Digital-LI

摘要： 来自选修的一门统计课程：Advanced statistical methods 理论性较弱，实践性很强的工具类课程，学完后可以直接拿R来分析数据。 课程目录： Introduction to R Regression model in R Applied regression I Applied 阅读全文

摘要： 富集分析非常常见，用于判断抽样的结果是否显著。 例子1：一个工厂总共有N件产品，其中M件次品，现在从中抽取n件做检查，抽到k件次品的概率分布服从超几何分布。 例子2：一个细胞有N个基因，其中在pathway A里面有M个基因，现在从中抽取n个基因，抽到k个pathway A里基因的概率分布服从超几何 阅读全文

摘要： 大部分人只有一天的工作记忆，也就是只有很少的信息能信手拈来。 越长期的记忆就越模糊，看过的书亦是如此，想要回忆起来就必须静下心来，或者打开笔记本，才能回忆起之前的思路。 一个非常重要的问题：读过的书早晚会忘，为什么还要读书？ 这个问题没搞明白是不可能坚持看书的！ 这里有些别人的答案：读书早晚会忘，为 阅读全文

摘要： 这是中国新说唱复活赛上的现场版，也是最富表演张力和情感的一版，MV里面的歌词有些差异。 以下是纯手工从视频里扒下的。 心里的花 我想要带你回家在那深夜酒吧 哪管它是真是假请你尽情摇摆 忘记钟意的他你是最迷人噶 你知道吗 这是最好的节拍 这是最爱的节拍前面哪里来的大井盖 我拿脚往里踹如此动感的节拍 非 阅读全文

摘要： 2023年02月03日 换了个实验室，我还是唯一的搞生信的，但明显学习氛围非常浓厚，有实验的问题也基本能够得到解答，非常开心，开始深度学习实验技能。 先从质粒开始，plasmid。 Plasmids | Cloning vectors: Plasmids | Why do we use plasmi 阅读全文

摘要： LetPub查询系统，非常方便，分区影响因子都可以查询，还有投稿经验可以参考。 SCI全称是Science Citation Index(科学引文索引) 科睿唯安JCR分区(Journal Citation Reports, 期刊引证报告) 中科院分区，基于JCR分成13个大类，然后按照各类期刊影响 阅读全文

摘要： 补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程，虽然可以完成任务，但是数据量一多，批次多起来，就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程，那就要用起来，管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦，没有针对local的一键安装，但我们可以借 阅读全文

摘要： 2025年01月23日 ## ModuleNotFoundError: No module named 'ipykernel'# conda install ipykernelpip install ipykernel ipython kernel install --name "scenicplu 阅读全文

摘要： 2025年03月05日 这个不算富集分析，就是motif的Occurance分析，即motif到底比对到了DNA的哪个位置 awk -v OFS="\t" '$1=$1' core.sox9.peaks.12k.bed > core.sox9.peaks.12k.tab.bed bedtools g 阅读全文

摘要： 因为这个工具需要用到MySQL，https://github.com/ENCODE-DCC/caper，不得不再Linux服务器上安装。 首先服务器本身是有MySQL的， 但一般用户肯定是用不了的，需要管理员给你开用户，开权限，非常复杂。 所以就自己装一个吧，简单、快捷、方便。 第一想到的就是con 阅读全文

摘要： variant主要分为两类： coding noncoding 这两大类的分析方法截然不同，coding主要直接影响了mRNA和蛋白；而noncoding，主要是影响调控。 coding编码区如何分析？ 通常有很多pipeline来预测WGS等得到的SNP的功能，如annovar等数据库。 prot 阅读全文

摘要： 视频教程：Google Earth - Earth Zoom in/out Tutorial (Record Video) 下载google earth 在search里输入你想要去的地名 zoom out到太空视角 点击上面工具栏里的视频录像，然后点击录像 最后点击左边刚才search的地名就可以 阅读全文

摘要： DNA Replication Timing ReplicationDomain: a visualization tool and comparative database for genome-wide replication timing data Replication Domain - 数 阅读全文

摘要： ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements 目标：按不同组织，收集人类（还有小鼠、worm、fly）基因组里面的所有功能元件 The primary goal of the ENCODE project is to determine the role of the r 阅读全文

摘要： 好文献非常难得，提供了核心的研究思路。 FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans - 这篇文章需要好好的解析 为深入研究一个non-coding variant的作用机制提供了完整的思路 本文宏伟的目标：we sou 阅读全文

摘要： SNPsnap已经可以被vsampler取代了 一个矛盾： GWAS得到的SNP做富集分析的话，通常都会有强的偏向性。 co-localization of GWAS signals to gene-dense and high linkage disequilibrium (LD) regions 阅读全文

摘要： 这是一个进化学上的概念，基因组的序列是不断进化而来的，根据45个脊椎动物的基因组序列，通过多重比对，我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性，一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析。 This directory contains compressed phastCons scores fo 阅读全文

摘要： 2025年05月21日 很奇怪的gtf，属性排序不固定，而且有的行并没有基因名，写了个python脚本来提取。 import re import gzip import csv input_file = "genes.Homo_sapiens.GRCh38.109.gtf.gz" # 替换成你的文件 阅读全文

摘要： 现在大部分学术期刊杂志都要求提供这两样东西。 一个是面向editor的文章和研究的高度总结；一个是面向读者的高度总结，一图胜千言。 如何制作动画摘要呢？ 收集素材，大部分内容在PPT里就能完成。 如何写cover letter？ Writing a Journal Cover Letter [Fre 阅读全文

摘要： WGS和WES测序和分析会产生大量的variant数据。 显然直接分析全部的variant是非常不靠谱的。 做疾病的话，有一些常用的过滤套路。 variant作用于基因表达主要分两大类： 1. coding，可以直接影响RNA的形成，以及后面蛋白的折叠组装； 2. non-coding，现在最流行的 阅读全文