生信 - 随笔分类(第18页) - 小鲨鱼2018

centos 7中利用conda 安装busco

摘要：001、利用conda创建py3.7环境，并进入pyt3.7环境 conda create -n busco-py3.7 python=3.7 conda activate busco-py3.7 002、利用conda安装busco conda install -c conda-forge -c 阅读全文

posted @ 2023-06-21 21:28 小鲨鱼2018 阅读(394) 评论(0) 推荐(0)

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

摘要：001、问题 002、解决方法 [root@PC1 test4]# which samtools /root/anaconda3/bin/samtools [root@PC1 test4]# cd /root/anaconda3/lib [root@PC1 lib]# [root@PC1 lib]# 阅读全文

posted @ 2023-06-19 00:14 小鲨鱼2018 阅读(333) 评论(0) 推荐(0)

fatal: unable to access 'https://github.com/JiangYuLab/CNVcaller.git/': TCP connection r

摘要：001、git clone报错 002、解决方法进入github官网，搜索该项目 003、上传至linux、解压 [root@PC1 test2]# unzip CNVcaller-master.zip 阅读全文

posted @ 2023-06-15 22:02 小鲨鱼2018 阅读(46) 评论(0) 推荐(0)

linux 中配置根据ssh链接下载项目

摘要：001、在linux终端生成公钥 [root@PC1 test2]# ssh-keygen -t rsa ## 一直回车 002、查看公钥 [root@PC1 test2]# cat ~/.ssh/id_rsa.pub ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQCv 阅读全文

posted @ 2023-06-15 21:51 小鲨鱼2018 阅读(210) 评论(0) 推荐(0)

使用hiblup计算个体杂合率和个体纯合率

摘要：001、计算纯合率 (base) [root@PC1 test]# ls outcome.bed outcome.fam outcome.map outcome.ped outcome.bim outcome.log outcome.nosex (base) [root@PC1 test]# (ba 阅读全文

posted @ 2023-05-28 16:24 小鲨鱼2018 阅读(160) 评论(0) 推荐(0)

使用hiblup计算基因频率和基因型频率

摘要：001、测试数据 (base) [root@PC1 test]# ls ## 测试数据， plink格式 outcome.map outcome.ped (base) [root@PC1 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 s 阅读全文

posted @ 2023-05-28 16:16 小鲨鱼2018 阅读(229) 评论(0) 推荐(0)

vcftools中 --max-missing 参数

摘要：--max-missing 参数表示：最大的丢失率不超过 1-xxxx。 (base) [root@PC1 test]# ls outcome.map outcome.ped outcome.vcf (base) [root@PC1 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 5 阅读全文

posted @ 2023-05-28 12:34 小鲨鱼2018 阅读(997) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中singularity的安装

摘要：001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、安装依赖 [root@PC1 software]# yum install -y gcc libuuid-deve 阅读全文

posted @ 2023-05-23 00:42 小鲨鱼2018 阅读(596) 评论(0) 推荐(0)

centos7中 micromamba的安装与使用

摘要：官网：https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html 001、系统 [root@PC1 ~]# cat /etc/system-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、使用sh 阅读全文

posted @ 2023-05-22 22:25 小鲨鱼2018 阅读(995) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中 mamba的安装

摘要：001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载安装包 [root@PC1 software]# wget https://github.com/conda- 阅读全文

posted @ 2023-05-22 17:03 小鲨鱼2018 阅读(734) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中安装bamba

摘要：001、测试命令 [root@PC1 test]# bamba bash: bamba: command not found... 002、内核 [root@PC1 test]# uname -a Linux PC1 3.10.0-957.el7.x86_64 #1 SMP Thu Nov 8 23 阅读全文

posted @ 2023-05-21 12:22 小鲨鱼2018 阅读(74) 评论(0) 推荐(0)

使用docker 安装 smoove

摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker image ls REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE 002、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker search smoove 003、 [liujiaxin01@PC1 ~] 阅读全文

posted @ 2023-05-20 13:59 小鲨鱼2018 阅读(178) 评论(0) 推荐(0)

permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.sock: Get "http://%2Fvar%2Frun%2Fd dial unix /var/run/docker.sock: connect: permission denied

摘要：001、普通用户操作docker遇到如下问题 permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.sock: Get "http://%2Fvar%2Frun% 阅读全文

posted @ 2023-05-20 13:41 小鲨鱼2018 阅读(345) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中安装 docker并配置阿里镜像加速器

摘要：001、系统内核 [root@PC1 test01]# uname -a Linux PC1 3.10.0-957.el7.x86_64 #1 SMP Thu Nov 8 23:39:32 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 002、删除旧版本的docke 阅读全文

posted @ 2023-05-20 13:24 小鲨鱼2018 阅读(398) 评论(0) 推荐(0)

centos7中使用docker安装 smc++

摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker search smcpp 002、pull [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker run --rm -v $PWD:/mnt terhorst/smcpp:latest 003、列出镜像 [liujiaxin01@P 阅读全文

posted @ 2023-05-20 01:12 小鲨鱼2018 阅读(518) 评论(0) 推荐(0)

centos7中MSMC软件安装

摘要：一、编译安装 001、安装D语言编译器 https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17416628.html 002、安装GNU Scientific library（是一个 C 写成的用于科学计算的库，有超过1000个函数） [root@PC1 softwar 阅读全文

posted @ 2023-05-20 00:18 小鲨鱼2018 阅读(161) 评论(0) 推荐(0)

docker 中软件的调用

摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker image ls REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE ezlabgva/busco v5.4.7_cv1 a8c866d3a435 2 weeks ago 2.36GB brentp/smoove 阅读全文

posted @ 2023-05-19 11:42 小鲨鱼2018 阅读(38) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu22.04 中安装busco

摘要：https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html#conda-package 001、 conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.4.7 阅读全文

posted @ 2023-05-17 23:52 小鲨鱼2018 阅读(166) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中安装 busco

摘要：001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、python版本 [root@PC1 software]# python3 --version Python 3. 阅读全文

posted @ 2023-05-17 23:33 小鲨鱼2018 阅读(151) 评论(0) 推荐(0)

conda 中列出已经创建的环境、进入及退出

摘要：001、列出所有环境 [root@PC1 software]# conda info -e # conda environments: # base * /root/anaconda3 busco-py3.7 /root/anaconda3/envs/busco-py3.7 002、进入指定环境 [ 阅读全文

posted @ 2023-05-17 21:36 小鲨鱼2018 阅读(426) 评论(0) 推荐(0)

小鲨鱼2018

随笔分类 - 生信

公告