Life·Intelligence

2019年6月25日

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posted @ 2019-06-25 16:35 Life·Intelligence 阅读(15) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要： 2019年06月25日 - 卷土重来未可知从最开始的MBSIT，到之前的DPR，到现在新的DPR，感觉想法已经更加成熟，应用场景也更加明确，可以真正开始搞了。待做事项： 1. DPR的logo； 2. 借鉴SC3的方法和综合方法来寻找单细胞里的核心hub； 3. 根据KNN来连接hub，直至把所阅读全文

posted @ 2019-06-25 16:02 Life·Intelligence 阅读(278) 评论(0) 推荐(0) 编辑

文献阅读 | Benefits and limitations of genome-wide association studies

摘要：参考：今日阅读：GWAS的优劣势 - Omics Liu Omics 待续~ 阅读全文

posted @ 2019-06-25 15:15 Life·Intelligence 阅读(432) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月24日

阎学通 - 国际关系分析

摘要：阎学通 - 国际关系分析 YouTube 看完了第一集，讲得非常不错，梳理了当下的世界实事，传授了独立分析问题的方法。 zz是支配世界的主要力量，是任何一个成人都必须去思考的问题，防止自己的世界观过于狭隘。待续~ 阅读全文

posted @ 2019-06-24 00:03 Life·Intelligence 阅读(901) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月21日

longitudinal models | 纵向研究 | mixed model

摘要： A longitudinal study refers to an investigation where participant outcomes and possibly treatments or exposures are collected at multiple follow-up ti 阅读全文

posted @ 2019-06-21 18:35 Life·Intelligence 阅读(702) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月18日

文献阅读 - Genome-wide consequences of deleting any single gene

摘要：现在在做单基因敲除后的转录组数据分析，一个显而易见却又百思不得其解的问题出现了：为什么敲掉一个基因会导致其他那么多基因的表达发生了变化，甚至是其他很多调控基因（转录因子）？我敲掉的只是一个普通基因，又不是上游的调控基因，理论上应该只有该基因和与其直接相关的基因改变才对啊。 Genome-wide 阅读全文

posted @ 2019-06-18 00:39 Life·Intelligence 阅读(238) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月17日

讲座 - Transposable elements, non-coding RNAs and epigenetic control in embryonic stem cells

摘要： Dr. Andrew Paul HutchinsDepartment of BiologySouthern University of Science and Technology, Shenzhen, China Every cell contains all of the DNA to enco 阅读全文

posted @ 2019-06-17 17:49 Life·Intelligence 阅读(441) 评论(0) 推荐(0) 编辑

动物细胞结构模型 | animal cell structure

摘要：现在大家已经对细胞结构单位习以为常，但在细胞发现之前，这是不可思议的，千奇百怪的生命世界居然有一个统一的基本单位。这里简单回忆一下经典的细胞结构：参考YouTube视频： Biology: Cell Structure I Nucleus Medical Media - 专业讲解，动画一流 Eu 阅读全文

posted @ 2019-06-17 14:34 Life·Intelligence 阅读(5609) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月16日

课程学习 - 人类疾病导论 | Introduction To Human Disease

摘要：完美人类假设：一类人，具有最完美的基因组，享受最健康的环境和饮食，同时拥有最健康的思想情绪，最终以最长的寿命，自然死亡。自然死亡是自然生命最终的归宿，这是写在目前基因组里的铁律！不管科技如何发展，人最终都会追求生命的拓展和延续，所以医学总体是不可能败落的，只是医学的部分低价值的工作会被淘汰。疾阅读全文

posted @ 2019-06-16 14:39 Life·Intelligence 阅读(378) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月12日

（基因功能 & 基因表达调控）研究方案

摘要：做了好久的RNA-seq分析，基因表达也在口头溜了几年了，但似乎老是浮在表面。对一件事的了解程度决定了你的思维深度，只想做技工就不用想太多，想做大师就一定要刨根问底。老是说基因表达，那么什么是基因表达？我们测序得到的基因表达其实只是一种表型，是样本的一个快照，和普通的身高体重之类的连续型表型类似阅读全文

posted @ 2019-06-12 14:35 Life·Intelligence 阅读(4237) 评论(0) 推荐(1) 编辑

2019年6月10日

PCR | qPCR | RT-PCR 的原理及应用 | tidyqpcr

摘要： 2023年06月21日 Graphpad作图，实验图表还是用这个比较好。图形必须要素：对照，一般均值为1 柱状图 + 误差线显示样本点显著性检验中空 + 配色 + 坐标参考： qPCR-定量PCR-Graphpad 作图教程-数据作图计算步骤：一般一种处理即需要一个内参，同一个处理的阅读全文

