minimap2 + dotPlotly基因组共线性分析

 

001、minimap2比对，生成paf格式数据

minimap2 -t 16 -x asm5 GCA_024222175.11_27.fna GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb1_27.fna > Romanov_vs_Ramb.paf

 

 

002、 下载可视化工具：dotPlotly

git clone https://github.com/tpoorten/dotPlotly.git

 

003、可视化结果：

pafCoordsDotPlotly.R -i Romanov_vs_Ramb.paf -o out -s -t -m 500 -q 500000 -k 8 -l

 

 

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