摘要:批量处理上千个fastq的时候会产生上千个bam,因为各种原因会造成bam文件损毁或不完整,因此必须要能快速检测出错误的bam文件,重跑或找出根本问题。 处理方法:检测bam文件的完整度 for i in *.bam ;do (samtools quickcheck $i || echo $i er 阅读全文
posted @ 2021-01-12 23:10 Life·Intelligence 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:批量处理上千个fastq的时候会产生上千个bam,因为各种原因会造成bam文件损毁或不完整,因此必须要能快速检测出错误的bam文件,重跑或找出根本问题。 处理方法:检测bam文件的完整度 for i in *.bam ;do (samtools quickcheck $i || echo $i er 阅读全文
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摘要:一个比原版更好用的RNA velocity分析工具:velocyto GitHub:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R readthedoc:http://velocyto.org/velocyto.py/index.html 历史分析参考: pr 阅读全文
posted @ 2021-01-12 16:57 Life·Intelligence 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:标签:RNA-seq;基因表达 一个非常常见的图种,用于表示两组数据基因表达差异的图,通常横纵坐标分别为 Log2FC 和 P-value。 画出来并不难 美化稍微有点难度:标注重要的点,点的颜色、形状、图层顺序。 基本数据准备: 带log2FC和P-value的dataframe 需要标注的数据点 阅读全文
posted @ 2021-01-07 16:19 Life·Intelligence 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:fore-knowing, foreseeing 预后这个词是翻译过来的,太简短了,看中文不好理解,容易理解错误(不是干预、预防的意思)。【最通俗的理解:预测该疾病未来转良、被治愈的可能性】 英文解释:predicting the likely or expected development of 阅读全文
posted @ 2021-01-06 20:08 Life·Intelligence 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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posted @ 2020-12-21 14:35 Life·Intelligence 阅读(6) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:目录 变异的意义 变异的分类 突变的类型 变异对生命活动的影响 研究得较为透彻的一些变异 变异的未来研究趋势 做生物医学的,但凡视野宽一点就离不开变异,也离不开下游功能验证,这对于做传统遗传病的和最前沿癌症的工作者而言都一样。 变异的意义 多样性、自然选择、进化,以及不可避免的变异积累导致癌症。下面 阅读全文
posted @ 2020-12-02 17:56 Life·Intelligence 阅读(56) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:药物靶点是能够与特定药物特异性结合并产生治疗疾病作用或调节生理功能作用的生物大分子或生物分子结构;对物质的结构产生生物效应,在复杂调节过程或作为通路中具有主导作用;病理条件下对物质的表达、活性、结构或特性可以发生改变。 简单点说,就是通过单个抗体与靶点结合,能有效的抑制或者治疗某种疾病。 目前单抗靶 阅读全文
posted @ 2020-10-14 21:44 Life·Intelligence 阅读(115) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:以Ezh2为例,彻底搞明白一个调控因子regulator的调控原理。 这个是一个非常典型的调控因子,广泛涉及了epigenome, regulatome and transcriptome,这里还会加入miRNA,一旦把这个搞清楚了将会受益无穷。 Polycomb-group proteins Po 阅读全文
posted @ 2020-10-06 00:49 Life·Intelligence 阅读(264) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:先说结论:除了哈勃红移,宇宙微波背景辐射直接让宇宙大爆炸理论从假设变成了公理。 核心图表:1975年,古老宇宙发射出的微波,对应一个温度为2.73K的黑体。 图表解读:2008,WMAP,球面图,温度差异2.73 ± 10-5K,可见这个分布非常均匀。宇宙诞生37.9万年发射出的第一批光子,换算回去 阅读全文
posted @ 2020-10-04 22:15 Life·Intelligence 阅读(113) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:开一个专门的标签,著名实验,主要科普一些非常solid的著名的实验,以这些实验为素材的思考将会非常可靠【不至于走偏太远】。 先说结论:哈勃红移是宇宙大爆炸和宇宙膨胀的直接证据,所有的行星都在离我们远去。 大爆炸理论最早也最直接的观测证据包括从星系红移观测到的哈勃膨胀、对宇宙微波背景辐射的精细测量、宇 阅读全文
