2025年3月24日
vcftools计算fst选择信号滑窗参数
摘要： 001、vcftools计算选择信号滑窗参数 vcftools --vcf PopA_PopB.vcf --weir-fst-pop PopA.txt --weir-fst-pop PopB.txt --fst-window-size 50000 --fst-window-step 20000 -- 阅读全文
posted @ 2025-03-24 21:13 小鲨鱼2018 阅读(127) 评论(0) 推荐(0)
gatk硬过滤官方推荐参数
摘要： 001、 官方链接 https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531112--How-to-Filter-variants-either-with-VQSR-or-by-hard-filtering 002、SNP、 gatk V 阅读全文
posted @ 2025-03-24 11:02 小鲨鱼2018 阅读(224) 评论(0) 推荐(0)
SNeP软件计算有效群体大小
摘要： 001、官网： https://sourceforge.net/projects/snepnetrends/ 002、脚本： SNeP1.1 -ped sample_name.ped -map sample_name.map -threads 10 -ld -out ./sample_name ## 阅读全文
posted @ 2025-03-24 09:02 小鲨鱼2018 阅读(153) 评论(0) 推荐(0)