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一个R lib文件夹，最好就装一个版本的R packages，因为不同版本存在兼容性问题。 偶然间我把新版本装到了旧版本里，产生了兼容性问题。 用以下代码重装就行 GPT神器，问题如下： how to list R package that build under specific version 阅读全文
posted @ 2024-11-20 03:50
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2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
posted @ 2023-11-10 02:29
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Tips: Atlas级别的数据，需要做加速处理，比如常见的marker鉴定，不要用seurat默认的函数，非常慢。 presto包的算法复杂度极低，再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
posted @ 2023-08-15 04:41
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镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 （https://www.sc-best-practices.org/preamble.html） 最新的 阅读全文
posted @ 2023-08-09 23:38
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有：注射给药，灌胃给药，口服，鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等，选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式： 皮下注射（Subcutaneous Injections，SC） 皮内注射（Intradermal Injecti 阅读全文
posted @ 2022-02-13 16:55
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考：肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有 阅读全文
posted @ 2021-12-30 18:42
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2024年01月18日 什么是纳米颗粒靶向静脉递送系统？ 脂质纳米颗粒（Lipid nanoparticle, LNP） 2024年01月18日 抗体本来属于免疫学的内容，但因为应用过于广泛，所以必须学习。 大家都知道抗体就是与抗原特异结合的大蛋白，也知道抗体的Y型结构，那具体结构是如何呢？ 几个问 阅读全文
posted @ 2021-03-10 16:24
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2025年05月21日 aggregate(proCSC1 ~ drug, data = tmp.df, FUN = mean) 2024年08月27日 好用的color theme：https://github.com/nanxstats/ggsci 2023年10月18日 barplot截取y轴 阅读全文
posted @ 2021-02-04 18:41
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版权问题，miniconda下载包非常不方便，最烦这种把用户量做起来了就开始收费的，不缴费不给用。 恰饭可以，找其他渠道啊，现在这个看相太难看了。 conda 和 Anaconda 是两回事： • conda 是包管理器（开源，BSD 许可证，仍然免费）。 • Anaconda 是一个商业公司提供的 阅读全文
posted @ 2025-05-10 03:24
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SOX9因为IDR domain太多，完整的结构基本无法预测，所以从多肽SLiM着手，分段预测，分而治之。 用的是LightDock这个对接工具，非常好用，速度也很快，50个多肽和1个蛋白的对接，时间可以控制在半天之内。 https://lightdock.org/tutorials/0.9.3/b 阅读全文
posted @ 2025-05-02 03:00
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2025年05月12日 显性的使用这个python才行 module load alphafold/3.0.1 /n/app/alphafold/3.0.1/alphafold_venv/bin/python /n/app/alphafold/3.0.1/alphafold_venv/bin/run 阅读全文
posted @ 2025-04-19 04:56
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生信全栈，最后一栈肯定就是蛋白了，做到下游离不开蛋白。 机制：大部分机制其实就是PPI，你发现一个表型里重要的一个PPI，就是机制； 功能：定位了核心蛋白，一个最自然的问题就是蛋白的每个domain的功能是什么，想要成药最好知道蛋白结构； 药物：一旦知道蛋白结构，开发和优化药物就变得简单得多了，药物 阅读全文
posted @ 2025-04-19 04:09
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最新分析 2025年04月18日 合作项目，需要用到CCI分析 单细胞数据，CCI细胞互作绝对算得上最fancy的一个板块了，大量研究表面，细胞间的相互作用决定了细胞的功能，从而与表型和疾病直接相关。 这是个prostate cancer的项目 用的小鼠数据，有single-KO，相当于早期的PC或 阅读全文
posted @ 2025-04-19 02:28
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2025年03月27日 先看一篇高分文章：Chromatin state dynamics confers specific therapeutic strategies in enhancer subtypes of colorectal cancer With the use of the Ch 阅读全文
posted @ 2025-03-28 02:52
