摘要: 虽然我们现在完全没有甲基化的数据,但还是可以了解一下。 什么是DNA甲基化,与组蛋白修饰有什么联系? DNA Methylation and Its Basic Function 表观的定义就是DNA序列不变、表型变了。最重要的就是DNA的修饰(甲基化)和组蛋白的修饰(chip-seq里面的那几种)阅读全文
posted @ 2019-05-02 16:41 Life·Intelligence 阅读(190) 评论(0) 编辑
摘要: Cell cycle analysis was conducted using the cyclone function in the scran R package (39). For every cell cluster, each cell was assigned into G1, G2M 阅读全文
posted @ 2018-06-12 20:10 Life·Intelligence 阅读(255) 评论(0) 编辑
摘要: scRNA-seq做完该做的QC、normalization、imputation、clustering、trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了。 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测,准确性有待论证,需要很阅读全文
posted @ 2018-05-05 00:04 Life·Intelligence 阅读(1469) 评论(0) 编辑
摘要: Nürburgring - Green Hell F1赛道通常短而宽,一是为了观赏性,二是为了安全。 而Nürburgring赛道则是F1赛道的极端反面,赛道长而窄,而且伴随急剧的坡度变化,狭窄的赛道两边是光滑的草坪,茂密的森林也遮挡了大部分的视野,飙车时任何一点失误都会导致车毁人亡。 Nürbur阅读全文
posted @ 2019-07-20 15:55 Life·Intelligence 阅读(14) 评论(0) 编辑
摘要: 程序好下载github有,但是没有lib,就是没有训练好的model。 以下是搜到的win平台程序的下载链接: magnet:?xt=urn:btih:7BE4EB8D640742D2FFEBD6495E9392E9E2C399BC win平台非常难用,而且速度不快,但是里面包含了lib文件。 全部阅读全文
posted @ 2019-07-19 18:00 Life·Intelligence 阅读(29) 评论(0) 编辑
摘要: Molecular Architecture of the Mouse Nervous System 表示亲缘关系的树状图解 先看文章里是怎么做的: Dendrogram construction All linkage and distance calculations were performe阅读全文
posted @ 2019-07-18 11:55 Life·Intelligence 阅读(16) 评论(0) 编辑
摘要: A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis Here we report the transcriptional profiles of 116,312 single cells from mou阅读全文
posted @ 2019-07-18 01:16 Life·Intelligence 阅读(12) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:How to Paste Everything as Plain Text 写文章的时候,用的最多的就是copy和paste了,可是现在Mac和Win默认都是会连格式一起复制,真是逆天,导致每次都不得不中转一次。 现在可以直接设置,让Mac默认的粘贴是无格式的。阅读全文
posted @ 2019-07-17 20:28 Life·Intelligence 阅读(33) 评论(0) 编辑
摘要: central nervous system (CNS) peripheral nervous system (PNS) enteric nervous system (ENS) 做这部分的科研必须要把这个问题搞得一清二楚,当前到底研究到什么地步了? 从胚胎发育的起源到成熟个体大脑中各种subtyp阅读全文
posted @ 2019-07-17 12:52 Life·Intelligence 阅读(14) 评论(0) 编辑
摘要: 最新版3.0已经发布了,有重大更新,以前的许多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 released November 2, 2018 Version 3.0 alpha released Preprint published describing new met阅读全文
posted @ 2019-07-16 14:04 Life·Intelligence 阅读(21) 评论(0) 编辑
摘要: 文章亮点: 按level来管理和分析数据,文章有不同stage,每个stage有不同subtype,这应该是一个真tree,而不只是一个进化树,文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了。 空间归类和taxonomy的工作,mapped cell types spatially and der阅读全文
