shell中实现DNA序列一致性计算

 

001、

[root@pc1 test02]# ls
a.txt  test.sh
[root@pc1 test02]# cat a.txt            ## 测试数据
ATCCAGCT
GGGCAACT
ATGGATCT
AAGCAACC
TTGGAACT
ATGCCATT
ATGGCACT
[root@pc1 test02]# cat test.sh          ## 测试脚本
#!/bin/bash

for i in $(seq $(awk 'NR == 1{print length}' a.txt))
do
        cut -c $i a.txt | awk  '{ay[$1]++} END {max = 0; for (i in ay) {if(ay[i] > max){max = ay[i]; a = i}}; printf("%s", a)}'
done
printf "\n"
[root@pc1 test02]# bash test.sh         ## 计算结果
ATGCAACT

 

 

002、

[root@PC1 test01]# ls
a.fa  test.sh
[root@PC1 test01]# cat a.fa     ## 测试数据
>Rosalind_1
ATCCAGCT
>Rosalind_2
GGGCAACT
>Rosalind_3
ATGGATCT
>Rosalind_4
AAGCAACC
>Rosalind_5
TTGGAACT
>Rosalind_6
ATGCCATT
>Rosalind_7
ATGGCACT
[root@PC1 test01]# cat test.sh    ## 测试程序
#!/bin/bash

length=$(awk 'NR == 2 {print length}' a.fa)

for i in $(seq $length)
do
        grep -v "^>" a.fa | cut -c $i | awk '{ay[$0]++} END {OFS = "\t";max = 0; for (i in ay) {if(ay[i] > max) {max = ay[i]; tag = i}}; printf("%s",tag)}'
done
printf "\n"
[root@PC1 test01]# bash test.sh    ## 执行程序
ATGCAACT

 

。