生信 - 随笔分类(第14页) - 小鲨鱼2018

Linux awk给fasta中重复的染色体名做重复标记

摘要：001、 awk实现 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf7180 阅读全文

posted @ 2023-10-13 14:32 小鲨鱼2018 阅读(28) 评论(0) 推荐(0)

configure: error: liblzma development files not found

摘要：001、问题 samtools安装执行 ./configure报错如下： configure: error: liblzma development files not found 002、解决方法： yum -y install xz-devel 参考： 01、https://blog.csdn. 阅读全文

posted @ 2023-10-11 20:46 小鲨鱼2018 阅读(111) 评论(0) 推荐(0)

src/param.cpp:30:26: fatal error: gsl/gsl_blas.h: No such file or directory

摘要：001、问题：安装gemma软件报错 src/param.cpp:30:26: fatal error: gsl/gsl_blas.h: No such file or directory 002、解决方法，安装gls a、官网下载 http://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/g 阅读全文

posted @ 2023-10-10 22:51 小鲨鱼2018 阅读(164) 评论(0) 推荐(0)

./configure应用案例

摘要：111111111、以vcftools为例： 001、解压软件，查看软件内容 [root@pc1 software]# ls vcftools-0.1.16.tar.gz [root@pc1 software]# tar -xzf vcftools-0.1.16.tar.gz ## 解压缩 [ro 阅读全文

posted @ 2023-10-10 20:51 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0)

cmake、make、make install命令应用案例

摘要：以bamtools软件为例。 001、解压该软件 [root@pc1 software]# ls ## 列出安装包 bamtools-2.5.2.zip cmake-3.27.7 [root@pc1 software]# unzip bamtools-2.5.2.zip &> /dev/null 阅读全文

posted @ 2023-10-10 20:07 小鲨鱼2018 阅读(283) 评论(0) 推荐(0)

gatk 实现基于染色体合并gvcf文件，并获取变异

摘要：001、基于染色体合并gvcf文件 gatk CombineGVCFs -R reference.fna -V gvcf.list -L chrN -O chrN.merged.g.vcf.gz 其中： referen.fna 是参考基因组； gvcf.list是将要合并的gvcf文件的列表文件，一阅读全文

posted @ 2023-10-07 10:32 小鲨鱼2018 阅读(3255) 评论(0) 推荐(0)

fastq-dump 和 fasterq-dump 将sra文件转换为fastq格式的速度对比

摘要：001、默认参数直接对比 [b20223040323@admin1 test02]$ ls SRR3156163.sra SRR3156164.sra [b20223040323@admin1 test02]$ md5sum * ## 两个sra文件完全一致 9e819f5e4499b54fd65 阅读全文

posted @ 2023-10-06 15:14 小鲨鱼2018 阅读(1217) 评论(0) 推荐(0)

根据sra号从ncbi下载标准fastq数据

摘要：001、ncbi官网 002、SRA Lite和SRA Normalized 的区别： https://www.omicsclass.com/article/2178 如下图： sra.lite的磁盘占用小于标准sra的，以SRR3156163为例。 003、sra.lite 和 sra标准数据下阅读全文

posted @ 2023-10-06 14:46 小鲨鱼2018 阅读(732) 评论(0) 推荐(0)

gatk线程数对标记重复速度的影响

摘要：001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413.sorted.bam SRR1770413.sorted.markdup_metrics.txt SRR1770413.sorted.markdup.bam step4.slurm [b2022304032 阅读全文

posted @ 2023-10-06 12:06 小鲨鱼2018 阅读(123) 评论(0) 推荐(0)

线程数对samtools对bam文件构建索引速度的影响

摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR298561 阅读全文

posted @ 2023-10-06 11:15 小鲨鱼2018 阅读(1264) 评论(0) 推荐(1)

linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据

摘要：001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz ## 阅读全文

posted @ 2023-10-06 10:13 小鲨鱼2018 阅读(2076) 评论(0) 推荐(0)

使用snpeff软件构建本地注释库

摘要：001、软件下载官网：https://pcingola.github.io/SnpEff/ 下载，然后解压： (base) [root@pc1 software]# wget -c https://snpeff.blob.core.windows.net/versions/snpEff_lates 阅读全文

posted @ 2023-10-05 22:34 小鲨鱼2018 阅读(965) 评论(0) 推荐(0)

MaSuRCA 软件安装 swig/perl5/swig_wrap.cpp:342:20: fatal error: string.h: No such file or directory

摘要：001、问题 MaSuRCA 软件安装 swig/perl5/swig_wrap.cpp:342:20: fatal error: string.h: No such file or directory 002、原因，当前环境处于conda的base环境，可能是函数库调用混乱。 003、解决方法，阅读全文

posted @ 2023-10-05 14:29 小鲨鱼2018 阅读(77) 评论(0) 推荐(1)

samtools线程数对 sam文件转换为bam文件效率的影响

摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ ls ## 测试模板、测试sam文件 template.slurm test.sam (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ cat template.slu 阅读全文

posted @ 2023-10-04 12:08 小鲨鱼2018 阅读(358) 评论(0) 推荐(0)

bwa 线程数目对比对速度的影响

摘要：001、测试条件 (base) [b20223040323@admin1 batch_test]$ ls SRR10083583_trim_1P.fastq.gz SRR10083583_trim_2P.fastq.gz template.slurm (base) [b20223040323@adm 阅读全文

posted @ 2023-10-04 11:30 小鲨鱼2018 阅读(195) 评论(0) 推荐(0)

linux中awk命令对fastq格式的碱基质量体系进行判断

摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.fastq [root@pc1 test]# head -n 4 a.fastq ## 测试fastq格式数据 @SRR12342886.1 1/1 TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCT 阅读全文

posted @ 2023-09-30 22:10 小鲨鱼2018 阅读(59) 评论(0) 推荐(0)

python实现将fastq的碱基质量ASCII码转换为数值

摘要：001、 [root@pc1 test1]# ls a.fastq ASCII2num.txt test.py [root@pc1 test1]# head -n 4 a.fastq ## 测试fasta文件 @SRR12342886.1 1/1 TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTT 阅读全文

posted @ 2023-09-29 18:36 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0)

重测序数据碱基质量评估

摘要：001、测序数据为fastq格式 fastq格式数据没四行为一个单位，其中第二行是碱基，第四行为对应的碱基质量值：如下： (base) [b20223040323@admin1 test01]$ ls ## 测试fastq格式数据 test.fastq (base) [b20223040323@a 阅读全文

posted @ 2023-09-29 18:29 小鲨鱼2018 阅读(335) 评论(0) 推荐(0)

seqkit 软件的安装及使用

摘要：001、安装下载最新版：官网：https://github.com/shenwei356/seqkit/releases 002、解压、调用测试 (base) [root@pc1 Seqkit]# ls ## 安装包 seqkit_linux_amd64.tar.gz (base) [root@ 阅读全文

posted @ 2023-09-25 20:44 小鲨鱼2018 阅读(2100) 评论(0) 推荐(0)

centos7中组装软件 MaSuRCA 的安装

摘要：001、下载最新安装包下载地址：https://github.com/alekseyzimin/masurca/releases 002、解压，进入安装目录 tar -xzvf MaSuRCA-4.1.0.tar.gz cd MaSuRCA-4.1.0/ 003、安装依赖 (base) [root 阅读全文

posted @ 2023-09-24 23:13 小鲨鱼2018 阅读(160) 评论(0) 推荐(1)

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