posted @ 2019-07-15 15:08 Life·Intelligence 阅读(16) 评论(0) 编辑
摘要: 真的很偶然,好的东西都是在最偶然中得到的,试看之后才发现如获至宝。 上周无意刷了颜宁的微博,她推荐了这部剧的一个十周年影评,于是我花了一个周末,连续把他刷完了,感慨颇多,收益颇多。 待续~阅读全文
posted @ 2019-07-15 12:55 Life·Intelligence 阅读(17) 评论(0) 编辑
摘要: 有些情况下缺失值会零星的分布在数据当中,这时去掉所有包含缺失值的样本就不行了,直接用0去填补缺失值也不行。 所以此时就应该用拟合的方法来填补缺失值。 参考: R中数据缺失值的处理--基于mice包阅读全文
posted @ 2019-07-12 16:37 Life·Intelligence 阅读(13) 评论(0) 编辑
摘要: 冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex ma阅读全文
posted @ 2019-07-10 20:20 Life·Intelligence 阅读(13) 评论(0) 编辑
摘要: Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition 人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程 sci-hub MARINa (MAster Regulator INference algorithm) M阅读全文
posted @ 2019-07-10 12:29 Life·Intelligence 阅读(32) 评论(0) 编辑
摘要: 这部分是超级干货,也能直接体现一个开发分析者的能力。 主要分为两部分: 1. 面对新问题时,如何高效的分析和开发? 2. 面对相似的问题时,如何最快时间的利用之前的开发经验? 因为现在我主要用shell和R来处理测序数据,所以本文仅局限于shell和R代码的开发和管理。 因为最终结果必然以图表呈现,阅读全文
posted @ 2019-07-09 21:38 Life·Intelligence 阅读(11) 评论(0) 编辑
摘要: 做单细胞RNA-seq分析,自然就能想到我们测到的其实是一个概率学的东西,就像女士品茶里的酵母的泊松分布一样。 真实的细胞里,一切都是连续的,从DNA到mRNA到蛋白,是有一个时间间隔的,每一个process也不是瞬间完成的,而是有一个周期,我们可以叫做半衰期。 看一篇文献先:Database fo阅读全文
posted @ 2019-07-09 20:29 Life·Intelligence 阅读(16) 评论(0) 编辑
摘要: 人类肿瘤治疗史上的里程碑无疑一定有一座是肿瘤免疫疗法的。 而肿瘤免疫疗法的主要两大领域,细胞治疗以及以PD1/PDL1为代表的免疫检查点抑制剂都在飞速发展。 目前,已经有5种抗PD1/PDL1抗体药物上市,包括默沙东的Keytruda、百时美施贵宝的Opdivo、罗氏的Tecentriq、辉瑞和德国阅读全文
posted @ 2019-07-09 15:37 Life·Intelligence 阅读(12) 评论(0) 编辑
摘要: The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想象得,想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起。 文献阅读 | Molecular Archite阅读全文
posted @ 2019-07-08 17:57 Life·Intelligence 阅读(36) 评论(0) 编辑
摘要: 解决方案有好几种: 网页版,无脑绘图,就是麻烦,没有写代码方便 极简版,gplots::venn 文艺版,venneuler,不好安装rJava,参见Y叔 酷炫版,VennDiagram 1. 网页版的就不说了,非常简单,直接输入数据就行; 2. 极简版 3. 还没成功过,需安装rJava,代码如下阅读全文
posted @ 2019-07-08 12:57 Life·Intelligence 阅读(40) 评论(0) 编辑
摘要: 系列篇: Epigenetics in ENS development and Hirschsprung disease - Review Epigenetic Mechanisms in Hirschsprung Disease - Review Involvement of DNMT3B in 阅读全文
posted @ 2019-07-03 17:57 Life·Intelligence 阅读(13) 评论(0) 编辑
摘要: 资源: sci-hub paper CellBench package - github CellBench_data - code for the paper 现在单细胞领域的突出问题就是工具过多,但缺乏gold-standard benchmark datasets,没有一定的标准来衡量工具的好阅读全文
posted @ 2019-06-27 18:21 Life·Intelligence 阅读(42) 评论(0) 编辑
摘要: 只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文
posted @ 2019-06-25 16:35 Life·Intelligence 阅读(9) 评论(0) 编辑
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