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摘要: file1的文件如下所示: a rs1 b rs2 c rs4 file2的文件如下所示: a 0.170721 -1.82031 0.0690841 rs1 b 0.0803412 -1.01669 0.309605 rs2 c 0.21245 0.22964 0.81843 rs3 d 0.07 阅读全文
posted @ 2020-07-17 09:48 橙子牛奶糖 阅读(694) 评论(2) 推荐(1)
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: Multi-method Genome- And Epigenome-Wide Studies of Inflammatory Protein Levels in Healthy Older Adults 不想看英文题目: 健康老年人炎症蛋白水平的全基因组和表观基因 阅读全文
posted @ 2020-07-12 20:26 橙子牛奶糖 阅读(441) 评论(0) 推荐(1)
摘要: MR-PRESSO是18年发在Nature Genetics上的一个检验水平基因多效性的方法Detection of widespread horizontal pleiotropy in causal relationships inferred from Mendelian randomizat 阅读全文
posted @ 2020-07-11 14:48 橙子牛奶糖 阅读(12440) 评论(2) 推荐(1)
摘要: 如果想将基因型转化为0,1,2 可以使用命令:plink --bfile file --recodeA --out recodefile 如果想将基因型转化为0,1 可以使用命令:plink --bfile file --recodeD --out recodefile 如果想将基因型同时转化为0, 阅读全文
posted @ 2020-07-08 15:57 橙子牛奶糖 阅读(3736) 评论(4) 推荐(2)
摘要: 安装R包时发生如下报错ERROR: configuration failed for package ‘gmp’ 用conda安装conda install -c conda-forge r-gmp即可解决这个报错。 阅读全文
posted @ 2020-07-07 20:22 橙子牛奶糖 阅读(2979) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 一周前Cancer Res (IF: 8.378) 新发了一篇文章“LDtrait: An Online Tool for Identifying Published Phenotype Associations in Linkage Disequilibrium” 看文献名很好理解,就是通过输入R 阅读全文
posted @ 2020-07-07 16:23 橙子牛奶糖 阅读(1369) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: Assessment of Polygenic Architecture and Risk Prediction Based on Common Variants Across Fourteen Cancers 不想看英文题目: 基于常见变异对十四种癌症进行多基因架 阅读全文
posted @ 2020-07-05 17:44 橙子牛奶糖 阅读(456) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 使用p1 <- prcomp_irlba(beta, n=20)进行PCA计算,一直报错: Error in (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, : BLAS/LAPACK 例行程序'D 阅读全文
posted @ 2020-07-04 20:12 橙子牛奶糖 阅读(1973) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇: QC1:甲基化数据QC:使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC2:甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型(ewastools工具) 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程: 1、导入、加载安装包 if ( 阅读全文
posted @ 2020-06-23 21:58 橙子牛奶糖 阅读(4643) 评论(1) 推荐(1)
摘要: 本周最新文献速递,如约而至~ 一 **文献题目:**Genome-wide Association Study for Alcohol-related Cirrhosis Identifies Risk Loci in MARC1 and HNRNPUL1 **不想看英文题目:**全基因组关联研究确 阅读全文
posted @ 2020-06-21 15:59 橙子牛奶糖 阅读(262) 评论(0) 推荐(1)
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