生信 - 随笔分类(第19页) - 小鲨鱼2018

python 中 pyfaidx 模块统计fasta文件每一条染色体的长度

摘要：001、python版本和 pip版本 a、python版本 [root@PC1 pip]# python --version Python 3.11.3 b、pip版本 [root@PC1 Python-3.11.3]# pip --version pip 23.1.2 from /usr/lo 阅读全文

posted @ 2023-05-15 23:11 小鲨鱼2018 阅读(80) 评论(0) 推荐(0)

ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

摘要：001、在利用python2.7环境下利用pip安装pyfaidx模块时报如下错误： ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command out 阅读全文

posted @ 2023-05-15 23:00 小鲨鱼2018 阅读(1419) 评论(0) 推荐(0)

seqkit 软件的安装

摘要：001 下载静态软件 wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.4.0/seqkit_linux_amd64.tar.gz 002、解压 tar -xzvf seqkit_linux_amd64.tar.gz 003 阅读全文

posted @ 2023-05-15 12:43 小鲨鱼2018 阅读(821) 评论(0) 推荐(0)

NCBI中根据sra号下载数据

摘要：001、如果可行，最方便，直接生成fastq格式数据 fastq-dump --split-files SRR1770413 002、 a、下载sra格式数据 prefetch SRR1770413 b、转换为fastq格式 fastq-dump --gzip --split-files SRR1 阅读全文

posted @ 2023-05-14 23:32 小鲨鱼2018 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

linux 中创建环境变量若干方法

摘要：001、直接修改PATH环境变量 [root@PC1 plink]# ls ## 软件目录 LICENSE plink plink_linux_x86_64_20230116.zip prettify toy.map toy.ped [root@PC1 plink]# pwd ## 路径 /home 阅读全文

posted @ 2023-05-12 16:40 小鲨鱼2018 阅读(129) 评论(0) 推荐(0)

centos中 hisat2 软件的安装

摘要：001、下载安装包 [root@PC1 hisat2]# wget https://github.com/DaehwanKimLab/hisat2/archive/refs/tags/v2.2.1.tar.gz 002、 tar -xavf v2.2.1.tar.gz ## 解压 cd hisat 阅读全文

posted @ 2023-05-09 18:01 小鲨鱼2018 阅读(296) 评论(0) 推荐(0)

linux 中使用alias命令创建环境变量

摘要：001、创建前 [root@PC1 hiblup]# ls hiblup hiblup_1.3.1_linux_x86_64_20230220.tar.gz hiblup.log [root@PC1 hiblup]# hiblup ## 测试hiblup命令 bash: hiblup: comman 阅读全文

posted @ 2023-05-07 11:27 小鲨鱼2018 阅读(280) 评论(0) 推荐(0)

Hmisc 包的安装

摘要：001、 #Hmisc package_url="https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Hmisc/Hmisc_4.8-0.tar.gz" install.packages(package_url, repos = NULL, type = ' 阅读全文

posted @ 2023-05-05 20:44 小鲨鱼2018 阅读(1184) 评论(0) 推荐(0)

gtfToGenePred 命令的安装

摘要：001、 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ 阅读全文

posted @ 2023-05-05 16:08 小鲨鱼2018 阅读(334) 评论(0) 推荐(0)

delly软件的安装

摘要：001、直接下载静态执行程序 github地址： wget https://github.com/dellytools/delly/releases/download/v1.1.6/delly_v1.1.6_linux_x86_64bit 002、添加执行权限 chmod +x delly_v1.1 阅读全文

posted @ 2023-04-29 12:10 小鲨鱼2018 阅读(282) 评论(0) 推荐(0)

ReadAlignChunk_processChunks.cpp:204:processChunks EXITING because of FATAL ERROR in input reads: wrong read ID line format

摘要：001、 star报错 002、解决方法 fastq文件为压缩格式，运行时需添加该参数： --readFilesCommand zcat 阅读全文

posted @ 2023-04-29 11:06 小鲨鱼2018 阅读(653) 评论(0) 推荐(0)

kallisto 软件的安装

摘要：01、 conda install kallisto -c bioconda 02、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin# kallisto --help | head Error: invalid command --help kallisto 0.4 阅读全文

posted @ 2023-04-28 23:58 小鲨鱼2018 阅读(237) 评论(0) 推荐(0)

stringtie 软件的安装

摘要：001、conda直接安装 conda install -c bioconda stringtie 002、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin# ./stringtie --help | head StringTie v2.1.7 usage: str 阅读全文

posted @ 2023-04-28 23:52 小鲨鱼2018 阅读(1029) 评论(0) 推荐(0)

featurecounts软件的安装

摘要：001、官网：https://subread.sourceforge.net/ 下载： 02、解压 tar -xzvf subread-2.0.5-Linux-x86_64.tar.gz 03、进入以下目录： cd subread-2.0.5-Linux-x86_64/ 04、调用测试 ./fea 阅读全文

posted @ 2023-04-28 21:20 小鲨鱼2018 阅读(729) 评论(0) 推荐(0)

/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory

摘要：01、问题 02、解决方法 a、 root@DESKTOP-A31BQ38:/home/software/gatk-4.4.0.0# which python3 ## 确定已经安装python; 或者执行 which python，输出python可调用路径 /usr/bin/python3 b、阅读全文

posted @ 2023-04-28 21:03 小鲨鱼2018 阅读(666) 评论(0) 推荐(0)

DESeq2包安装

摘要：001、 library(BiocManager) BiocManager::install("DESeq2") 阅读全文

posted @ 2023-04-26 11:43 小鲨鱼2018 阅读(681) 评论(0) 推荐(0)

readfq 软件的安装统计 reads的数目及碱基数目

摘要：01、下载 git clone https://github.com/billzt/readfq.git 02、编译 gcc -o kseq_fastq_base kseq_fastq_base.c -lz 03、统计fastq文件的reads数目和碱基数目 #!/bin/bash for i in 阅读全文

posted @ 2023-04-26 08:52 小鲨鱼2018 阅读(483) 评论(0) 推荐(0)

使用conda 安装lumpy软件

摘要：001、安装 conda create -n Py27 python=2.7 conda activate Py27 conda install -c bioconda lumpy-sv conda install -c bioconda samblaster 002、版本测试 (Py27) ro 阅读全文

posted @ 2023-04-25 14:53 小鲨鱼2018 阅读(599) 评论(0) 推荐(0)

ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts

摘要：01、报错如下： 02、解决方法： python -m pip install --upgrade pip 阅读全文

posted @ 2023-04-24 16:08 小鲨鱼2018 阅读(1097) 评论(0) 推荐(0)

multiqc软件的安装

摘要：001、 pip install multiqc 002、测试版本 multiqc --version 阅读全文

posted @ 2023-04-24 16:04 小鲨鱼2018 阅读(294) 评论(0) 推荐(0)

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