摘要:2021年04月20日 Flow cytometry 流式细胞术 用特定的带荧光的抗体标记细胞,然后用类似单细胞的flow技术来一个一个检测细胞的信号,一般会选择两个维度,最后就画出了一个二维的散点图(颜色代表了密度density)。 对于我们的ENCC,则用了 HNK1 和 p75NTR 两个抗体 阅读全文
posted @ 2021-03-10 16:24 Life·Intelligence 阅读(37) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:中国科学院 科研大匠 https://mp.weixin.qq.com/s/j6poVRLCC95tLSjEyM2E5g 从实用出发 是中国将来科学发展的重要方向 《瞭望》:中国脑计划是如何布局的? 蒲慕明:人脑因其复杂性被很多人称为是“内在的宇宙”,脑科学已成为科学前沿的必争之地。过去几年里,全世 阅读全文
posted @ 2021-02-24 16:50 Life·Intelligence 阅读(51) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:要开始修饰以前的核心图片,准备发表论文了。 把之前比较raw的图修饰格式,统一生成高清晰图片,准备放入paper中。 会慢慢补充所有常见的绘图代码。 一个raw image的代码: p1 <- ggplot(oxidation.df, aes(x=group, y=score, color=grou 阅读全文
posted @ 2021-02-04 18:41 Life·Intelligence 阅读(124) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:批量处理上千个fastq的时候会产生上千个bam,因为各种原因会造成bam文件损毁或不完整,因此必须要能快速检测出错误的bam文件,重跑或找出根本问题。 处理方法:检测bam文件的完整度 for i in *.bam ;do (samtools quickcheck $i || echo $i er 阅读全文
posted @ 2021-01-12 23:10 Life·Intelligence 阅读(89) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:刷一下2003年的胡军版 EP01 一群黑衣人偷袭萧远山全家,最终萧远山老婆被杀,萧远山跳崖,留下婴儿萧峰给黑衣人。转眼成人乔峰(萧峰)就是英雄了,单人打走帝国军队,在丐帮立功。 五代后燕的慕容复找官员讨要所买军备,不料被黑,气杀狗官。表妹安慰,被直男拒绝。 丐帮想要乔峰接任,灭掉一品堂是对乔峰当帮 阅读全文
posted @ 2021-04-19 00:19 Life·Intelligence 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:从一则新闻开始:19岁华裔天才辍学MIT,创办AI独角兽,5年市值73亿美元! scale AI: https://scale.com/,一个靠机器来标注数据、洗数据的公司。现在真的是什么都敢贴AI的标签了。 关于国内的数据标注公司: 2020数据标注公司排行 觉醒向量 数据标注公司运营篇: 如何运 阅读全文
posted @ 2021-04-16 11:47 Life·Intelligence 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:写写写,写SCI,写基金,申项目,想混科研圈必须成为顶级写手,同样也要成为顶级talker! 写作的套路就很多,多看多写才是王道,最好要有自己的语料库,别偷懒。 这里只讲方法、套路、逻辑,不讲具体内容。 标题怎么写? 揭示类 Reveals Single-Cell RNA-Seq Reveals D 阅读全文
posted @ 2021-04-15 15:57 Life·Intelligence 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列,如果工具使用不熟还是挺烦的,容易搞错或者放大工作量。 最简单的方法: 以PKM为例,打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315 click "Tools" - "Sequence Text View" 然后就可 阅读全文
posted @ 2021-04-14 11:40 Life·Intelligence 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:立了一个小目标,码代码的间隙刷一些有名的电视剧,尤其是中国四大名著,还有金庸的武侠小说。 为什么要刷名著?说大一点,一个民族/国家的核心是他们的文化,即他们的道德观、思考方式、做事逻辑。另一个就是该民族/国家的历史,即其内部或者外部的恩怨情仇。不同民族/国家的文化和历史差异巨大,这也是如今种族主义/ 阅读全文
posted @ 2021-04-13 10:51 Life·Intelligence 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:电视剧是把原著嚼碎了喂给你,想领悟故事的精髓还得去看小说。 笑傲江湖央视版剧情 故事中的两大派别:日月神教和五岳剑派 事件总结: 青城派余沧海为了辟邪剑谱灭了福威镖局; 衡山派刘正风金盆洗手失败,被嵩山派杀了妻小,笑傲江湖琴谱完成后,神教长老曲洋和刘正风跳崖自尽; 华山派岳不群收林平之为徒,林平之开 阅读全文
posted @ 2021-04-02 17:25 Life·Intelligence 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:探究遗传对寻找药物靶点的影响 think big 医学,肯定是以疾病为对象,每个医生都有自己专长负责的疾病,唯一的目标就是治愈或者缓解疾病。 生物医学,则是从基础研究的角度来研究疾病(表型),还有更纯粹的基础研究,都是为研究疾病做铺垫。这是市场选择的结果,医学的核心是治病,不是娱乐业让人快乐。 想象 阅读全文
posted @ 2021-04-01 15:45 Life·Intelligence 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析, 阅读全文
posted @ 2021-03-31 20:26 Life·Intelligence 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:单细胞RNA数据怎么玩,不做这个fancy的分析就太out了,必须做,且必须扯。 先看看别人怎么玩的: 对应section:Activation of Unique Gene-Regulatory Networks (GRNs) Underlies Regenerative Competence i 阅读全文
