摘要:更新:2019年09月11日 重复看了几遍,现在觉得这门课的科普性很强,但强行解释的部分太多,而且专业性和逻辑性不是很深,需要配合教科书一起服用。 这门课程最厉害的在于逻辑串讲,把原来孤立的知识联结起来了,框架基本搭好了,就等你来一起大开脑洞。 推荐教材 分子生物学 5th - Robert F. 阅读全文
posted @ 2019-07-29 21:09 Life·Intelligence 阅读 (600) 评论 (0) 编辑
摘要:GWAS入门必看教程: Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 看懂这篇文章:Identification of Genes Associated With Hirschsprung Disease, Based on 阅读全文
posted @ 2018-05-09 13:18 Life·Intelligence 阅读 (30343) 评论 (0) 编辑
摘要:研究可以做得很浅,查查genecard数据库,从数据库里找找motif,用工具跑跑target gene,构建一下基因调控网络GRN。 研究也可以做得很深,了解一个物种里面有哪些transcription factor families,这些转录因子各自是如何发挥作用的,这些家族是如何归类的,各自有 阅读全文
posted @ 2017-02-15 19:36 Life·Intelligence 阅读 (2573) 评论 (0) 编辑
摘要:前段时间长期用Mac超内存跑程序,导致现在的系统非常卡顿,鼠标切换工具的时候频繁卡死,工作效率几乎为零。 于是通过搜索发现一款非常好用的Mac系统优化工具-MacBooster,运行了它的Turbo Boost功能,效果立竿见影,药到病除,不再卡死。 参考: 你一直在找的 Mac 系统优化工具,可能 阅读全文
posted @ 2020-01-22 12:41 Life·Intelligence 阅读 (21) 评论 (0) 编辑
摘要:大部分人只有一天的工作记忆,也就是只有很少的信息能信手拈来。 越长期的记忆就越模糊,看过的书亦是如此,想要回忆起来就必须静下心来,或者打开笔记本,才能回忆起之前的思路。 一个非常重要的问题:读过的书早晚会忘,为什么还要读书? 这个问题没搞明白是不可能坚持看书的! 这里有些别人的答案:读书早晚会忘,为 阅读全文
posted @ 2020-01-09 16:59 Life·Intelligence 阅读 (35) 评论 (0) 编辑
摘要:这是中国新说唱复活赛上的现场版,也是最富表演张力和情感的一版,MV里面的歌词有些差异。 以下是纯手工从视频里扒下的。 心里的花 我想要带你回家在那深夜酒吧 哪管它是真是假请你尽情摇摆 忘记钟意的他你是最迷人噶 你知道吗 这是最好的节拍 这是最爱的节拍前面哪里来的大井盖 我拿脚往里踹如此动感的节拍 非 阅读全文
posted @ 2020-01-08 12:40 Life·Intelligence 阅读 (40) 评论 (0) 编辑
摘要:做dry lab的读文章时看到各种实验技术老是一头雾水,非常有必要科普下那些经常出现在paper里的实验技术。 dry lab要想做得好,必须要精通实验技术,了解他们的核心需求!!! Wnt1-Cre transgenic mouse model Cre-LoxP Recombination lin 阅读全文
posted @ 2019-12-20 16:52 Life·Intelligence 阅读 (79) 评论 (0) 编辑
摘要:LetPub查询系统,非常方便,分区影响因子都可以查询,还有投稿经验可以参考。 SCI全称是Science Citation Index(科学引文索引) 科睿唯安JCR分区(Journal Citation Reports, 期刊引证报告) 中科院分区,基于JCR分成13个大类,然后按照各类期刊影响 阅读全文
posted @ 2019-12-16 21:51 Life·Intelligence 阅读 (272) 评论 (0) 编辑
摘要:思来想去,还是觉得ENCODE的流程靠谱,所以又花了快一周来调试,终于排除万难,跑成功了。【2019年12月08日】 以下是ATAC生成的结果目录: 马上测试ChIP-seq: 报错: 用这个conda装了R3.6.1,装了几个包,可能把原来的包给覆盖了,只能重新装一个这个pipeline了,以后自 阅读全文
posted @ 2019-12-10 09:57 Life·Intelligence 阅读 (389) 评论 (0) 编辑
摘要:投递任务,注意资源设置 在本地电脑映射端口 在浏览器中打开即可使用 有些分析比较耗费资源,结果文件也是上G的,这时再把结果copy到本地处理就也不合适了。 那就需要在HPC上使用python或R来处理数据,之前使用jupyter一直不成功,想把vim变成R的IDE,发现更难,各种配置很复杂,使用起来 阅读全文
posted @ 2019-12-09 10:50 Life·Intelligence 阅读 (46) 评论 (0) 编辑
摘要:主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh 阅读全文
posted @ 2019-12-08 18:27 Life·Intelligence 阅读 (104) 评论 (0) 编辑
摘要:PNAS又来一篇:Gene- and tissue-level interactions in normal gastrointestinal development and Hirschsprung disease 搜文献,无意间看到一篇相关文章,发现发在顶刊NEJM,本想细细学其精华,没想到看完 阅读全文
posted @ 2019-12-05 13:13 Life·Intelligence 阅读 (51) 评论 (0) 编辑
