以及使用
001、busco软件的安装以及使用
conda create --name busco conda activate busco conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.6.0
002、测试效果
busco --version
003、测试计算:
a、
busco -i GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb_v3.0_genomic.fna -l mammalia_odb10 -o busco_result -m genome --cpu 12
。
b、 使用绵羊 Ramb_v3.0测试
busco -i GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb_v3.0_genomic.fna -r -f -l mammalia_odb10 -o busco_result -m genome --cpu 12 --offline
。
数据库地址:https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/
reference:
01、https://blog.csdn.net/weixin_44874487/article/details/139160524
02、https://zhuanlan.zhihu.com/p/14940558255