小鲨鱼2018

2025年2月3日

摘要： python中实现两个文件的cat型的合并阅读全文

posted @ 2025-02-03 00:00 小鲨鱼2018 阅读(24) 评论(0) 推荐(1)

摘要： python 中实现gz文件的解压。 001、 (base) [root@PC1 test]# ls a.txt.gz test.py (base) [root@PC1 test]# zcat a.txt.gz ## 测试的压缩文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 阅读全文

posted @ 2025-02-02 23:59 小鲨鱼2018 阅读(65) 评论(0) 推荐(1)

2025年2月2日

python中计算fastq文件的q20和q30值

摘要： 001、阅读全文

posted @ 2025-02-02 23:40 小鲨鱼2018 阅读(38) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月1日

python 中将fastq数据的碱基质量值转换为数值

摘要： 001、 def fastq_quality_to_phred(fastq_file): with open(fastq_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('+'): continue # 跳过加号行 quality_line = 阅读全文

posted @ 2025-02-01 23:32 小鲨鱼2018 阅读(23) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中如何实现数字每个三个数字增加一个逗号

摘要： Linux 中如何实现数字每个三个数字增加一个逗号 001、 [s20223040682@admin1 test]$ ls a.txt [s20223040682@admin1 test]$ cat a.txt 23453245533 9706634552 356662212 34566 [s20 阅读全文

posted @ 2025-02-01 15:07 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0)

python 计算 fastq数据中的reads数目、碱基数目

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq SRR1770413_2.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py #!/usr/bin/env 阅读全文

posted @ 2025-02-01 00:04 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

python 计算 fastq数据中的GC 含量

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq SRR1770413_2.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py #!/bin/env pyt 阅读全文

posted @ 2025-02-01 00:03 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月29日

Linux 中 awk命令匹配某行中仅仅包含指定字符的行

摘要： 001、 (base) [s20213040583@admin1 test]$ ls a.txt (base) [s20213040583@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 ATCkkCAA GGAaattTGccggCCAA ATCCAA05 阅读全文

posted @ 2025-01-29 19:12 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令输出指定字符匹配的次数

摘要： 001、 (base) [s20213040583@admin1 test]$ ls a.txt (base) [s20213040583@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06aa 0aa7 08 09 10 1aa1 12 13 14d 阅读全文

posted @ 2025-01-29 19:11 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)

测序中的GC偏好

摘要： 001、测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到，产生的reads更多，这些区域的覆盖度更高，在高GC或者低GC区域，不容易被测到，产生较少的reads，这些区域的覆盖度更少。用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标，覆盖度作为纵坐标作图，可以明显的看到该趋势。这阅读全文

posted @ 2025-01-29 19:10 小鲨鱼2018 阅读(103) 评论(0) 推荐(0)

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