EIGENSOFT v4.2 软件计算PCA

 

EIGENSOFT v4.2 软件计算PCA

001、格式转换 step1

plink --file outcome --make-bed --out outcome

 

002、准备配置文件：outcome.ind

(base) [b20223040323@admin2 test3]$ head outcome.ind
1 U DOR
2 U DOR
3 U DOR
4 U DOR
5 U DOR
6 U DOR
7 U DOR
9 U DOR
10 U DOR
11 U DOR

 

003、准备配置文件pca.par

(base) [b20223040323@admin2 test3]$ cat pca.par
genotypename: outcome.bed
snpname: outcome.bim
indivname: outcome.ind
evecoutname: outcome.evec
evaloutname: outcome.eval
numoutevec: 3
numoutlieriter: 0

 

004、计算pca

smartpca -p pca.par > smartpca.log

 

005、查看结果：

 head outcome.evec

 。