摘要：
001、 plink --file outcome --biallelic-only strict --recode tab --out xxx 阅读全文
posted @ 2025-03-31 22:54
小鲨鱼2018
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摘要：
001、测试数据 (base) [root@PC1 test]# ls chr_1.bed chr_1.bim chr_1.fam chr_2.bed chr_2.bim chr_2.fam chr_3.bed chr_3.bim chr_3.fam merge_list.txt (base) [r 阅读全文
posted @ 2025-03-31 17:52
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摘要：
001、 [root@PC1 test]# ls chr_1.vcf [root@PC1 test]# bgzip chr_1.vcf ## 压缩 [root@PC1 test]# ls chr_1.vcf.gz [root@PC1 test]# tabix -p vcf chr_1.vcf.gz 阅读全文
posted @ 2025-03-31 16:26
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摘要：
001、报错如下： Failed to open chr_1.vcf.gz: not compressed with bgzip 002、这个错误通常出现在 CentOS / RedHat 系统中，表示系统无法找到 htslib 软件包。htslib 是 bcftools 和 samtools 运行 阅读全文
posted @ 2025-03-31 15:57
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摘要：
bactools合并plink格式不同染色体的数据 001、测试数据 [root@PC1 test]# ls chr_10.vcf.gz chr_2.vcf.gz chr_4.vcf.gz chr_6.vcf.gz chr_8.vcf.gz chr_10.vcf.gz.tbi chr_2.vcf.g 阅读全文
posted @ 2025-03-31 15:47
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摘要：
001、问题： libgdk-x11-2.0.so.0()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： dnf install gtk2 003、验证效果 [root@PC1 mega]# rpm -ivh mega-11.0.13-1.x 阅读全文
posted @ 2025-03-31 12:06
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摘要：
001、问题： No match for argument: GConf2 Error: Unable to find a match: GConf2 002、解决方法： dnf install epel-release -y 阅读全文
posted @ 2025-03-31 12:01
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摘要：
001、问题： libgconf-2.so.4()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： yum install GConf2 003、测试效果 。 阅读全文
posted @ 2025-03-31 12:00
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摘要：
001、问题 libXss.so.1()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： yum install libXScrnSaver 003、验证： 刚才的报错消失。 阅读全文
posted @ 2025-03-31 11:57
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摘要：
001、官方网站：https://www.megasoftware.net/ 002、下载Linux安装包 （centos系统） 003、点接受 004、点 download 005、 安装 rpm -ivh mega-11.0.13-1.x86_64.rpm 。 阅读全文
posted @ 2025-03-31 11:47
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001、 plink --file test --genome --out result ## DST表示个体间具有的相同等位基因的数目占基因组等位基因数目的比例 。 阅读全文
posted @ 2025-03-31 10:31
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摘要：
001、--distance选项，计算具有不同位点的数目 plink --file test --distance --out result ## 结果文件为每一个个体具有不同的SNP的数目，下三角矩阵形式展示，省略了第一行和最后一列 。 002、 结果以完整矩阵的形式展示 plink --file 阅读全文
posted @ 2025-03-31 09:47
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