python脚本实现对map文件SNPid的重命名

 

001、

[root@PC1 test]# ls
outcome.map  test.py
[root@PC1 test]# head -n 3 outcome.map     ## 原始map文件
1       s64199.1        0       55910
1       OAR19_64675012.1        0       85204
1       OAR19_64715327.1        0       122948
[root@PC1 test]# cat test.py              ## 重命名脚本
#!/usr/bin/env python
#! -*- coding: utf-8 -*-

in_file = open("outcome.map", "r")
out_file = open("result.map", "w")

lines = in_file.readlines()

for i in lines:
    i = i.strip().split()
    i[1] = str(i[0]) + "_" + str(i[3])
    out_file.write("\t".join(i) + "\n")

in_file.close()
out_file.close()
[root@PC1 test]# python test.py       ## 执行python命令
[root@PC1 test]# ls
outcome.map  result.map  test.py
[root@PC1 test]# head -n 3 result.map    ## 查看运算结果
1       1_55910 0       55910
1       1_85204 0       85204
1       1_122948        0       122948

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