生信 - 随笔分类(第17页) - 小鲨鱼2018

centos7中 aspera软件的安装

摘要：01、系统 [root@PC1 home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 02、conda安装 [root@PC1 test]# conda install -c hcc aspera-cli -y 03、阅读全文

posted @ 2023-07-21 17:44 小鲨鱼2018 阅读(141) 评论(0) 推荐(0)

bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object

摘要：001、问题 [root@PC1 home]# bcftools bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or d 阅读全文

posted @ 2023-07-20 20:10 小鲨鱼2018 阅读(496) 评论(0) 推荐(0)

centos7中安装Rstudio-server

摘要：001、系统 (base) [root@PC1 home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、安装R (base) [root@PC1 home]# yum -y install epel-releas 阅读全文

posted @ 2023-07-19 16:48 小鲨鱼2018 阅读(554) 评论(0) 推荐(0)

conda 中显示channel 和基本环境

摘要：001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ conda config --show channels channels: - defaults 002、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ conda config --show default_channels default_cha 阅读全文

posted @ 2023-07-19 10:57 小鲨鱼2018 阅读(996) 评论(0) 推荐(0)

*** These critical programs are missing or too old: compiler

摘要：001、问题 *** These critical programs are missing or too old: compiler 002、查看c编译器版本 [root@PC1 build]# gcc --version gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8 阅读全文

posted @ 2023-07-15 23:13 小鲨鱼2018 阅读(6131) 评论(0) 推荐(0)

*** These critical programs are missing or too old: make compiler

摘要：001、问题 *** These critical programs are missing or too old: make compiler 002、查看当前的make版本 [root@PC1 build]# make --version 003、make官网：http://ftp.gnu.or 阅读全文

posted @ 2023-07-15 23:03 小鲨鱼2018 阅读(3222) 评论(0) 推荐(0)

lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/liujiaxin01/.aspera

摘要：glibc是GNU发布的libc库，即c运行库。glibc是linux系统中最底层的api，几乎其它任何运行库都会依赖于glibc。glibc除了封装linux操作系统所提供的系统服务外，它本身也提供了许多其它一些必要功能服务的实现。由于glibc囊括了几乎所有的 UNIX 通行的标准，可以想见其内阅读全文

posted @ 2023-07-15 21:49 小鲨鱼2018 阅读(2893) 评论(0) 推荐(1)

blast软件比对库nr、nt库的下载、构建索引、序列比对

摘要：001、 002、 003、 004、 005、 006、 007、链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 。 nt为核酸数据库，nr为蛋白质数据库 008、使用命令行下载 a、 [root@PC1 test02]# wget -c http 阅读全文

posted @ 2023-07-15 16:52 小鲨鱼2018 阅读(2659) 评论(0) 推荐(0)

linux 中blast序列比对

摘要：001、对数据库构建索引 [root@PC1 001_protein_database]# ls protein.faa ## 构建索引 [root@PC1 001_protein_database]# makeblastdb -in protein.faa -dbtype prot -title 阅读全文

posted @ 2023-07-15 12:04 小鲨鱼2018 阅读(725) 评论(0) 推荐(0)

NCBI的参考基因组有GCF 和GCA两种

摘要：GCF： RefSeq GCA： GenBank 前者可能更可靠一些。阅读全文

posted @ 2023-07-15 11:47 小鲨鱼2018 阅读(1749) 评论(0) 推荐(0)

uniprot数据库

摘要：uniprot数据库：https://www.uniprot.org/ 阅读全文

posted @ 2023-07-15 10:10 小鲨鱼2018 阅读(29) 评论(0) 推荐(0)

linux 中blast软件的安装

摘要：001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击download blast 004、点击如下链接： 005、点击下载linux 64位：下载链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 006、阅读全文

posted @ 2023-07-14 22:05 小鲨鱼2018 阅读(1681) 评论(0) 推荐(0)

samtools 的常用命令

摘要：001、生成统计文件 [root@PC1 test01]# ls ## 测试bam文件 SRR21814498.sorted.bam [root@PC1 test01]# samtools flagstat SRR21814498.sorted.bam > stat.txt ## 生成统计文件 [r 阅读全文

posted @ 2023-07-06 20:54 小鲨鱼2018 阅读(505) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 shell脚本实现提取gff文件中的最长转录本

摘要：001、数据（山羊ARS1的gff文件）脚本如下： (base) [b20223040323@admin2 001_standard_gff_file]$ cat record.sh #!/bin/bin ## step1: eliminate the influence of pseudoge 阅读全文

posted @ 2023-07-02 22:27 小鲨鱼2018 阅读(683) 评论(0) 推荐(0)

根据SRA号和参考基因组统计测序的X数

摘要：以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2023-06-25 00:00 小鲨鱼2018 阅读(53) 评论(0) 推荐(0)

如何统计参考基因组的大小

摘要：以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 阅读全文

posted @ 2023-06-24 23:48 小鲨鱼2018 阅读(228) 评论(0) 推荐(0)

python 中 Bio中SeqIO模块处理fastq数据

摘要：001、输出fastq的ID [root@PC1 test02]# ls a.fastq test.py [root@PC1 test02]# cat a.fastq ## 测试fasq数据，一共两个reads @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.11 阅读全文

posted @ 2023-06-23 23:57 小鲨鱼2018 阅读(409) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell脚本实现统计每一个read的长度

摘要：001、 [root@PC1 test02]# ls test.fastq [root@PC1 test02]# cat test.fastq ## 测试fastq数据 @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.988/2 AAGGTC + :FFF:, @ 阅读全文

posted @ 2023-06-23 23:05 小鲨鱼2018 阅读(79) 评论(0) 推荐(0)

permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.sock:

摘要：001、问题 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker search omicsclass permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.s 阅读全文

posted @ 2023-06-22 08:50 小鲨鱼2018 阅读(94) 评论(0) 推荐(0)

centos7中给docker添加镜像加速器

摘要：001、查看当前的镜像加速地址 [root@PC1 test01]# docker info | tail 002、进入阿里云官网：https://www.aliyun.com/?spm=5176.8351553.top-nav.dlogo.47f41991k7oEMl 003、 004、点击产品阅读全文

posted @ 2023-06-21 22:07 小鲨鱼2018 阅读(169) 评论(0) 推荐(0)

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