posted @ 2021-03-25 20:53 Life·Intelligence 阅读(11) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:类似之前的EZH2和HDAC1 目的:找PTBP1的target exon(gene) 这个没有生信的办法了,只能根据现有的数据库来找。 Google PTBP1 direct target exon De Novo Prediction of PTBP1 Binding and Splicing 阅读全文
posted @ 2021-03-17 20:53 Life·Intelligence 阅读(41) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前篇:EZH2 | Ezh2 | 组蛋白甲基化酶/组蛋白甲基转移酶 | 关键调控因子 类似Ezh2,都是比较火爆的核心调控因子,与多种疾病和通路有关,可以搜到很多文章都围绕它来讲故事。 目的:鉴定出HDAC1激活和抑制的靶基因。 老套路: HDAC1上调,则其激活的target genes必然也会上 阅读全文
posted @ 2021-03-17 20:46 Life·Intelligence 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:之前文章:PD-1/PD-L1 | 肿瘤免疫疗法 | 免疫系统 刚打了疫苗,很感兴趣疫苗是如何一步一步激活免疫系统,形成抵抗力的。为什么要21天之后再打第二针?为什么要肌肉注射? 免疫系统是如何区分自我和非我的?如何识别抗原的结构特征的?先天免疫和后天免疫的区别? 新冠病毒为什么这么难搞?痛点在哪里 阅读全文
posted @ 2021-03-14 01:03 Life·Intelligence 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录 干细胞疗法 成功应用领域 间充质干细胞 造血干细胞治疗白血病 MSC干细胞治疗糖尿病足 间充质干细胞 MSC优势 来源广 易获取 免疫反应低/抗原性低 局部注射风险极低,血液注射风险相对较高 MSC干预机制 定向分化 MSC分泌细胞因子 MSC抑制炎症细胞因子分泌 糖尿病是一种胰岛功能障碍或胰 阅读全文
posted @ 2021-03-12 14:34 Life·Intelligence 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:2021年04月20日 Flow cytometry 流式细胞术 用特定的带荧光的抗体标记细胞,然后用类似单细胞的flow技术来一个一个检测细胞的信号,一般会选择两个维度,最后就画出了一个二维的散点图(颜色代表了密度density)。 对于我们的ENCC,则用了 HNK1 和 p75NTR 两个抗体 阅读全文
posted @ 2021-03-10 16:24 Life·Intelligence 阅读(37) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rsid common SNP的ID,一般以rs开头,其实完全可以用坐标代替,那样可读性就很差了。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs223337 【案例】 我们来看看一个SNP有哪些基本信息? 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:05 Life·Intelligence 阅读(37) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Insilico Medicine (“英矽智能”) 官网:https://insilico.com/ 该领域龙头企业:https://www.schrodinger.com/ 转自:财新 英矽智能近期通过AI平台发现了一个特发性肺纤维化的新靶点,并通过AI确定了最佳的药物分子;有投资界人士认为,目 阅读全文
posted @ 2021-03-08 14:56 Life·Intelligence 阅读(45) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:只搞基因表达还没啥,现在搞到了isoform,即exon级别,想要随时查看底层的数据就很困难了。 比如下面就是AS分析的结果,想要手动去检查数据,完全不知所措。 一个AS event的命名: isoform1=junction:chr11:237145-244160:+|isoform2=junct 阅读全文
posted @ 2021-03-05 17:57 Life·Intelligence 阅读(45) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:为什么不得不用bedtools? 速度,当数据到达百万级以上,R和C的速度差别就非常明显了 专业,但凡涉及到region、peak的处理,bedtools都可以胜任 目录 bed文件基本处理:导出,排序 用一个query region去overlap另一个database region,并取得属性 阅读全文
posted @ 2021-03-03 16:09 Life·Intelligence 阅读(58) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录 3C简介 技术类型及区别 数据下载 基本应用 3C简介 核心理念就是把真核细胞核里的DNA三维折叠结构给测序出来,一个最经典的模型就是远距离enhancer可以促进转录。 真核生物细胞核中的染色质通过折叠成高度动态、复杂的高级结构,调控基因的转录、复制,以及损伤修复等重要功能。理解染色质在细胞 阅读全文
posted @ 2021-03-01 17:12 Life·Intelligence 阅读(94) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这在drug target的分析上应用广泛,GWAS最终发现的只是SNP而已,而drug的target却是具体的基因,Genomic predictors就是用来填补这个坑的。 参考2019年的NG,看别人是如何处理的。【idea大家早就有了】 nGene eGene cGene VEP web t 阅读全文
posted @ 2021-03-01 15:49 Life·Intelligence 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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