Linux 中如何将fasta文件的每一个scaffold的碱基转换成一行显示

 

001、awk

(base) [b20223040323@admin2 test11]$ ls
a.fasta
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ cat a.fasta         ## 测试fasta文件
>chr1 xxx yyy
AAAACCCCTTTT
GGGG
>chr2 zzz yyy
TTTTTCCCCGGG
CCCCCCC
>chr3 kkk aaa
CCTTTGGG
CCCCCCCCCCTTTT
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ awk '{if(NR == 1) {print $0} else if($0 ~ /^>/) {print "\n"$0} else {printf("%s", $0)}}END {print}' a.fasta      ## awk实现
>chr1 xxx yyy
AAAACCCCTTTTGGGG
>chr2 zzz yyy
TTTTTCCCCGGGCCCCCCC
>chr3 kkk aaa
CCTTTGGGCCCCCCCCCCTTTTCCCCCCCCCCTTTT

 

002、seqkit实现

(base) [b20223040323@admin2 test11]$ ls
a.fasta
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ cat a.fasta        ## 测试fasta文件
>chr1 xxx yyy
AAAACCCCTTTT
GGGG
>chr2 zzz yyy
TTTTTCCCCGGG
CCCCCCC
>chr3 kkk aaa
CCTTTGGG
CCCCCCCCCCTTTT
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ seqkit seq -w 0 a.fasta      ## seqkit 实现
>chr1 xxx yyy
AAAACCCCTTTTGGGG
>chr2 zzz yyy
TTTTTCCCCGGGCCCCCCC
>chr3 kkk aaa
CCTTTGGGCCCCCCCCCCTTTT

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