摘要:都有哪些玩家? 某个生物学方向(发育、免疫、癌症)的大佬,强在领域的深耕,先进的技术平台,能产生高质量的data,第一作者和通讯一般都是搞实验的,生信最多也就是个共一,文章容易冲击CNS。【掌握实验材料、临床样本、测序数据】 某个疾病(depression、SLE、HSCR)的遗传学家,主要就是借助 阅读全文
posted @ 2021-05-19 15:06 Life·Intelligence 阅读(159) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:持续添加~ 基因组学 2020 - NRG - The road ahead in genetics and genomics 2019 - NRG - RNA sequencing: the teenage years 【中文导读】 2021 - Nature - Closing in on a 阅读全文
posted @ 2021-05-13 19:47 Life·Intelligence 阅读(100) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2021年06月08日 能量代谢 Glycolysis 糖酵解 Fatty acid metabolism 脂肪酸代谢 Pentose phosphate pathway - PPP - 磷酸戊糖途径 tricarboxylic acid cycle - TCA - 三羧酸循环 一句话总结: 参考: 阅读全文
posted @ 2021-03-10 16:24 Life·Intelligence 阅读(154) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:中国科学院 科研大匠 https://mp.weixin.qq.com/s/j6poVRLCC95tLSjEyM2E5g 从实用出发 是中国将来科学发展的重要方向 《瞭望》:中国脑计划是如何布局的? 蒲慕明:人脑因其复杂性被很多人称为是“内在的宇宙”,脑科学已成为科学前沿的必争之地。过去几年里,全世 阅读全文
posted @ 2021-02-24 16:50 Life·Intelligence 阅读(89) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:The R Graph Gallery - R绘图代码库 themes - https://www.r-graph-gallery.com/ggplot2-package.html#themes 要开始修饰以前的核心图片,准备发表论文了。 把之前比较raw的图修饰格式,统一生成高清晰图片,准备放入p 阅读全文
posted @ 2021-02-04 18:41 Life·Intelligence 阅读(297) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一些经验【走过的弯路】 gzip速度极慢,甚至比处理数据本身要慢得多!!! - 没人会经常压缩和解压文件,压缩的原始文件最好永远不要动。运行的中间文件用完即删,这个时代,存储空间比计算资源贵得多。 FileZilla传输(上传或下载)文件过程中,文件大小会变化 - 改设置,参考文章。 提取gtf里的 阅读全文
posted @ 2021-01-12 23:10 Life·Intelligence 阅读(175) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:见上篇:genome browser | ggplot | 基因组可视化 | R | transcript | isoform 新需求(画出Fig 4D上面的辅图, Science, 2021): 山寨版,分析解构: 首先去method里找,完全没写是什么工具画的,那就猜吧; 其次看配色和对齐方式, 阅读全文
posted @ 2021-07-21 16:55 Life·Intelligence 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:特殊情况下,需要对UMI的单细胞数据做imputation,补全缺失的数据。 工具很多,这篇paper已经帮你评估好了,直接用其推荐的工具即可。 A systematic evaluation of single-cell RNA-sequencing imputation methods 排名第一 阅读全文
posted @ 2021-06-23 15:53 Life·Intelligence 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 阅读全文
posted @ 2021-06-17 20:21 Life·Intelligence 阅读(79) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前面详解了时间介词,这里来讲地点介词。 on in at是滥用最多的三个介词,首先好好区分。 at在一个小地方,位置当做一个点,相对具体 at the cornerat the bus stopat the marketat the bookshopat Cambridgeat HKUat home 阅读全文
posted @ 2021-06-10 16:34 Life·Intelligence 阅读(95) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:都有哪些玩家? 某个生物学方向(发育、免疫、癌症)的大佬,强在领域的深耕,先进的技术平台,能产生高质量的data,第一作者和通讯一般都是搞实验的,生信最多也就是个共一,文章容易冲击CNS。【掌握实验材料、临床样本、测序数据】 某个疾病(depression、SLE、HSCR)的遗传学家,主要就是借助 阅读全文
posted @ 2021-05-19 15:06 Life·Intelligence 阅读(159) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:还是跟小孩一样,喜欢玩,尤其是这种搭积木的游戏,其实真的没什么技术含量。 但科研分析是反标准化的,如果你的paper只是pipeline出来的,那最多也就3分。 有必要搭建流程吗? 就一批小数据,那就随便搞,没必要标准化流程 经常拿到新data,那就可以考虑一下了,一键执行很快乐 公司级别的业务,持 阅读全文
posted @ 2021-05-14 12:26 Life·Intelligence 阅读(91) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:持续添加~ 基因组学 2020 - NRG - The road ahead in genetics and genomics 2019 - NRG - RNA sequencing: the teenage years 【中文导读】 2021 - Nature - Closing in on a 阅读全文
posted @ 2021-05-13 19:47 Life·Intelligence 阅读(100) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:参考:生信技能树 - 代码有所更新 获取单细胞测试数据 # devtools::install_github("satijalab/seurat-data") library(SeuratData) # AvailableData() # InstallData("pbmc3k.SeuratData 阅读全文
