摘要:更新:2019年09月11日 重复看了几遍,现在觉得这门课的科普性很强,但强行解释的部分太多,而且专业性和逻辑性不是很深,需要配合教科书一起服用。 这门课程最厉害的在于逻辑串讲,把原来孤立的知识联结起来了,框架基本搭好了,就等你来一起大开脑洞。 推荐教材 分子生物学 5th - Robert F. 阅读全文
posted @ 2019-07-29 21:09 Life·Intelligence 阅读 (320) 评论 (0) 编辑
摘要:看懂这篇文章:Identification of Genes Associated With Hirschsprung Disease, Based on Whole-Genome Sequence Analysis, and Potential Effects on Enteric Nervous 阅读全文
posted @ 2018-05-09 13:18 Life·Intelligence 阅读 (22304) 评论 (0) 编辑
摘要:DNA Replication Timing ReplicationDomain: a visualization tool and comparative database for genome-wide replication timing data Replication Domain - 数 阅读全文
posted @ 2019-11-21 14:51 Life·Intelligence 阅读 (7) 评论 (0) 编辑
摘要:ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements 目标:按不同组织,收集人类(还有小鼠、worm、fly)基因组里面的所有功能元件 The primary goal of the ENCODE project is to determine the role of the r 阅读全文
posted @ 2019-11-20 14:05 Life·Intelligence 阅读 (5) 评论 (0) 编辑
摘要:好文献非常难得,提供了核心的研究思路。 FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans - 这篇文章需要好好的解析 为深入研究一个non-coding variant的作用机制提供了完整的思路 本文宏伟的目标:we sou 阅读全文
posted @ 2019-11-20 11:43 Life·Intelligence 阅读 (9) 评论 (0) 编辑
摘要:一个矛盾: GWAS得到的SNP做富集分析的话,通常都会有强的偏向性。 co-localization of GWAS signals to gene-dense and high linkage disequilibrium (LD) regions, and correlations of ge 阅读全文
posted @ 2019-11-19 19:46 Life·Intelligence 阅读 (11) 评论 (0) 编辑
摘要:这是一个进化学上的概念,基因组的序列是不断进化而来的,根据45个脊椎动物的基因组序列,通过多重比对,我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性,一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析。 This directory contains compressed phastCons scores fo 阅读全文
posted @ 2019-11-19 15:51 Life·Intelligence 阅读 (11) 评论 (0) 编辑
摘要:如何获取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息? 参考手册: Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么从gtf文件获取genome feature的 阅读全文
posted @ 2019-11-19 15:39 Life·Intelligence 阅读 (11) 评论 (0) 编辑
摘要:现在大部分学术期刊杂志都要求提供这两样东西。 一个是面向editor的文章和研究的高度总结;一个是面向读者的高度总结,一图胜千言。 如何制作动画摘要呢? 收集素材,大部分内容在PPT里就能完成。 如何写cover letter? Writing a Journal Cover Letter [Fre 阅读全文
posted @ 2019-11-11 15:46 Life·Intelligence 阅读 (18) 评论 (0) 编辑
摘要:variant主要分为两类: coding noncoding 这两大类的分析方法截然不同,coding主要直接影响了mRNA和蛋白;而noncoding,主要是影响调控。 coding编码区如何分析? 通常有很多pipeline来预测WGS等得到的SNP的功能,如annovar等数据库。 还有更进 阅读全文
posted @ 2019-11-01 21:12 Life·Intelligence 阅读 (32) 评论 (0) 编辑
摘要:WGS和WES测序和分析会产生大量的variant数据。 显然直接分析全部的variant是非常不靠谱的。 做疾病的话,有一些常用的过滤套路。 variant作用于基因表达主要分两大类: 1. coding,可以直接影响RNA的形成,以及后面蛋白的折叠组装; 2. non-coding,现在最流行的 阅读全文
