随笔分类 - 生信
摘要：001、sacct 直接使用：显示24小时内的任务信息 (base) [b20223040323@admin1 x_batch2_116]$ sacct 002、 显示具体的某一任务信息 (base) [b20223040323@admin1 x_batch2_116]$ sacct -j 5996
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摘要：001、问题： gatk DBI 模块在 sheep 1号染色体（其他染色体同样的命令并没有报错；一共134 sheep个体）调用GenotypeGVCFs 命令call snps时出现如下报错： 002、问题原因 it looks like we are hitting the limits of
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摘要：001、测试数据 [b20223040323@admin1 test]$ ls x_gather_pav.txt [b20223040323@admin1 test]$ cat x_gather_pav.txt ## 测试数据；每一行是一个个体；每一列是一个基因；矩阵中的0表示基因在这个个体中缺失，
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摘要：001、命令程序： ## step1: 处理 read1 awk 'END{tmp = NR / 4; split(FILENAME, a, "_"); for (i = 1; i <= tmp; i++) {print "@"a[1]"."i,i"/1"}}' name_1.clean.fastq
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摘要：001、问题bwa报错如下： paired reads have different names: 002、解决方法，对fastq文件的read名进行重命名 脚本如下： ## step1: 处理 read1 awk 'END{tmp = NR / 4; split(FILENAME, a, "_")
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摘要：001、问题 htsjdk.samtools.SAMFormatException: SAM validation error: ERROR::READ_GROUP_NOT_FOUND:Record 124082463, Read name SRR11176426.101884444, RG ID
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls test.fa (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.fa ### 一个测试文件 >jcf7180004256566_1 GATGCATATTACGTTCTACGT
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摘要：解决方案1 001、问题 gatk标记重复报错 a、使用程序如下： #!/bin/bash #SBATCH -J ERR2309122 #SBATCH -p Cnode #SBATCH -o %j.ERR2309122.result #SBATCH -e %j.ERR2309122.error #S
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摘要：001、sra数据转换fastq数据报错如下： 002、报错产生的原因“： 没有网络连接。 003、验证 a、无网络连接 [root@PC1 test1]# ls SRR11076280 [root@PC1 test1]# ping -c 3 www.baidu.com ## 检测网络连通性 pin
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摘要：方法1， 从外源库中安装 001、系统 [root@PC1 home]# cat /etc/redhat-release ## 系统，centos 7.6 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、测试R [root@PC1 home]# R ## 测试R b
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摘要：001、安装vcftools； ./configure报错如下： No package 'zlib' found 002、解决方法： yum -y install zlib-devel zlib 003、./configure 测试效果 ./configure ## 测试通过 。
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摘要：001、问题，gemma编译， make报错如下： src/mathfunc.h:34:18: error: call of overloaded ‘isnan(double&)’ is ambiguous 002、感觉像是c++编译器版本低的问题，升级gcc编辑器 a、 yum -y instal
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摘要：001、报错记录 合并gvcf使用脚本如下： gatk CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O test.g.vcf.gz 报错如下： 002、解决方法，设置内存上限可以解决上述报错： gat
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摘要：a、shell实现 001、ROH 检测 [s20213040583@admin1 test]$ ls ## 测试文件 outcome.map outcome.ped ## plink软件检测 [s20213040583@admin1 test]$ plink --file outcome --ho
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摘要：001、make报错如下：make[1]: *** [all-recursive] Error 1 002、解决方法：configure的时候加上：--with-included-apr （不知道为啥？） ./configure --with-included-apr make测试： make -j
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摘要：001、make编译报错如下：fsm.h:24:37: fatal error: glib.h: No such file or directory 002、查找该文件 (base) [root@pc1 exonerate-2.4.0]# find / -name "glib.h" ## 存在该文件
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摘要：001、软件报错如下： 002、系统 (base) [root@pc1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 003、查看glibc版本 (base) [root@pc1 software]#
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 003_annotation]$ perldoc perllocal | grep "\"Module\"" ## 查看命令 。
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摘要：001、perl报错如下：/usr/bin/perl: symbol lookup error: Devel/Size/Size.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck 002、 产生原因及解决方法 这个问题产生的原因是使用cpan安装的
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摘要：001、perl 模块报错如下：Can't locate Devel/Size.pm in @INC (you may need to install the Devel::Size module) 002、解决方法： 安装该模块 (base) [b20223040323@admin1 003_an
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