生信 - 随笔分类(第21页) - 小鲨鱼2018

从NCBI中下载SRA数据

摘要：今天测试了fastq-dump直接根据SRA号无法下载。只有下面一种方法测试成功。 001、 002、 003、 004、 005、 [root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-z 阅读全文

posted @ 2022-12-31 22:22 小鲨鱼2018 阅读(564) 评论(0) 推荐(0)

使用 phylip构建进化树

摘要：001、测试数据转换为vcf格式 [root@PC1 test]# ls test.map test.ped [root@PC1 test]# plink --file test --recode vcf-iid --out test 002、将vcf转为phylip格式文件 [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2022-12-31 13:13 小鲨鱼2018 阅读(1476) 评论(2) 推荐(0)

linux 中 phylip软件的安装

摘要：001、软件下载：下载地址 [root@PC1 phylip]# wget https://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls phylip-3.697.tar. 阅读全文

posted @ 2022-12-31 12:29 小鲨鱼2018 阅读(1380) 评论(0) 推荐(1)

linux中vcf2phylip软件的安装

摘要：001、软件下载，github [root@PC1 phylip]# wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls v2.8.tar.gz [r 阅读全文

posted @ 2022-12-31 10:38 小鲨鱼2018 阅读(657) 评论(0) 推荐(0)

linux 中tassel软件的安装

摘要：001、软件下载 tassel官网 002、选择 003、上传至linux中 004、利用bash命令运行，根据提示一直选择默认或者确认 [root@PC1 tassel]# bash TASSEL_5_unix.sh 以上是安装路径。 005、进入安装的目录查看，出现如下界面说明安装成功阅读全文

posted @ 2022-12-31 10:27 小鲨鱼2018 阅读(2237) 评论(0) 推荐(0)

gffread软件实现基因组注释文件gff 和 gtf的相互转换

摘要：001、下载测试gff文件，以山羊的gff注释文件为例 [root@pc1 test]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/704/415/GCF_001704415.2_ARS1.2/GCF_001704415.2_ARS1 阅读全文

posted @ 2022-12-28 17:32 小鲨鱼2018 阅读(2348) 评论(0) 推荐(0)

linux 中非root用户安装指定的java版本

摘要：001、查看当前系统可以调用的java版本 [liujiaxin01@PC1 ~]$ java -version openjdk version "11.0.17" 2022-10-18 LTS OpenJDK Runtime Environment (Red_Hat-11.0.17.0.8-2.e 阅读全文

posted @ 2022-12-27 12:57 小鲨鱼2018 阅读(1219) 评论(0) 推荐(0)

linux PATH环境变量中相同变量名的调用优先级

摘要：测试使用plink v1.07 和 plink v1.9两个软件版本进行测试 001、将plink v1.07 的变量放在 plink v1.9之前，观测系统调用的plink版本 [liujiaxin01@PC1 ~]$ echo $PATH ## 输出当前的PATH变量 /home/liuji 阅读全文

posted @ 2022-12-27 12:28 小鲨鱼2018 阅读(599) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 shell 实现从fasta中提取任意的scaffold数据

摘要：001、测试数据 [root@pc1 test2]# ls a.fa [root@pc1 test2]# cat a.fa ## 测试数据 >chr1 ddtttggggg eeeeee >chr2 iiiiirrrr sssssssss >chr3 uuuuueeeee qqqqqqqqq >ch 阅读全文

posted @ 2022-12-23 14:56 小鲨鱼2018 阅读(87) 评论(0) 推荐(0)

使用seqkit软件用fasta文件中提取指定的scaffold

摘要：001、提取单条contig [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig 阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:30 小鲨鱼2018 阅读(469) 评论(0) 推荐(0)

gatk中的 GenomicsDBImport 模块

摘要：官网：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/5358869876891-GenomicsDBImport 001、一般用法，变异检测库 gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImpor 阅读全文

posted @ 2022-12-02 10:09 小鲨鱼2018 阅读(2952) 评论(0) 推荐(0)

gatk 实现对vcf文件的合并

摘要：001、测试数据 [root@PC1 test]# ls ## 测试数据 seg1_1.vcf seg1_2.vcf seg1_3.vcf [root@PC1 test]# ll -h total 1.2G -rw-r--r--. 1 root root 392M Dec 1 18:14 seg1_ 阅读全文

posted @ 2022-12-01 19:27 小鲨鱼2018 阅读(1365) 评论(0) 推荐(0)

ModuleNotFoundError: No module named 'gffutils'

摘要：001、问题 >>> import gffutils Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> ModuleNotFoundError: No module named 'gffutils' 002、阅读全文

posted @ 2022-11-19 23:03 小鲨鱼2018 阅读(210) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell 脚本将 gff文件转换为bed文件

摘要：001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls ## 测试gff文件 exons_only.gff [b20223040323@admin1 test]$ gff2bed <exons_only.gff > exons_only.bed ## gff2bed模块转换 Warn 阅读全文

posted @ 2022-11-12 17:07 小鲨鱼2018 阅读(340) 评论(0) 推荐(0)

使用 gff2bed 将 gff文件转换为bed格式

摘要：001、gff3文件转bed [root@pc1 test2]# ls Capra_hircus.ARS1.108.gff3 [root@pc1 test2]# gff2bed <Capra_hircus.ARS1.108.gff3 > test.bed Warning: If your Wiggl 阅读全文

posted @ 2022-11-09 15:09 小鲨鱼2018 阅读(2213) 评论(0) 推荐(0)

gwas分析为什么使用f2

摘要：利用混合的F2群体研究水稻杂种优势机理的文章于2016年9月以Article的形式发表在Nature上（Huang等，2016），研究人员首先对水稻的杂交种进行分类，综合分类情况，选择17个能代表主要杂种类别的杂交组合发展成F2群体，最终使用10074个F2材料进行关联分析。F2群体包含完整基因型类阅读全文

posted @ 2022-11-07 09:51 小鲨鱼2018 阅读(282) 评论(0) 推荐(0)

linux 中实现将fasta文件的碱基数目转换为指定的个数

摘要：001、每行输出为4个碱基 [root@pc1 test]# ls test.fa [root@pc1 test]# cat test.fa >chr1 aatt cctt >chr2 ttgg aacc >chr3 TTCCGG [root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^> 阅读全文

posted @ 2022-10-30 18:07 小鲨鱼2018 阅读(77) 评论(0) 推荐(0)

gatk 对多个样本的g.vcf文件进行合并、进行变异检测

摘要：001、 gatk CombineGVCFs -R GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --variant SRR21814498.g.vcf --variant SRR21814509.g.vcf --variant SRR21814514.g.vcf -O 阅读全文

posted @ 2022-10-29 01:23 小鲨鱼2018 阅读(6118) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中bamtools软件的安装

摘要：方法1、编译安装 001、系统 [liujiaxin01@localhost software]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载bamtools软件安装包 wget https://github 阅读全文

posted @ 2022-10-21 11:45 小鲨鱼2018 阅读(539) 评论(0) 推荐(0)

Trimmomatic 软件的安装

摘要：001、下载： wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip 002、解压 unzip Trimmomatic-0.39.zip 003、直接调用 java -jar 阅读全文

posted @ 2022-10-19 18:29 小鲨鱼2018 阅读(403) 评论(0) 推荐(0)

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