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2025年03月05日 pyscenic命令行工具鉴定GRN非常简单和快速 三步： pyscenic grn pyscenic ctx pyscenic aucell 代码 pyscenic grn pan.stemcell.expression_mtx.csv allTFs_mm.txt -t - 阅读全文
posted @ 2025-01-24 00:48
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下载一个神器 https://github.com/dvolgyes/zenodo_get 下载一个仓库里的全部数据 zenodo_get 8167657 下载某一个文件 zenodo_get 8167657 -w file.list wget https://zenodo.org/record/8 阅读全文
posted @ 2025-01-23 00:45
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这是个非常经典的分析，用于来确定蛋白互作。 传统的蛋白互作分析，就是co-IP，Mass spec等，但这类技术的假阳性和敏感度都不够。 还有就是荧光图，然后对图像做共定位分析，这个需要非常高分辨率的共聚焦显微镜。 还有一种，表观因子的共定位分析，那就是对ChIP-seq和Cut&Run的summi 阅读全文
posted @ 2024-12-18 01:05
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参考： http://localhost:17449/lab/tree/projects/BAF_SOX9/diffbind/6.DMSO_only.ipynb http://localhost:17449/lab/tree/projects/BAF_SOX9/diffbind/2.2-Diffbi 阅读全文
posted @ 2024-12-17 05:56
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下载Using EntrezDirect as noted to get structure accessions https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/ for i in `cat all.epi.regulators.txt` do echo 阅读全文
posted @ 2024-12-13 05:39
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Diffbind可以处理bulk ATAC-seq数据，但一些motif的高级分析就要单独做。 恰好，Signac R包，为单细胞而设计，包含了很多内置的motif分析，比如motif综合活性，可以很方便的做一些下游分析，比如correlation。 代码：http://localhost:1744 阅读全文
posted @ 2024-11-08 00:48
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两个peak set的motif差异富集 网页版更好用：https://meme-suite.org/meme/tools/centrimo 命令行需要准备文件，比较复杂。 wget https://jaspar.elixir.no/download/data/2024/CORE/JASPAR202 阅读全文
posted @ 2024-11-06 10:15
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大佬现在都是这么玩数据的： https://github.com/dpeerlab/progressive-plasticity-crc-metastasis The processed H5AD data for reproducing this analysis is hosted on AWS 阅读全文
posted @ 2024-11-03 22:19
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The ENCODE Blacklist: Identification of Problematic Regions of the Genomehttps://github.com/Boyle-Lab/Blacklist/tree/master ATAC-seq footprinting unra 阅读全文
posted @ 2024-07-12 22:25
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2025年01月08日 新的探索 gepia2的Python包无法使用，没法通过API得到数据 突然发现DEG列表可以全部导出，http://gepia2.cancer-pku.cn/#degenes，设置一下阈值即可。 我发现有极个别基因，如NME2，log2FC是相反的，跟我自己手动做的，不知道 阅读全文
posted @ 2024-04-11 22:30
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把本质的问题泛化一下 医学三大主题：预防，诊断，治疗。 治疗的本质就是用一种干预（药物）能让病人表现反转（疾病态变为健康态）。 所以，药物开发的本质就是筛选+验证，然后走流程一二三期推向临床。 筛选的本质就是给一个干预（各种药物或者CRISPR），然后观察表型，表型readout的选择很灵活。 筛选 阅读全文
posted @ 2024-03-26 22:41
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前言 荒废了一个多月，终于回归了。很早就想分析一下多个抗肿瘤药物平台，其各自的优缺点，未来的发展趋势，如果去工业界到底选择哪个平台，你最终选的不一定对，但“一定要有自己的想法”。 我个人是非常喜欢ADC平台的，它非常偏应用，也更加涉及到抗肿瘤药物的本质（对比其他疾病而言），原理也非常的清晰明确。但我 阅读全文
posted @ 2024-03-25 02:34
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创建conda环境，安装必要软件 conda create -n wgs conda activate wgs conda install bioconda::bwa 下载最佳ref fasta gcloud storage cp gs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAME SAVE_ 阅读全文
posted @ 2024-02-10 15:57
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