摘要: 对自己的定位要明确,不要定义为码农,我是computational biologist. 入了这一行就不要三心二意,这基本注定你未来10年都在干这个,就算要转行也要先把这个做好。其实大多数人最喜欢的肯定是心理学、哲学、脑科学、人工智能,其他的真的没什么意思,虽然有时候觉得未来挺没劲的,老是做这些,但阅读全文
posted @ 2018-06-09 00:34 Bioinformatics 阅读(297) 评论(0) 编辑
摘要: 只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文
posted @ 2018-04-07 16:13 Bioinformatics 阅读(81) 评论(0) 编辑
摘要: 貌似可以随机读取dataframe格式的文本文件。阅读全文
posted @ 2018-08-27 16:19 Bioinformatics 阅读(9) 评论(0) 编辑
摘要: 单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA velocity of 阅读全文
posted @ 2018-08-20 12:19 Bioinformatics 阅读(66) 评论(0) 编辑
摘要: Dynamic networks reveal key players in aging 系统生物学中的网络分析 网络的拓扑结构:topological properties, 网络的度:whole network connectivity (degree),节点度是指和该节点相关联的边的条数,又称阅读全文
posted @ 2018-08-07 14:40 Bioinformatics 阅读(28) 评论(0) 编辑
摘要: 在看WGCNA的时候看到的一个术语。 先来看一个随机网络:没有中心节点,大部分节点都均匀的连在一起。 再看一下scale free network:大部分的连接都集中在少数的中心 如何检验一个网络是否是scale free network? A. Log-log plot of whole-netw阅读全文
posted @ 2018-08-07 14:29 Bioinformatics 阅读(25) 评论(0) 编辑
摘要: 但凡是做过基因表达数据分析的(芯片、RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器。 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的。 而往往我们是在验证时阅读全文
posted @ 2018-08-07 12:02 Bioinformatics 阅读(109) 评论(0) 编辑
摘要: 最近在开发一套自己的单细胞分析方法,所以copy paste事业有所停顿。 实例: R eNetIt v0.1-1 一下来自wiki The nearest neighbor graph (NNG) for a set of n objects P in a metric space (e.g., 阅读全文
posted @ 2018-07-18 16:52 Bioinformatics 阅读(116) 评论(0) 编辑
摘要: 参考: Learning Sparse Neural Networks through L0 Regularization The Variational Garrote阅读全文
posted @ 2018-07-04 15:03 Bioinformatics 阅读(31) 评论(0) 编辑
摘要: Consider the data (1, 1, 2, 2, 4, 6, 9). It has a median value of 2. The absolute deviations about 2 are (1, 1, 0, 0, 2, 4, 7) which in turn have a me阅读全文
posted @ 2018-06-28 14:52 Bioinformatics 阅读(33) 评论(0) 编辑
摘要: 现在终于需要用到了。阅读全文
posted @ 2018-06-28 02:25 Bioinformatics 阅读(38) 评论(0) 编辑
摘要: 这几个概念不能混淆,估计大部分人都没有完全搞懂这几个概念。 看下这个,非常有用:Interpret the key results for Correlation euclidean | maximum | manhattan | canberra | binary | minkowski 初级 先阅读全文
posted @ 2018-06-27 16:19 Bioinformatics 阅读(94) 评论(0) 编辑
摘要: 偶尔能看懂,但是死活记不住,归根结底是没有彻底理解! Type I and type II errors - wiki type I error is the rejection of a true nullhypothesis (also known as a "false positive" f阅读全文
posted @ 2018-06-25 20:09 Bioinformatics 阅读(79) 评论(0) 编辑
摘要: Bayes for Beginners: Probability and Likelihood 好好看,非常有用。 以前死活都不理解Probability和Likelihood的区别,为什么这两个东西的条件反一下就相等。 定义: Probability是指在固定参数的情况下,事件的概率,必须是0-1阅读全文
posted @ 2018-06-25 19:23 Bioinformatics 阅读(150) 评论(0) 编辑
摘要: review:Computational Methods for Trajectory Inference from Single-Cell Transcriptomics Tools/Algorithms list Heimberg-lab course Pseudo-time estimatio阅读全文
posted @ 2018-06-25 18:06 Bioinformatics 阅读(44) 评论(0) 编辑
摘要: 早就接触过这个包了,只是一直畏惧,以为很复杂,也没有应用场景,所以认识很肤浅。 现在有应用场景了,我自己开发了一个幼稚的版本,发现了很多需求,后来想起了WGCNA似乎部分解决了我的问题,今天认真打开了WGCNA的paper,看完后觉得写得真好,其中涉及的统计学非常基础和简单。 WGCNA中的一些工具阅读全文
posted @ 2018-06-25 17:37 Bioinformatics 阅读(67) 评论(0) 编辑
摘要: Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fraction of variation in expression levels of mRNAs. 基因组位点,解释了基因表达的变阅读全文
posted @ 2018-06-25 16:22 Bioinformatics 阅读(47) 评论(0) 编辑
摘要: 待看的paper:Strategies for fine-mapping complex traits assign well-calibrated probabilities of causality to candidate variants, known as fine-mapping. fi阅读全文
posted @ 2018-06-25 16:09 Bioinformatics 阅读(34) 评论(0) 编辑
摘要: medium 这个非常值得一看,回归里的系数和p-value分别是什么含义。 How to Interpret Regression Analysis Results: P-values and Coefficients null hypothesis:coefficient is 0,如果p-va阅读全文
posted @ 2018-06-25 16:06 Bioinformatics 阅读(48) 评论(0) 编辑
摘要: 一个非常实际的问题,通常我们主要有三个工作的地点:1,server,用于大型数据的分析和处理;2,办公室的电脑,正式办公;3.自己的电脑,偶尔加班。 不同的工作平台之间很难同步,导致我们的工作和思维分散,不利于统一。 解决方案,所有的工作数据都放在server上(自己的工作站),办公室的电脑和自己的阅读全文
posted @ 2018-06-22 21:24 Bioinformatics 阅读(61) 评论(0) 编辑
摘要: 其实就是另一种形式的打分。 个人点评这种方法: 这篇文章发表在nature上,有点奇怪,个人感觉创新性和重要性还不够格,工具很多,但是本文基本都是自己开发的算法(毕竟satji就是搞统计出身的)。 但是仔细看了代码之后,发现这些方法确实是有点artificial! 而且算法原创性不高,多半是基于现有阅读全文
posted @ 2018-06-22 16:37 Bioinformatics 阅读(158) 评论(0) 编辑
摘要: 熟练使用PCA和tSNE,彻底理解底层的原理是非常有必要的。 参考:How to Use t-SNE Effectively Real-time tSNE Visualizations with TensorFlow.js阅读全文
posted @ 2018-06-21 18:19 Bioinformatics 阅读(44) 评论(0) 编辑
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