posted @ 2019-10-31 16:09 Life·Intelligence 阅读 (31) 评论 (0) 编辑
摘要:无论是手机还是专业些的录音笔,录出来的音频总是会音量不够,而且背景噪音很大。 以下是初级的处理方法,非常简便: 苹果电脑mac视频录音如何免费降噪去除噪音imovie 用Mac电脑的iMovie软件,提高音量 + 自动降噪,导出mp3格式音频 极速上字幕方法,语音转写自动生成字幕,免费快速上字幕 用 阅读全文
posted @ 2019-10-28 22:40 Life·Intelligence 阅读 (46) 评论 (0) 编辑
摘要:基本原则: 选择一个可以用十年的系统,不要随意更换系统。系统的软件都不要用最新的,用次新的,就是稳定版! 让系统尽可能简单,不要随意添加无意义的内容。内核和编译器层面的的东西,自己不懂就不要乱动。 系统选择: 可以用mac,也可以用Linux,但是绝对不能用windows(在没有server的情况下 阅读全文
posted @ 2019-10-25 17:12 Life·Intelligence 阅读 (36) 评论 (0) 编辑
摘要:Transcriptional benchmarking of in vitro cells to in vivo with single-cell rna-seq - 简介 Harnessing single-cell genomics to improve the physiological f 阅读全文
posted @ 2019-10-24 16:46 Life·Intelligence 阅读 (16) 评论 (0) 编辑
摘要:rJava出了名的难装,一大堆问题。 核心的问题: 1. java版本问题,最好用1.8版本的java 2. 编译器的问题 3. 相关头文件header的问题 之前几次装过,但都放弃了,这次花了一下午终于搞定了。 对于MacOS,首先就是要配置好Java的环境,brew装java1.8 brew c 阅读全文
posted @ 2019-10-21 22:12 Life·Intelligence 阅读 (41) 评论 (0) 编辑
摘要:GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09- 阅读全文
posted @ 2019-10-16 22:27 Life·Intelligence 阅读 (121) 评论 (0) 编辑
摘要:Predicting effects of noncoding variants with deep learning–based sequence model PDF Interpreting noncoding variants - 非常好的学习资料 这篇文章的第一个亮点就是直接从序列开始分析, 阅读全文
posted @ 2019-09-05 00:06 Life·Intelligence 阅读 (113) 评论 (0) 编辑
只有注册用户登录后才能阅读该文。 阅读全文
posted @ 2019-09-03 13:10 Life·Intelligence 阅读 (21) 评论 (0) 编辑
摘要:可变剪切的预测已经很流行了,目前主要有两个流派: 用DNA序列以及variant来预测可变剪切;GeneSplicer、MaxEntScan、dbscSNV、S-CAP、MMSplice、clinVar、spliceAI 用RNA来预测可变剪切;MISO、rMATS、DARTS 前言废话 科研圈的热 阅读全文
posted @ 2019-08-29 21:39 Life·Intelligence 阅读 (168) 评论 (0) 编辑
摘要:BOOKDOWN官网 - bookdown上有不少人发布了自己的电子书 bookdown-demo (一个demo,github源码)- Rstudio出品,Yihui Xie开发,著名单细胞课程在用,y叔也在用 【强力推荐】 bookdown的优势 完全开源,向收费说不 完全自定义,想干啥就干啥 阅读全文
posted @ 2019-08-14 14:10 Life·Intelligence 阅读 (81) 评论 (0) 编辑
摘要:因为时代背景和所处行业的原因,随时学习新知识是必须的。现在是互联网时代,知识爆炸,学习的成本很低。但是如果只是简单的浏览各种信息,是无法收获知识的。 学习是为了更好的开展研究,这里主要梳理一下学习和研究的一些基本理念。 理论和实战 比如R语言的学习,只看书和视频,是学不扎实的,不实战,不做笔记,最后 阅读全文
posted @ 2019-08-08 16:10 Life·Intelligence 阅读 (193) 评论 (0) 编辑
摘要:一个标准的数据分析码农必须要配一台超薄笔记本和一台高性能服务器,笔记本是日常使用,各种小问题的解决,同时也是用于远程连接终端服务器;高性能服务器就是核心的处理数据的平台,CPU、内存、硬盘容量、GPU等都必须要能满足数据分析和建模的要求。 笔记本强烈建议是Mac家的,无论是流畅度、美学、做工都绝对秒 阅读全文
posted @ 2019-08-02 14:58 Life·Intelligence 阅读 (369) 评论 (0) 编辑
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