摘要: 单细胞数据分析发展到现在,已经分化为两大阵营,Seurat和Scanpy,一个代表了R,有丰富的多组学package支持,一个代表了Python,为大数据和AI而生,都有其各自独特的优势,不可被取代。 作为资深用户就很烦了,懂一个是不行的,必须两个都用,所以R和Python语言你必须都精通,否则非常 阅读全文
posted @ 2023-08-15 04:41 Life·Intelligence 阅读(111) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 镇楼综述: Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 (https://www.sc-best-practices.org/preamble.html) 最新的 阅读全文
posted @ 2023-08-09 23:38 Life·Intelligence 阅读(98) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年06月08日 解读一下这个mouse model 第一行:Ptf1a就是一个marker,类似Lgr5,只在epithelial cell里表达,后面跟了一个Cre,即这类细胞里有Cre蛋白,类似Cas; 第二行:默认是被stop终止的,但有Cre则会切除,mutant Kras就会表达, 阅读全文
posted @ 2022-02-13 16:55 Life·Intelligence 阅读(1413) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年08月25日 按CRC发展过程分为polyps and tumors,翻译分别为息肉和肿瘤。 polyps息肉又可以细分,腺瘤息肉(管状和绒毛状)和锯齿状息肉(增生性和无柄锯齿状)。Polyps were histologically categorized by two patholog 阅读全文
posted @ 2021-12-30 18:42 Life·Intelligence 阅读(1492) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年07月19日 Luminescence:化学发光,这种形式的光,来自于酶学反应提供的能量,所以如果你的试剂盒中,提供了底物,而你的样品可以表达荧光素酶,则需要用这个模块进行检测。因为这种模式下,没有任何外源的光信号,完全是靠样品和检测试剂的反应发光,所以这个检测模式下,仪器的检测灵敏度更高 阅读全文
posted @ 2021-03-10 16:24 Life·Intelligence 阅读(1240) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 2023年09月20日 Seurat的violin plot迅速加mean library(ggpubr) median.stat <- function(x){ out <- quantile(x, probs = c(0.5)) names(out) <- c("ymed") return(ou 阅读全文
posted @ 2021-02-04 18:41 Life·Intelligence 阅读(1871) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣,可以去做MSA,https://www.uniprot.org/uniprotkb 阅读全文
posted @ 2023-09-23 02:56 Life·Intelligence 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 参考前篇:可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序(RNA-seq)数据分析的方法,其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 阅读全文
posted @ 2023-09-02 07:32 Life·Intelligence 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 单细胞数据分析发展到现在,已经分化为两大阵营,Seurat和Scanpy,一个代表了R,有丰富的多组学package支持,一个代表了Python,为大数据和AI而生,都有其各自独特的优势,不可被取代。 作为资深用户就很烦了,懂一个是不行的,必须两个都用,所以R和Python语言你必须都精通,否则非常 阅读全文
posted @ 2023-08-15 04:41 Life·Intelligence 阅读(111) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 目前在做GI的Atlas项目,主要分为三类细胞:epithelial,stromal,immune。 其中epithelial就是cancer cell,然后TME就是stromal和immune。 最出名的TME就是CAF和TAM。 Key stromal cells include cancer 阅读全文
posted @ 2023-08-12 03:07 Life·Intelligence 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 这是最传统的细胞生物学手段,首先构建一个mouse的in vivo模型,然后就是切片,然后染色,直接用眼睛看,在顶刊上经常能看到一些非常漂亮的彩图,既美观又真实。 在医院里,这一类被叫做pathologist,通常就是医生初步诊断后,然后就靠pathologist来做分子诊断,IHC,然后基因型检测 阅读全文
posted @ 2023-08-11 23:59 Life·Intelligence 阅读(24) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 流式细胞仪的cell sorting是很多细胞和分子生物实验的基础,比如单细胞测序、细胞周期等。 Flow cytometry and cell sorting are two distinct yet complementary techniques. Both rely on antibodie 阅读全文
posted @ 2023-08-10 03:48 Life·Intelligence 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 镇楼综述: Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 (https://www.sc-best-practices.org/preamble.html) 最新的 阅读全文
posted @ 2023-08-09 23:38 Life·Intelligence 阅读(98) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 先来几个灵魂拷问: 生物医学不做药,纯做机制可以吗?预防、诊断、治疗 论治疗,每个技术平台各有什么特色?哪个平台最适合你? 不做药就搞不到钱,更不可能成立靠谱的公司,形成一番影响力。 基础科学研究者点评各种技术: 小分子药物,最快速,在selleckchem里根据自己的靶点直接买就行,也就抗体的价1 阅读全文