摘要:因为这个工具需要用到MySQL,https://github.com/ENCODE-DCC/caper,不得不再Linux服务器上安装。 首先服务器本身是有MySQL的, 但一般用户肯定是用不了的,需要管理员给你开用户,开权限,非常复杂。 所以就自己装一个吧,简单、快捷、方便。 第一想到的就是con 阅读全文
posted @ 2019-11-29 13:43 Life·Intelligence 阅读 (50) 评论 (0) 编辑
摘要:variant主要分为两类: coding noncoding 这两大类的分析方法截然不同,coding主要直接影响了mRNA和蛋白;而noncoding,主要是影响调控。 coding编码区如何分析? 通常有很多pipeline来预测WGS等得到的SNP的功能,如annovar等数据库。 prot 阅读全文
posted @ 2019-11-27 18:11 Life·Intelligence 阅读 (81) 评论 (0) 编辑
摘要:视频教程:Google Earth - Earth Zoom in/out Tutorial (Record Video) 下载google earth 在search里输入你想要去的地名 zoom out到太空视角 点击上面工具栏里的视频录像,然后点击录像 最后点击左边刚才search的地名就可以 阅读全文
posted @ 2019-11-22 13:27 Life·Intelligence 阅读 (74) 评论 (0) 编辑
摘要:DNA Replication Timing ReplicationDomain: a visualization tool and comparative database for genome-wide replication timing data Replication Domain - 数 阅读全文
posted @ 2019-11-21 14:51 Life·Intelligence 阅读 (27) 评论 (0) 编辑
摘要:ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements 目标:按不同组织,收集人类(还有小鼠、worm、fly)基因组里面的所有功能元件 The primary goal of the ENCODE project is to determine the role of the r 阅读全文
posted @ 2019-11-20 14:05 Life·Intelligence 阅读 (65) 评论 (0) 编辑
摘要:好文献非常难得,提供了核心的研究思路。 FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans - 这篇文章需要好好的解析 为深入研究一个non-coding variant的作用机制提供了完整的思路 本文宏伟的目标:we sou 阅读全文
posted @ 2019-11-20 11:43 Life·Intelligence 阅读 (32) 评论 (0) 编辑
摘要:一个矛盾: GWAS得到的SNP做富集分析的话,通常都会有强的偏向性。 co-localization of GWAS signals to gene-dense and high linkage disequilibrium (LD) regions, and correlations of ge 阅读全文
posted @ 2019-11-19 19:46 Life·Intelligence 阅读 (52) 评论 (0) 编辑
摘要:这是一个进化学上的概念,基因组的序列是不断进化而来的,根据45个脊椎动物的基因组序列,通过多重比对,我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性,一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析。 This directory contains compressed phastCons scores fo 阅读全文
posted @ 2019-11-19 15:51 Life·Intelligence 阅读 (143) 评论 (0) 编辑
摘要:如何获取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息? 参考手册: Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么从gtf文件获取genome feature的 阅读全文
posted @ 2019-11-19 15:39 Life·Intelligence 阅读 (142) 评论 (0) 编辑
摘要:现在大部分学术期刊杂志都要求提供这两样东西。 一个是面向editor的文章和研究的高度总结;一个是面向读者的高度总结,一图胜千言。 如何制作动画摘要呢? 收集素材,大部分内容在PPT里就能完成。 如何写cover letter? Writing a Journal Cover Letter [Fre 阅读全文
posted @ 2019-11-11 15:46 Life·Intelligence 阅读 (90) 评论 (0) 编辑
摘要:WGS和WES测序和分析会产生大量的variant数据。 显然直接分析全部的variant是非常不靠谱的。 做疾病的话,有一些常用的过滤套路。 variant作用于基因表达主要分两大类: 1. coding,可以直接影响RNA的形成,以及后面蛋白的折叠组装; 2. non-coding,现在最流行的 阅读全文
posted @ 2019-10-31 16:09 Life·Intelligence 阅读 (81) 评论 (0) 编辑
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