使用kraken2 命令对重测序数据进行物种分类

 

001、

## step1:
mkdir sheep_db                                          ## 创建数据库目录

## step2: download the taxonomy information
kraken2-build --download-taxonomy --db sheep_db         ## 下载物种分类信息

## step3: download the human genome
kraken2-build --download-library human --db sheep_db      ## 下载人类基因组

## step4: download the virus genome
kraken2-build --download-library viral --db sheep_db       ## 下载病毒基因组

## step5: download the bacteria genome
kraken2-build --download-library bacteria --db sheep_db      ## 下载细菌基因组

## step6: add the sheep genome
kraken2-build --add-to-library /public/home/b20223040323/software/kraken2-2.1.3/sheep_ref/GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb_v3.0_genomic.fna --db sheep_db       ## 添加绵羊基因组

## step7: build database
kraken2-build --build --db sheep_db --threads 8              ## 构建数据库

## step8:
kraken2 --db /public/home/b20223040323/software/kraken2-2.1.3/sheep_db --paired TUJ7_trim_1P.fastq.gz TUJ7_trim_2P.fastq.gz --report s_wrong.kraken.report --output s_wrong.kraken.out --use-names --threads 16    ## 运算

 

 。

 

002、 提取目标物种的reads

awk -F "\t" '$3 == "Ovis aries (taxid 9940)" {print $2}' sample_name.kraken.out > sample_name.sheep_reads   ## 提取reads 的 ID

seqtk subseq sample_name_trim_1P.fastq.gz sample_name.sheep_reads | gzip > sample_name_F_trim_1P.fastq.gz   ## 提取read1
seqtk subseq sample_name_trim_2P.fastq.gz sample_name.sheep_reads | gzip > sample_name_F_trim_2P.fastq.gz   ## 提取read2

 。