posted @ 2020-10-03 23:43 Life·Intelligence 阅读(157) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:历史经验告诉我们,诺兰出品,必属精品。在TENET里,诺兰就开始解构时间这个目前最火热的概念。 因为这是好莱坞电影,所以吸睛的故事是必须的,但我对故事不感冒,我喜欢背后的科学哲学假设。 因为TENET有当代顶级的物理学家基普索恩做科学顾问,所以肯定不存在刘慈欣小说里的某些民科设定【爱的嘲讽】,可以大 阅读全文
posted @ 2020-10-03 22:19 Life·Intelligence 阅读(164) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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posted @ 2020-09-23 19:56 Life·Intelligence 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录 什么是GTEx?目前第几版了?GTEx里面有哪些数据? GTEx有哪几篇里程碑文章? 大部分课题组是如何利用GTEx数据的? 什么是GTEx?目前第几版了?GTEx里面有哪些数据? The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project is an ongo 阅读全文
posted @ 2020-09-23 17:07 Life·Intelligence 阅读(664) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:收藏|基于表达谱研究疾病七大思路汇总 - 生信人 IF:9|全新的疾病特征基因筛选策略 - 生信人 昨天我们推广的疾病的分析思路,火爆网络,索性今天再来一个返场小段,供大家消遣一下。因为大部分的疾病不致死,或者说预后部分的信息收集并不全面,所以在做生信分析的时候跟肿瘤相比,就缺了最重要的一步预后效果 阅读全文
posted @ 2020-09-23 14:39 Life·Intelligence 阅读(145) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:优秀示例: https://yycunc.github.io/ https://github.com/lh3/lh3.github.com http://jekyllbootstrap.com/ 阅读全文
posted @ 2020-09-22 00:29 Life·Intelligence 阅读(132) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:生物信息数据库 搜遍全网都找不到一个开发生物信息数据库的教程。 其实有些数据库的工作量并不大,只是把线下的一些分析结果上传到服务器上,供用户搜索而已。 网站上可视化的对象只有两个:表格和图片。 一些稍微复杂的结果就是network,这个有现成的插件可以实现,比较简单。 开发流程 找一个类似的、自己觉 阅读全文
posted @ 2020-09-17 14:54 Life·Intelligence 阅读(248) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:关于什么是优秀的科研工作者,我们很难穷举,但是避开一些大坑是比较容易的。 科研工作的核心要义就是novel,即求新,任何重复性的工作都不算科研的核心内容【不是否认重复,重复是验证和强化的唯一手段】。 这就是为什么科研这么难又这么爽,一切都是创新,在人类的认知边缘探索。 目录: 过度在意成绩或课程作业 阅读全文
posted @ 2020-09-10 14:30 Life·Intelligence 阅读(242) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:最近我拜读了各位送交的年度工作计划,仔细推敲后,仍感到有三个方面的问题十分严重:第一,对课题理解不够,有的根本谈不上理解,做了不止一年,尚未进入角色。第二,已经完成的工作量严重偏少,博士(有的是从本室硕士上来的)做了几年还未见到可以发表的东西。第三,在计划中倾向于以最低工作量结束研究。即游击战法。以 阅读全文
posted @ 2020-09-01 22:03 Life·Intelligence 阅读(195) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:BioArt/解螺旋 这一类的公众号真的非常好,给读者整理了各种综述。 个人可以根据自己的需求Rank一下,重点阅读。 框架思维 为了圣杯,持之以恒。 看综述真滴爽,一直看一直爽。 bioart上我感兴趣的综述: 『珍藏版』Nature综述 | 基因表达调控的新模型 Pol I,合成大核糖体RNA( 阅读全文
posted @ 2020-08-28 17:37 Life·Intelligence 阅读(193) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:- [A global overview of pleiotropy and genetic architecture in complex traits](https://www.nature.com/articles/s41588-019-0481-0)- Materials: /Users/z 阅读全文
posted @ 2020-08-25 11:08 Life·Intelligence 阅读(128) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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