随笔分类 - 生信
摘要：001、 conda install -c bioconda iqtree 002、查看版本 iqtree --version
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摘要：001、 conda install -c bioconda mafft 002、查看版本 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# mafft --version v7.310 (2017/Mar/17)
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摘要：001、测试数据 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.map a.ped (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.map 1 OAR19_64675012.1 0 85204 1 OAR19_6
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摘要：001、下载安装源代码 wget https://pypi.python.org/packages/fd/94/b7c8c1dcb7a3c3dcbde66b8d29583df4fa0059d88cc3592f62d15ef539a2/HTSeq-0.9.1.tar.gz#md5=fc71e021bf
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摘要：01、安装 HTSeq软件出现如下报错，编译失败 02、原因是没有c++编译器，解决方法： apt install g++ ## 安装c++编译器 03、再次安装HTseq，报错消失。
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摘要：001、ubuntu系统 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubuntu 20.04.5 LTS Releas
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摘要：001、系统 root@DESKTOP-IDT9S0E:~# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubuntu 20.04.5 LTS Release: 20.04 Code
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摘要：001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明
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摘要：001、测试数据如下： [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 以上测试数据中，行为样本，也就是以此为
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摘要：测试数据链接： 链接：https://pan.baidu.com/s/18_R3W1K7DYdUA9DxGZ0jxw 提取码：nklh --来自百度网盘超级会员V6的分享 背景知识： 将质控后的fastq文件比对到参考基因组之后，有可能会有部分染色体根本比对不上。 比如参考基因组中一共有10条染色体
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摘要：001、 安装strcuture遇到如下问题： [root@PC1 console]# ./structure -bash: ./structure: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter: No such file or directory 002、解决方
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摘要：001、问题：win10中安装tassel5后字体特别小，如下： 解决方法： 002、 找到tassel5的安装位置（在左下角任务栏中找到该应用后，右击， 然后依次选择） 出现如下界面： 003、右击， 选择属性 004、选择兼容性， 点击更改高DPI设置 005、执行1、2、3. 006、点击应用
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摘要：001、 [b20223040323@admin1 test2]$ ls dat.txt test.py [b20223040323@admin1 test2]$ cat dat.txt ## 测试数据 gene1 gene2 gene3 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 [b2022
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摘要：001、 gene1 <- c(0,0,1,0) gene2 <- c(1,1,0,1) gene3 <- c(0,1,0,1) dat <- data.frame(gene1, gene2, gene3) ## 生成测试数据， 0表示基因缺失， 1表示基因存在 rate_0 <- function
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摘要：001、问题 利用trimmomatic 质控报错：Error: Unable to detect quality encoding 报错原因：不能判断质量质体系。 002、解决方法 查看同批次数据质控log文件，查看识别的质量体系，如下： 然后再命令行中增加：-phred33 或者 -phred6
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摘要：一直纠结这种单位换算，是1024还是1000，原来是这样计算的。 来源：https://www.jianshu.com/p/6da01c23d1c0
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摘要：001、利用samtools计算每一个位点的测序深度 [b20223040323@admin1 test]$ ls ## 测试bam文件 SRR21814498.sorted.markdup.bam SRR21814498.sorted.markdup.bam.bai [b20223040323@a
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摘要：001、 bwa mem -M -R "@RG\tID:name\tPL:illumina\tSM:name" ref.fna name_1.fastq.gz name_2.fastq.gz -o name.sam &> mem.log
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摘要：001、sed [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 ID=gene-LOC124418406;Dbxref=GeneID:124418406;Name=LOC124418406;gbkey=Gene;gene=LO
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摘要：awk实现 001、awk实现，提取第一个scaffold [root@PC1 test]# ls a.fa [root@PC1 test]# cat a.fa ## 测试数据 >chr1 aattcc gg >chr2 ttccggaa ggccttgg cc >chr3 aatt gg >chr
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