posted @ 2023-08-04 03:33 Life·Intelligence 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年07月24日 你不可能真正成功,如果你不知道什么叫做失败!【做实验尤其如此】 接下来的两个week,我将开始疯狂的cloning各种工具,常见的CRISPR ko/i/a都要玩一遍。 克隆的大致流程是一样的,就是要设计不同gRNA,所用的Plasmid也是不一样的,lentivirus克隆 阅读全文
posted @ 2023-07-21 06:44 Life·Intelligence 阅读(29) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 问题很简单,我有一段目标oligos(常见的就是gRNA,shRNA),如何最高效精准的克隆到我的目标质粒Plasmid里。 1.最常规的ligation 2.之前的CRISRP KO gRNA用的是Golden Gate Assembly NEBridge® Golden Gate Assembl 阅读全文
posted @ 2023-07-21 06:34 Life·Intelligence 阅读(10) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 实验的图最好还是用传统的Graphpad Prism来做,这样整个style可以看着更专业一些。 非要用ggplot来做也可以,就是不那么美观。 最经典的qRT-PCR需要做成柱状图。 参考: /Users/zhixinli/Dropbox (Partners HealthCare)/Project 阅读全文
posted @ 2023-07-21 05:23 Life·Intelligence 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 属于几大functional assays中的一个: Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS 阅读全文
posted @ 2023-07-21 02:28 Life·Intelligence 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 目录: 临床: 消化道的具体结构?小肠、大肠、结肠、直肠的概念?CRC的左侧和右侧的差别? 什么是polyps、lesion、tumor、cancer,这之间的区别是什么?Nonneoplastic、Neoplastic;adenomas and serrated 什么是CRC,临床上如何界定?在各 阅读全文
posted @ 2023-07-16 11:41 Life·Intelligence 阅读(39) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 非常火的一个由DFCI开发的药物系统,原理就是蛋白降解,在实验室里就在目标蛋白后面加一个尾巴,它会连接到泛素化降解系统,从而降解目标蛋白。 dragging a protein of interest (POI) to a E3 ligase for degradation like dTAGv1, 阅读全文
posted @ 2023-07-11 00:06 Life·Intelligence 阅读(54) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验,但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验,不需要太复杂,只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型: Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro 阅读全文
posted @ 2023-07-06 03:54 Life·Intelligence 阅读(33) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法: mean,最简单 PercentageFeatureSet Seurat的AddModuleScore,多了一个背景基因集,消除背景的影响,没什么意义,相当 阅读全文
posted @ 2023-06-30 02:00 Life·Intelligence 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年09月06日 比较一下CRISPR和shRNA,我还是喜欢可诱导的shRNA,主要原因就在于其可控性。 从常识就知道:在你敲除一个基因以后,细胞会随着时间发生一系列的动态变化的,如果基因十分重要,那么最终细胞会死亡,抑或达到一种稳态。 目前我们实验室还没有可诱导的CRISPR质粒,所以在L 阅读全文
posted @ 2023-06-28 04:51 Life·Intelligence 阅读(65) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年07月18日 用primer跑完PCR后,发现agarose gel有2-3个非特异性条带,于是切胶,用另一个protocol来提取gel里面的DNA。 最后一步失误地加入了PCR那一步的mixed primers(F+R),导致样本全废,只能从过滤膜里继续提取DNA了,5min提取出了3 阅读全文
posted @ 2023-06-28 02:03 Life·Intelligence 阅读(52) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年08月30日 终于在标准液F4里面检测到JARID2了,说明整个流程是成功的,抗体质量没有问题。 这次的教训是: 在有一个感兴趣的基因后,需要做一个survey,从而选择最合适的研究model; mRNA表达水平,可以看相对于actin或者18S rRNA,cellline则可以看depm 阅读全文
posted @ 2023-06-24 02:30 Life·Intelligence 阅读(39) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 最经典的一种genome wide图形,可以显示全基因组的hit。 GWAS的数据 需要里面的Chr,start,bp_cum,以及最核心的p-value。 我准备的CRIPSR screen数据。 参考: How I Create Manhattan Plots Using ggplot http 阅读全文
posted @ 2023-06-20 03:28 Life·Intelligence 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑
TOP