posted @ 2019-06-10 13:13 Life·Intelligence 阅读(4064) 评论(0) 推荐(1) 编辑

2019年6月1日

RNA-seq数据挖掘 | NCBI | GEO | 茶树 | data-driven analysis

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posted @ 2019-06-01 13:24 Life·Intelligence 阅读(62) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月31日

ggplot的boxplot/violin plot添加显著性 | Add P-values and Significance Levels to ggplots | 定量分析

摘要： 2022年10月11日显著性符号的意义 Symbol Meaning ns P > 0.05 * P ≤ 0.05 ** P ≤ 0.01 *** P ≤ 0.001 **** P ≤ 0.0001 参考：What is the meaning of * or ** or *** in repor 阅读全文

posted @ 2019-05-31 15:51 Life·Intelligence 阅读(5999) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月30日

常见的医学基因筛查检测 | genetic testing | 相癌症早筛 | 液体活检

摘要： NIPT, Non-invasive Prenatal Testing - 无创产前基因检测（学术名词） NIFTY，胎儿染色体异常无创产前基因检测（注册商标）华大的明显产品新生儿耳聋基因检测新生儿遗传代谢病检测安孕可单基因遗传病携带者筛查地中海贫血基因检测安馨可™新生儿及儿童基因检测阅读全文

posted @ 2019-05-30 18:00 Life·Intelligence 阅读(957) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月29日

（转载）RNA表观遗传学开创者何川

摘要：何川，RNA表观遗传学开创者。早年毕业于中国科技大学，2000年获麻省理工学院博士学位，2000到2002年在哈佛大学做博士后研究，2002年至今执教芝加哥大学化学系, 是芝加哥大学生物物理动态研究所主任, 北京大学合成与功能生物分子中心主任。目前主要从事化学生物学、核酸化学和生物学、表观遗传学、阅读全文

posted @ 2019-05-29 18:13 Life·Intelligence 阅读(1292) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生物信息基本工具和数据库

摘要：生物信息的工具和数据库太多，但有一些基础的工具是必须精通的，甚至需要经常翻阅寻找灵感。通用数据库： UCSC Genome Browser - 基因组的可视化 OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备专业数据库汇总：单细胞数据库汇总阅读全文

posted @ 2019-05-29 14:10 Life·Intelligence 阅读(971) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月27日

女士品茶 | The Lady Tasting Tea | 统计学史

摘要： The Lady Tasting Tea - How Statistics Revolutionized Science in the Twentieth Century 本书只讨论了20世纪这100年间的统计大变革。一般的书读读就行，唯独这本书需要慢慢品读，让统计的思想深入骨髓。这本书不适合空阅读全文

posted @ 2019-05-27 23:10 Life·Intelligence 阅读(2482) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月25日

R Shiny app | 交互式网页开发

摘要：网页开发，尤其是交互式动态网页的开发，是有一定门槛的，如果你有一定的R基础，又不想过深的接触PHP和MySQL，那R的shiny就是一个不错的选择。现在R shiny配合R在统计分析上的优势，可以做出非常优秀的科学网站，但我见过的shiny还是多用于本地网站搭建，因为不是每个实验室都能拿出大量的财阅读全文

posted @ 2019-05-25 16:01 Life·Intelligence 阅读(3456) 评论(0) 推荐(1) 编辑

2019年5月23日

交互式报告系统 Dr. Tom | 华大基因培训资料

摘要：华大科技服务开发一套优秀的交互式结题报告系统，适用于没有代码基础的老师分析自己的数据。 http://report.bgi.com/ps/login/login.html 体验之后再做评价！见云盘：https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/RF3Aji 阅读全文

posted @ 2019-05-23 22:06 Life·Intelligence 阅读(1991) 评论(0) 推荐(0) 编辑

表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

摘要：需要长期更新！参考：生信修炼手册 enhancer的基本概念：长度几十到几千bp，作用是提高靶基因活性，属于顺式作用原件，DNA作用到DNA，转录因子就是反式，是结合到DNA的蛋白。 1981年，Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。特性：远距阅读全文

posted @ 2019-05-23 00:11 Life·Intelligence 阅读(4766) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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