linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据
001、 prefetch的安装
a、现在 NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
b、
c、
d、
e、 解压、找到可执行程序
[root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz ## 解压 [root@pc1 software02]# tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz &> /dev/zero [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz [root@pc1 software02]# cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ## 进入该目录 [root@pc1 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64]# ls bin CHANGES example README-blastn README.md README-vdb-config schema [root@pc1 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64]# cd bin ## 进入bin目录 [root@pc1 bin]# ls |head ## 可执行程序 abi-dump abi-dump.3 abi-dump.3.0.7 abi-load abi-load.3 abi-load.3.0.7 align-info align-info.3 align-info.3.0.7 bam-load
002、准备下载sra号的列表
[root@pc1 test02]# ls
download.list
[root@pc1 test02]# cat download.list ## 准备下载列表
SRR3156163
SRR3157034
SRR3156160
003、设置下载存储目录
export HOME=/home/test02 ## 修改了默认的家目录,因为默认下载在家目录
004、下载命令
[root@pc1 test02]# /home/software02/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch --option-file download.list -X 100000000
。
参考:
https://codeleading.com/article/83981102254/