posted @ 2021-05-11 12:32 Life·Intelligence 阅读(152) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:想要拔高生信paper level的必备分析 没有吃透这些工具,那作为生信人是不合格的! 类似打球的肌肉记忆,生信分析也需要“肌肉记忆”,这就是对各种工具的熟练掌握,这样才能把精力放在重要问题的思考和推理上。 收集总结各种精华工具,做好代码测试和工具测评,有条件可以封装代码形成自己的函数,下次使用时 阅读全文
posted @ 2021-05-10 19:31 Life·Intelligence 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of a particular gene varies from one individual to the 阅读全文
posted @ 2021-05-07 14:49 Life·Intelligence 阅读(96) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:身高:180 目前体重: 目标体重:150斤 问题根源: 遗传基础 - 骨架修长、代谢旺盛 饮食习惯 - 吃得少 睡眠习惯 - 身体恢复不够 查看人体的主要肌群:Complete Anatomy - HKU免费 大肌群70%:胸背臀腿 小肌群30%:肩手腰,小腿 肌肉种类 红肌纤维I - 耐力,体积 阅读全文
posted @ 2021-05-05 18:25 Life·Intelligence 阅读(46) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:补充: ATAC-seq并没有比DNase-seq的peak质量好,只是起始量要求低,所以可以拓展到scATAC-seq。 DHS的peak和H3K27ac的比较相似,都是开放的,可以转录的区域。 epigenetic mark主要有四种: chromatin accessibility nucle 阅读全文
posted @ 2021-05-04 21:36 Life·Intelligence 阅读(85) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:断断续续打羽毛球也有3年了,曾经也是痴迷过,茶不思饭不想的,但没有专业训练,实力也没有什么长进。 羽毛球还是从单打开始系统练,双打更重要的是配合。 羽毛球走位 羽毛球步法如何练习?|羽毛球技巧Badminton Footwork Technique 普通人:球去哪了,就追着去哪,脚步毫无章法,永远被 阅读全文
posted @ 2021-05-01 17:24 Life·Intelligence 阅读(39) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:参考:Inferring differential exon usage in RNA-Seq data with the DEXSeq package http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DEXSeq.html 【教程已经非常清楚, 阅读全文
posted @ 2021-04-29 21:45 Life·Intelligence 阅读(64) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:必知概念: 免疫微环境 scTCR-seq immune checkpoint blockade (ICB) 参考: Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in 阅读全文
posted @ 2021-04-29 20:41 Life·Intelligence 阅读(71) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:想站在巨人的肩膀上,首先得了解巨人。 MBBS即Bachelor of Medicine, Bachelor of Surgery,即双学位two bachelor degrees in medicine and surgery,中文为,内外全科医学士。是起源于英国的一种医学生培养体系,在香港属于精 阅读全文
posted @ 2021-04-28 16:55 Life·Intelligence 阅读(89) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:契丹辽国、大宋、燕国、西夏 刷一下2003年的胡军版 EP01 一群黑衣人偷袭萧远山全家,最终萧远山老婆被杀,萧远山跳崖,留下婴儿萧峰给黑衣人。转眼成人乔峰(萧峰)就是英雄了,单人打走帝国军队,在丐帮立功。 五代后燕的慕容复找官员讨要所买军备,不料被黑,气杀狗官。表妹安慰,被直男拒绝。 丐帮想要乔峰 阅读全文
posted @ 2021-04-19 00:19 Life·Intelligence 阅读(46) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:从一则新闻开始:19岁华裔天才辍学MIT,创办AI独角兽,5年市值73亿美元! scale AI: https://scale.com/,一个靠机器来标注数据、洗数据的公司。现在真的是什么都敢贴AI的标签了。 关于国内的数据标注公司: 2020数据标注公司排行 觉醒向量 数据标注公司运营篇: 如何运 阅读全文
posted @ 2021-04-16 11:47 Life·Intelligence 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列,如果工具使用不熟还是挺烦的,容易搞错或者放大工作量。 最简单的方法: 以PKM为例,打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315 click "Tools" - "Sequence Text View" 然后就可 阅读全文
posted @ 2021-04-14 11:40 Life·Intelligence 阅读(90) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:立了一个小目标,码代码的间隙刷一些有名的电视剧,尤其是中国四大名著,还有金庸的武侠小说。 为什么要刷名著?说大一点,一个民族/国家的核心是他们的文化,即他们的道德观、思考方式、做事逻辑。另一个就是该民族/国家的历史,即其内部或者外部的恩怨情仇。不同民族/国家的文化和历史差异巨大,这也是如今种族主义/ 阅读全文
posted @ 2021-04-13 10:51 Life·Intelligence 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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