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欢迎关注微信公众号“bio生物信息” GeneATLAS的数据全部来自 UK Biobank 的452,264个英国白人样本。 总共囊括的表型有778个，位点有三千万个。 优点 网站 所有关联分析的summary数据都是可以下载的。 而且提供了所有表型的 原始基因型数据的曼哈顿图、imputatio 阅读全文
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gene based关联分析研究是SNP based关联分析研究的一个补充。 目前有很多工具支持gene based关联分析研究，比如GCTA，VEGAS2等。 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene based的关联分析研究。 先说VEGAS2的优点，输入特别简单，不需要准备太多输入文件。 阅读全文
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时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖（陈文燕）」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程 阅读全文
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换算公式：z-score=beta/SE 如果是从GWAS summary数据换算的话就是：z-score=Effect/StdErr 来源：https://www.biostars.org/p/140292/ 阅读全文
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这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、 "GWAS4D" , 推荐指数： 网址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: 阅读全文
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前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒，不愿意动笔，但想着既然答应了，不写说不过去。 我写这段话的意思是， 阅读全文
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全基因组关联分析除了找到显著的关联位点，我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析，下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX， 不支持 阅读全文
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目前GWAS方向发了很多文献，但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总。 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包。看了一下功能齐全，但是数据不是收录的很齐全。 下面具体讲一下。 在R上安装 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 提取显著信号位点信息 获取含有rs12752 阅读全文
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这篇文章是对之前 "啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘（全基因组关联分析）" 这篇文章的一个补坑。 LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外，还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。 1 下载、安装ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 3 测试是否安装成功 如果安装成功，输 阅读全文
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在合并数据过程当中，经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的，这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子，假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能：1）小明的基因型数据统一好正链或者负链；2）小红的基因型数据统一好正链或者 阅读全文