重测序数据分析中vcf文件ALT列出现星号*的原因

 

001、原因：二倍体生物，一条染色体的在该位置有碱基，另一条染色体该位置缺失，用*号代替该位置，表示不确定，非特定等位基因

 

在vcf文件中,正常的表示表示0/0， 0/1， 1/1三种基因型；  如果包含这种不确定的碱基，则会出现2的情况，因此下游分析中通常直接删除掉。

 

ref:

01、https://www.omicsclass.com/question/2230

02、https://blog.csdn.net/weixin_41772125/article/details/109290105