摘要: 根据基因表达来打分的需求有很多很多: 细胞周期打分 增殖指数 - 干细胞、癌细胞 迁移指数 - 某些特定细胞,如ENCC 代谢指数 参考文章: Proliferation Index: A Continuous Model to Predict Prognosis in Patients with 阅读全文
posted @ 2018-06-12 20:10 Life·Intelligence 阅读(225) 评论(0) 编辑
摘要: 现在在做单基因敲除后的转录组数据分析,一个显而易见却又百思不得其解的问题出现了: 为什么敲掉一个基因会导致其他那么多基因的表达发生了变化,甚至是其他很多调控基因(转录因子)? 我敲掉的只是一个普通基因,又不是上游的调控基因,理论上应该只有该基因和与其直接相关的基因改变才对啊。 Genome-wide阅读全文
posted @ 2019-06-18 00:39 Life·Intelligence 阅读(13) 评论(0) 编辑
摘要: Dr. Andrew Paul HutchinsDepartment of BiologySouthern University of Science and Technology, Shenzhen, China Every cell contains all of the DNA to enco阅读全文
posted @ 2019-06-17 17:49 Life·Intelligence 阅读(10) 评论(0) 编辑
摘要: 现在大家已经对细胞结构单位习以为常,但在细胞发现之前,这是不可思议的,千奇百怪的生命世界居然有一个统一的基本单位。 这里简单回忆一下经典的细胞结构: 参考YouTube视频: Biology: Cell Structure I Nucleus Medical Media - 专业讲解,动画一流 Eu阅读全文
posted @ 2019-06-17 14:34 Life·Intelligence 阅读(11) 评论(0) 编辑
摘要: 完美人类假设:一类人,具有最完美的基因组,享受最健康的环境和饮食,同时拥有最健康的思想情绪,最终以最长的寿命,自然死亡。 自然死亡是自然生命最终的归宿,这是写在目前基因组里的铁律! 不管科技如何发展,人最终都会追求生命的拓展和延续,所以医学总体是不可能败落的,只是医学的部分低价值的工作会被淘汰。 疾阅读全文
posted @ 2019-06-16 14:39 Life·Intelligence 阅读(14) 评论(0) 编辑
摘要: 做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面。 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底。 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似阅读全文
posted @ 2019-06-12 14:35 Life·Intelligence 阅读(35) 评论(0) 编辑
摘要: 生物的东西必须要主动去了解,否则视野容易受到限制,尤其是分子生物学的核心技术。 PCR - 聚合酶链式反应 The Complete Guide to PCR (How it Works, Primer Design, and Running Reactions) - YouTube 目的:从DNA阅读全文
posted @ 2019-06-10 13:13 Life·Intelligence 阅读(18) 评论(0) 编辑
摘要: 只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文
posted @ 2019-06-01 13:24 Life·Intelligence 阅读(32) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:Add P-values and Significance Levels to ggplots ggpubr的包比较局限,能用的test也比较局限,但是做起来快速简单。 当情况特殊时ggpubr就不能用了,可以自己做了显著性test之后再显示在图上。 多组比较,挑选感兴趣的显示显著性。 还可以阅读全文
posted @ 2019-05-31 15:51 Life·Intelligence 阅读(117) 评论(0) 编辑
摘要: NIPT, Non-invasive Prenatal Testing - 无创产前基因检测 (学术名词) NIFTY,胎儿染色体异常无创产前基因检测 (注册商标)华大的明显产品 新生儿耳聋基因检测 新生儿遗传代谢病检测 安孕可单基因遗传病携带者筛查 地中海贫血基因检测 安馨可™新生儿及儿童基因检测阅读全文
posted @ 2019-05-30 18:00 Life·Intelligence 阅读(29) 评论(0) 编辑
摘要: 何川,RNA表观遗传学开创者。早年毕业于中国科技大学,2000年获麻省理工学院博士学位,2000到2002年在哈佛大学做博士后研究,2002年至今执教芝加哥大学化学系, 是芝加哥大学生物物理动态研究所主任, 北京大学合成与功能生物分子中心主任。 目前主要从事化学生物学、核酸化学和生物学、表观遗传学、阅读全文
posted @ 2019-05-29 18:13 Life·Intelligence 阅读(24) 评论(0) 编辑
摘要: 生物信息的工具和数据库太多,但有一些基础的工具是必须精通的,甚至需要经常翻阅寻找灵感。 通用数据库: UCSC Genome Browser - 基因组的可视化 OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备 专业数据库汇总: 单细胞数据库汇总阅读全文
posted @ 2019-05-29 14:10 Life·Intelligence 阅读(101) 评论(0) 编辑
摘要: The Lady Tasting Tea - How Statistics Revolutionized Science in the Twentieth Century 本书只讨论了20世纪这100年间的统计大变革。 一般的书读读就行,唯独这本书需要慢慢品读,让统计的思想深入骨髓。 这本书不适合空阅读全文
posted @ 2019-05-27 23:10 Life·Intelligence 阅读(56) 评论(0) 编辑
摘要: 网页开发,尤其是交互式动态网页的开发,是有一定门槛的,如果你有一定的R基础,又不想过深的接触PHP和MySQL,那R的shiny就是一个不错的选择。 现在R shiny配合R在统计分析上的优势,可以做出非常优秀的科学网站,但我见过的shiny还是多用于本地网站搭建,因为不是每个实验室都能拿出大量的财阅读全文
posted @ 2019-05-25 16:01 Life·Intelligence 阅读(31) 评论(0) 编辑
摘要: 华大科技服务开发一套优秀的交互式结题报告系统,适用于没有代码基础的老师分析自己的数据。 http://report.bgi.com/ps/login/login.html 体验之后再做评价! 见云盘:https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/RF3Aji阅读全文
posted @ 2019-05-23 22:06 Life·Intelligence 阅读(69) 评论(0) 编辑
摘要: 需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。 特性:远距阅读全文
posted @ 2019-05-23 00:11 Life·Intelligence 阅读(161) 评论(0) 编辑
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posted @ 2019-05-22 20:07 Life·Intelligence 阅读(5) 评论(0) 编辑
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posted @ 2019-05-21 20:23 Life·Intelligence 阅读(11) 评论(0) 编辑
摘要: 这个时代已经是多学科相互渗透的时代,纯粹的传统学科在没落,新兴的交叉学科在不断兴起。 life science neurosciences statistics computer science information theory 我的问题很简单: 想回答这些问题就必须要学习信息论! 什么是信息?阅读全文
posted @ 2019-05-20 01:02 Life·Intelligence 阅读(24) 评论(0) 编辑
摘要: 单细胞技术在飞速发展,随着数据的积累,对应的数据库也相应出现。 CellMarker - 总结了目前的celltype对应的marker,同时给出了数据的文献链接。Mouse Cell Atlas - 2017年Nature文章,相当于把整个小鼠都测了,得到了一大堆的10x数据,郭国冀。Pangla阅读全文
posted @ 2019-05-18 19:24 Life·Intelligence 阅读(126) 评论(0) 编辑
摘要: clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数。 核心函数就是get_GO_data 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库。 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数。 一个常见的任务就是获取GO数阅读全文
posted @ 2019-05-18 18:45 Life·Intelligence 阅读(116) 评论(0) 编辑
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