利用短读长测序评估基因组组装的QV值

 

001、 对评估基因组生成yak

yak count -K1.5g -t32 -o asm.yak GCA_022432835.1_ASM2243283v1_genomic.fna

 

002、对短读长数据生成yak

yak count -b37 -t32 -o sr.yak <(zcat SRR17139386_qc_1P.fastq.gz SRR17139386_qc_2P.fastq.gz) <(zcat SRR17139386_qc_1P.fastq.gz SRR17139386_qc_2P.fastq.gz)

 

003、计算qv值

yak qv -t32 sr.yak GCA_022432835.1_ASM2243283v1_genomic.fna > qv_sr.txt

 

yak qv -t32 sr.yak asm.yak > qv_sr.txt

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