随笔分类 - 生信
摘要：001、问题 Can't locate Env.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-4.1.0]# yum -y insta
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-4.1.0]# yum -y install perl-devel 参考：https://www.likecs.com/ask-702675.html 。
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install bzip2* 参考：https://blog.csdn.net/weixin_34381687/article/details/92282774
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum install zlib-devel -y 参考：http://blog.chinaunix.net/uid-20344928-id-5751083.html
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摘要：001、问题 002、解决方法 (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install boost boost-devel (base) [root@pc1 MaSuRCA-3.3.1]# yum -y install gcc-c++.x86_64 gperf
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摘要：001、.condarc 存在于个人用户的家目录下, 在初次安装完conda并不会生成，在运行完conda config后才会生成 (base) [root@pc1 ~]# cd ~ ## 回到用户个人家目录 (base) [root@pc1 ~]# ls ## 列出文件 anaconda3 Des
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摘要：查看镜像、添加镜像、删除镜像 001、查看镜像源 a、 (base) [root@pc1 test1]# conda config --show channels ## 查看镜像源 channels: - defaults b、 (base) [root@pc1 ~]# conda config #
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摘要：001、列出环境 (base) [root@pc1 home]# conda env list ## 列出环境 # conda environments: # base * /root/anaconda3 (base) [root@pc1 home]# conda info --env ## 列出环
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摘要：001、问题：conda创建python环境遇到如下问题： Collecting package metadata (current_repodata.json): | DEBUG:urllib3.connectionpool:Starting new HTTPS connection (1): r
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摘要：建库过程PCA扩增过程中引入重复序列，会对变异检测结果产生影响，重复的DNA片段会比对到参考基因组的相同位置，根据这一特点来进行去重复。 001、gatk（picard标记重复） gatk MarkDuplicates -I sample01.sorted.bam -O sample01.sorte
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摘要：001、 01、bwa index x.fa： 对参考基因组构建索引，这其实是在为参考序列进行Burrows Wheeler变换（wiki: 块排序压缩），以便能够在序列比对的时候进行快速的搜索和定位。 02、samtools sort： 因为测序的reads是无序的，比对生成的sam/bam文件也
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摘要：001、 测序时，DNA片段被打断，但是打断的片段仍然很长。 二代测序的读长短，为了更多的获取同一个DNA片段上的信息，因此出现了从两端测序，尽可能多的捕获这个DNA片段的信息。 002、尽管两个read的长度之和为200bp，仍然无法将DNA片段测通，但是另外DNA片段起始点可能位于如下的DNA片
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摘要：001、 bwa mem -t 4 -k 32 -M -R "@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name" reference.fna sm.clean.1.fastq.gz sm.clean.2.fastq.gz | samtools
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摘要：001、 按照默认方式排序，并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序，并输出bam amtools sort -n -o output.bam input.bam 。
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摘要：001、下载 官网：http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic 下载0.39版本： 002、上传至linux 中，然后解压 [root@pc1 software]# ls ## 列出安装包 Trimmomatic-0.39.zip [root@pc1
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt test.sh [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 ATCCAGCT GGGCAACT ATGGATCT AAGCAACC TTGGAACT ATGCCATT ATGGCACT [root@pc1
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摘要：001、 [root@pc1 test02]# ls a.fa test.py [root@pc1 test02]# cat a.fa ## 测试fasta >Rosalind_1 ATCCAGCT >Rosalind_2 GGGCAACT >Rosalind_3 ATGGATCT >Rosalin
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