摘要: 有些讲得太烂了,我来通俗的梳理一下R2. Calculating R-squared 在线性回归的模型下,我们可以计算SE(line), SE(y均值)。 The statistic R2describes the proportion of variance in the response var阅读全文
posted @ 2018-11-08 16:06 Bioinformatics 阅读(17) 评论(0) 编辑
摘要: 起源:协方差自然是由方差衍生而来的,方差反应的是一个变量(一维)的离散程度,到二维了,我们可以对每个维度求其离散程度,但我们还想知道更多。我们想知道两个维度(变量)之间的关系,直观的举例就是身高和体重(青少年),我们采集到的数据里面有一种固有的性质,那就是身高越高的样本似乎总有着更大的体重,那我们如阅读全文
posted @ 2018-11-08 15:31 Bioinformatics 阅读(13) 评论(0) 编辑
摘要: 转自:https://blog.csdn.net/Meditator_hkx/article/details/52823936 序言自从选择了直博这条路,前前后后也看了有二十余篇文献,自己做的毕业设计也算是一个中型的论文,所以对于科研也可以说是稍微有点眉目了吧。 而我相信,每一个研究生(无论博士还是阅读全文
posted @ 2018-10-25 21:58 Bioinformatics 阅读(89) 评论(0) 编辑
摘要: 来自英语课的一个练习: https://www.youtube.com/watch?v=ePY3uY1L0X0 next up I'd like to welcome Joshua to ten he's from the ANU College of Medicine biology and th阅读全文
posted @ 2018-10-02 22:19 Bioinformatics 阅读(171) 评论(0) 编辑
摘要: 貌似可以随机读取dataframe格式的文本文件。阅读全文
posted @ 2018-08-27 16:19 Bioinformatics 阅读(28) 评论(0) 编辑
摘要: 单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA velocity of 阅读全文
posted @ 2018-08-20 12:19 Bioinformatics 阅读(190) 评论(0) 编辑
摘要: Dynamic networks reveal key players in aging 系统生物学中的网络分析 网络的拓扑结构:topological properties, 网络的度:whole network connectivity (degree),节点度是指和该节点相关联的边的条数,又称阅读全文
posted @ 2018-08-07 14:40 Bioinformatics 阅读(54) 评论(0) 编辑
摘要: 在看WGCNA的时候看到的一个术语。 先来看一个随机网络:没有中心节点,大部分节点都均匀的连在一起。 再看一下scale free network:大部分的连接都集中在少数的中心 如何检验一个网络是否是scale free network? A. Log-log plot of whole-netw阅读全文
posted @ 2018-08-07 14:29 Bioinformatics 阅读(52) 评论(0) 编辑
摘要: 但凡是做过基因表达数据分析的(芯片、RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器。 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的。 而往往我们是在验证时阅读全文
posted @ 2018-08-07 12:02 Bioinformatics 阅读(234) 评论(0) 编辑
摘要: 最近在开发一套自己的单细胞分析方法,所以copy paste事业有所停顿。 实例: R eNetIt v0.1-1 一下来自wiki The nearest neighbor graph (NNG) for a set of n objects P in a metric space (e.g., 阅读全文
posted @ 2018-07-18 16:52 Bioinformatics 阅读(264) 评论(0) 编辑
摘要: 参考: Learning Sparse Neural Networks through L0 Regularization The Variational Garrote阅读全文
posted @ 2018-07-04 15:03 Bioinformatics 阅读(63) 评论(0) 编辑
摘要: Consider the data (1, 1, 2, 2, 4, 6, 9). It has a median value of 2. The absolute deviations about 2 are (1, 1, 0, 0, 2, 4, 7) which in turn have a me阅读全文
posted @ 2018-06-28 14:52 Bioinformatics 阅读(45) 评论(0) 编辑
摘要: 现在终于需要用到了。阅读全文
posted @ 2018-06-28 02:25 Bioinformatics 阅读(65) 评论(0) 编辑
摘要: 这几个概念不能混淆,估计大部分人都没有完全搞懂这几个概念。 看下这个,非常有用:Interpret the key results for Correlation euclidean | maximum | manhattan | canberra | binary | minkowski 初级 先阅读全文
posted @ 2018-06-27 16:19 Bioinformatics 阅读(138) 评论(0) 编辑
摘要: 偶尔能看懂,但是死活记不住,归根结底是没有彻底理解! Type I and type II errors - wiki type I error is the rejection of a true nullhypothesis (also known as a "false positive" f阅读全文
posted @ 2018-06-25 20:09 Bioinformatics 阅读(213) 评论(0) 编辑
摘要: Bayes for Beginners: Probability and Likelihood 好好看,非常有用。 以前死活都不理解Probability和Likelihood的区别,为什么这两个东西的条件反一下就相等。 定义: Probability是指在固定参数的情况下,事件的概率,必须是0-1阅读全文
posted @ 2018-06-25 19:23 Bioinformatics 阅读(445) 评论(0) 编辑
摘要: review:Computational Methods for Trajectory Inference from Single-Cell Transcriptomics Tools/Algorithms list Heimberg-lab course Pseudo-time estimatio阅读全文
posted @ 2018-06-25 18:06 Bioinformatics 阅读(130) 评论(0) 编辑
摘要: 早就接触过这个包了,只是一直畏惧,以为很复杂,也没有应用场景,所以认识很肤浅。 现在有应用场景了,我自己开发了一个幼稚的版本,发现了很多需求,后来想起了WGCNA似乎部分解决了我的问题,今天认真打开了WGCNA的paper,看完后觉得写得真好,其中涉及的统计学非常基础和简单。 WGCNA中的一些工具阅读全文
posted @ 2018-06-25 17:37 Bioinformatics 阅读(109) 评论(0) 编辑
摘要: Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fraction of variation in expression levels of mRNAs. 基因组位点,解释了基因表达的变阅读全文
posted @ 2018-06-25 16:22 Bioinformatics 阅读(74) 评论(0) 编辑
摘要: 待看的paper:Strategies for fine-mapping complex traits assign well-calibrated probabilities of causality to candidate variants, known as fine-mapping. fi阅读全文
posted @ 2018-06-25 16:09 Bioinformatics 阅读(80) 评论(0) 编辑
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