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摘要： 主图 散点图 柱状图 折线图 小提琴图 点图 进化树 圈图 Alluvial图 Sankey Diagram Marginal plot Heatmap Pheatmap ComplexHeatmap Complete Reference 坐标轴 去掉不必要的到坐标轴的距离，使图形更加紧凑 ggpl 阅读全文

摘要： 最近有个需求需要画如下的图： 这些图的核心意思是一样的，就是connection，把不同的数据连到一起。 文章里把这图叫做共线性图，是按功能命名的，Google里搜不到。 搜到类似的，这个图叫 Parallel Coordinates Plot，但显然有些丑陋。 Parallel Coordinat 阅读全文

摘要： Nürburgring - Green Hell 【統哥】 車迷人生必去一趟的德國紐柏林賽道之旅 F1赛道通常短而宽，一是为了观赏性，二是为了安全。 而Nürburgring赛道则是F1赛道的极端反面，赛道长而窄，而且伴随急剧的坡度变化，狭窄的赛道两边是光滑的草坪，茂密的森林也遮挡了大部分的视野，飙 阅读全文

摘要： 程序好下载github有，但是没有lib，就是没有训练好的model。 以下是搜到的win平台程序的下载链接： magnet:?xt=urn:btih:7BE4EB8D640742D2FFEBD6495E9392E9E2C399BC win平台非常难用，而且速度不快，但是里面包含了lib文件。 全部 阅读全文

摘要： 使用基因表达的数据来做tree TreeExp这个包的核心代码很少很少，借用里面的几个函数即可。 使用scale后的data，列是sample，行是gene # add mix as a reference merged.exprM.scale$Mixed <- rowSums(merged.exp 阅读全文

摘要： A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis Here we report the transcriptional profiles of 116,312 single cells from mou 阅读全文

摘要： 参考：How to Paste Everything as Plain Text 写文章的时候，用的最多的就是copy和paste了，可是现在Mac和Win默认都是会连格式一起复制，真是逆天，导致每次都不得不中转一次。 现在可以直接设置，让Mac默认的粘贴是无格式的。 Open System Pre 阅读全文

摘要： 前言： 胚胎发育，主要研究人和小鼠，即从受精卵到胚胎，到产后，最后到成熟体。三种主要的时期：胚胎时期E，产后发育期P，成熟到衰老期Adult。 大脑神经系统很复杂，我们擅长的只有ENS肠道神经系统，ENS的祖先就是neural crest cell。所以我们研究的其实就是neural crest的前 阅读全文

摘要： 最新版V3文档：https://satijalab.org/seurat/vignettes.html 不要再用V2的版本了，V3已经涵盖了V2所有的功能。 最新版3.0已经发布了，有重大更新，以前的许多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 released No 阅读全文

摘要： 文章亮点： 按level来管理和分析数据，文章有不同stage，每个stage有不同subtype，这应该是一个真tree，而不只是一个进化树，文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了。 空间归类和taxonomy的工作，mapped cell types spatially and der 阅读全文

摘要： 真的很偶然，好的东西都是在最偶然中得到的，试看之后才发现如获至宝。 上周无意刷了颜宁的微博，她推荐了这部剧的一个十周年影评，于是我花了一个周末，连续把他刷完了，感慨颇多，收益颇多。 待续~ 阅读全文

摘要： 有些情况下缺失值会零星的分布在数据当中，这时去掉所有包含缺失值的样本就不行了，直接用0去填补缺失值也不行。 所以此时就应该用拟合的方法来填补缺失值。 参考： R中数据缺失值的处理--基于mice包 阅读全文

摘要： 冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖？知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex ma 阅读全文

摘要： Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition 人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程 sci-hub MARINa (MAster Regulator INference algorithm) M 阅读全文

摘要： 做单细胞RNA-seq分析，自然就能想到我们测到的其实是一个概率学的东西，就像女士品茶里的酵母的泊松分布一样。 真实的细胞里，一切都是连续的，从DNA到mRNA到蛋白，是有一个时间间隔的，每一个process也不是瞬间完成的，而是有一个周期，我们可以叫做半衰期。 看一篇文献先：Database fo 阅读全文

摘要： 这一部分知识点确实又多又杂，不要在学习中失去乐趣，要善于抓住重点。 看下百济神州的这个视频就会一目了然了，https://www.beigene.cn/science-and-product-portfolio/pipeline/tislelizumab TOC 什么是PD-1和PD-L1，有什么区 阅读全文

摘要： The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章，确实很nb，这个工作是之前我们无法想象得，想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起。 文献阅读 | Molecular Archite 阅读全文

摘要： 网页版venn图 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） 在线数据可视化系列一：维恩图 - 内含推荐指数 发表级venn图 如果对venn图颜值要求较高，强烈推荐venneuler 理由： 面积比例代表数量，信息含量更高 可以直接与ggplot对接，自定义修改 参考代码：human/sing 阅读全文

摘要： 系列篇： Epigenetics in ENS development and Hirschsprung disease - Review Epigenetic Mechanisms in Hirschsprung Disease - Review Involvement of DNMT3B in 阅读全文

摘要： 资源： sci-hub paper CellBench package - github CellBench_data - code for the paper 现在单细胞领域的突出问题就是工具过多，但缺乏gold-standard benchmark datasets，没有一定的标准来衡量工具的好 阅读全文