gatk 实现对vcf文件的合并

 

001、测试数据

[root@PC1 test]# ls                            ## 测试数据
seg1_1.vcf  seg1_2.vcf  seg1_3.vcf
[root@PC1 test]# ll -h
total 1.2G
-rw-r--r--. 1 root root 392M Dec  1 18:14 seg1_1.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 410M Dec  1 18:15 seg1_2.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 386M Dec  1 18:14 seg1_3.vcf

 

 

002、对vcf文件进行合并

gatk MergeVcfs -I seg1_1.vcf -I seg1_2.vcf -I seg1_3.vcf -O xxx.vcf      ## 合并命令

 

合并结果如下：

[root@PC1 test]# ls
seg1_1.vcf  seg1_2.vcf  seg1_3.vcf  xxx.vcf  xxx.vcf.idx
[root@PC1 test]# ll -h
total 2.4G
-rw-r--r--. 1 root root 392M Dec  1 18:14 seg1_1.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 410M Dec  1 18:15 seg1_2.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 386M Dec  1 18:14 seg1_3.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 1.2G Dec  1 19:16 xxx.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 6.2K Dec  1 19:16 xxx.vcf.idx

 

 

003、将需要合并的vcf文件生成列表

[root@PC1 test]# ls
seg1_1.vcf  seg1_2.vcf  seg1_3.vcf  vcf.list
[root@PC1 test]# cat vcf.list            ## 待合并的vcf列表文件
seg1_1.vcf
seg1_2.vcf
seg1_3.vcf
[root@PC1 test]# java -jar /home/software/picard/picard.jar MergeVcfs I=vcf.list O=xxx.vcf       ## 合并命令

 

 

004、合并结果

[root@PC1 test]# ls
seg1_1.vcf  seg1_2.vcf  seg1_3.vcf  vcf.list  xxx.vcf  xxx.vcf.idx
[root@PC1 test]# ll -h
total 2.4G
-rw-r--r--. 1 root root 392M Dec  1 18:14 seg1_1.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 410M Dec  1 18:15 seg1_2.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 386M Dec  1 18:14 seg1_3.vcf
-rw-r--r--. 1 root root   33 Dec  1 19:24 vcf.list
-rw-r--r--. 1 root root 1.2G Dec  1 19:24 xxx.vcf
-rw-r--r--. 1 root root 6.2K Dec  1 19:24 xxx.vcf.idx

 

005|、gatk合并：

gatk MergeVcfs -I vcf_list.txt -O merged.vcf.gz