从NCBI中下载SRA数据

 

今天测试了fastq-dump直接 根据SRA号无法下载。

只有下面一种方法测试成功。

001、

 

 

 

002、

 

 

 

003、

 

 

 004、

 

 

 

005、

[root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR1770413.sralite.1   ## 下载该数据
[root@PC1 test]# ls
SRR1770413.sralite.1
[root@PC1 test]# ll -h                                   ## 查看文件大小
total 93M
-rw-r--r--. 1 root root 93M Sep 15 11:42 SRR1770413.sralite.1

 

 

006、利用fastq-dump将其转换为fastq格式

[root@PC1 test]# ls
SRR1770413.sralite.1
[root@PC1 test]# fastq-dump --split-files SRR1770413.sralite.1      ## 转换为fastq
Read 643253 spots for SRR1770413.sralite.1
Written 643253 spots for SRR1770413.sralite.1
[root@PC1 test]# ls
SRR1770413.sralite.1  SRR1770413.sralite.1_1.fastq  SRR1770413.sralite.1_2.fastq
[root@PC1 test]# ll -h
total 949M
-rw-r--r--. 1 root root  93M Sep 15 11:42 SRR1770413.sralite.1
-rw-r--r--. 1 root root 428M Dec 31 22:21 SRR1770413.sralite.1_1.fastq
-rw-r--r--. 1 root root 428M Dec 31 22:21 SRR1770413.sralite.1_2.fastq