Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

 

001、报错记录

合并gvcf使用脚本如下：

gatk  CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O test.g.vcf.gz

 

报错如下：

 

002、解决方法，设置内存上限可以解决上述报错：

gatk --java-options "-Xmx480g -Xms480g -XX:+UseSerialGC" CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O cohort.g.vcf.gz

 。

 

解决方案2：

对g.vcf文件进行压缩

step1：bgzip  xx.g.vcf

step2: tabix xx.g.vcf.gz

。