busco软件的安装以及使用

 

001、busco软件的安装以及使用

conda create --name  busco
conda activate  busco
conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.6.0

 

002、测试效果

busco --version

 

003、测试计算：

a、

busco -i GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb_v3.0_genomic.fna -l mammalia_odb10 -o busco_result -m genome --cpu 12

。

 

b、 使用绵羊 Ramb_v3.0测试

busco -i GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb_v3.0_genomic.fna -r -f -l mammalia_odb10 -o busco_result -m genome --cpu 12 --offline

 

。

 

数据库地址：https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/ 

 

reference:

01、https://blog.csdn.net/weixin_44874487/article/details/139160524

02、https://zhuanlan.zhihu.com/p/14940558255