linux 中 trimmomatic软件的安装及使用

 

001、下载

官网：http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic

 

下载0.39版本：

 

002、上传至linux 中，然后解压

[root@pc1 software]# ls              ## 列出安装包
Trimmomatic-0.39.zip
[root@pc1 software]# unzip Trimmomatic-0.39.zip         ## 解压
Archive:  Trimmomatic-0.39.zip
   creating: Trimmomatic-0.39/
  inflating: Trimmomatic-0.39/LICENSE
  inflating: Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar
   creating: Trimmomatic-0.39/adapters/
  inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/NexteraPE-PE.fa
  inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq2-PE.fa
  inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq2-SE.fa
  inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE-2.fa
  inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE.fa
  inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-SE.fa
[root@pc1 software]# cd Trimmomatic-0.39/         ## 进入解压目录
[root@pc1 Trimmomatic-0.39]# ls                   ## 可执行java程序
adapters  LICENSE  trimmomatic-0.39.jar

 

 

003、使用方法，trimmomatic软件的使用需要java环境

java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -threads 4 test_1.fastq.gz test_2.fastq.gz -baseout test_trim.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:1 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50

01、trimmomatic-0.39.jar：主程序
02、PE：表示双端测序
03、-threads 4： 指定线程数
04、test_1.fastq.gz test_2.fastq.gz：测试fastq文件
05、-baseout： 指定输出文件
06、ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa：指定接头序列
07、2:30:10:1： 2表示最大的mismatch数目； 30表示palindrone模式下碱基的匹配阈值；10表示simple模式下碱基的匹配阈值；1表示
palindrone模式允许切除的最短接头序列为1bp（模式为8bp）
08、LEADING:20  表示切除read 5'端碱基质量低于20的碱基
09、TRAILING:20  表示切除read 3'端碱基质量低于20的碱基
010、SLIDINGWINDOW:4:15  表示以4个碱基为窗口进行滑动，切除窗口内碱基平均质量小于15的
011、MINLEN:50： 丢弃以上步骤处理后序列长度小于50的reads
012、-phred33: 指定fastq的质量值编码格式，如果不设置这个参数，软件会自动判断输入文件是哪种格式（v0.32之后的版本）；如果不确定，可以不设置这参数；


004、结果文件

结果文件一共输出4个文件；
test_paired_r1.clean.fastq.gz
test_unpaired_r1.clean.fastq.gz
test_paired_r2.clean.fastq.gz
test_unpaired_r2.clean.fastq.gz

其中 test_paired_r1.clean.fastq.gz 和 test_paired_r2.clean.fastq.gz 为质控后剩余的成对的reads;

test_unpaired_r1.clean.fastq.gz 为 read1中剩余的单个read；

test_unpaired_r2.clean.fastq.gz 为 read2中剩余的单个read；