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2025年7月15日
Linux 中变量字符串的截取
摘要: Linux 中变量字符串的截取 两类截取方式: #表示从左侧截取; %表示从右侧截取; 同时对应两种贪婪匹配模式: ##表示左侧贪婪匹配; %%表示右侧贪婪匹配; 同时对应两种方向: *.表示从左侧匹配; .*表示从右侧匹配; 001、实例1,左侧匹配截取 [root@PC1 test]# ls [
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posted @ 2025-07-15 09:09 小鲨鱼2018
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2025年7月14日
python 中 if语句条件判断退出,并输出错误信息
摘要: python 中 if语句条件判断退出,并输出错误信息 001、 (base) [root@PC1 test]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- import sys list1 = [3, 8, 30
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posted @ 2025-07-14 15:21 小鲨鱼2018
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2025年7月3日
Linux中浮点数和整数值的if比较判断
摘要: 001、 #!/usr/bin/env bash depth=9.8653 if echo "$depth > 10" | bc -l | grep -q 1 then echo "pass" else echo "fail" fi (base) [b20223040323@admin2 test]
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posted @ 2025-07-03 09:54 小鲨鱼2018
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2025年6月27日
fasta转换为phylip格式单样本一行
摘要: 001、 from Bio import AlignIO alignment = AlignIO.read("input.fasta", "fasta") AlignIO.write(alignment, "output.phy", "phylip-sequential") 。
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posted @ 2025-06-27 19:25 小鲨鱼2018
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线粒体基因组数据构建 network
摘要: 001、原始fasta格式数据的多序列比对 mafft --auto --thread 4 all_460_trim02.fasta > aligned_sequences.fasta 002、fasta格式数据转换为phy格式 DNAsp软件实现: 003、network软件计算: 004、 00
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posted @ 2025-06-27 16:56 小鲨鱼2018
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2025年6月26日
seqmagick 软件将fasta格式转换为phylip格式
摘要: 001、 seqmagick convert aligned_sequences.fasta output.phy 002、 seqmagick convert --output-format phylip --phylip-sequential aligned_sequences.fasta ou
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posted @ 2025-06-26 22:42 小鲨鱼2018
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2025年6月25日
centos7 中 seqmagick 软件的安装
摘要: 001、 conda install -c bioconda seqmagick 002、 seqmagick 。
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posted @ 2025-06-25 00:12 小鲨鱼2018
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2025年6月24日
vcftools根据snpID 提取数据和删除数据
摘要: 001、删除数据 vcftools --recode-INFO-all --vcf geno_snp_rm_het.recode.vcf --exclude female_sites.list --recode --out rm_female_sites 002、提取数据 vcftools --re
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posted @ 2025-06-24 19:08 小鲨鱼2018
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2025年6月23日
bwa + gatk最佳实践流程比对全基因组、单独比对染色体比对深度的差异
摘要: 001、 bwa + gatk最佳实践流程比对全基因组、单独比对染色体比对深度的差异
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posted @ 2025-06-23 09:57 小鲨鱼2018
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vcftools 计算每一个位点的平均的测序深度
摘要: 001、 vcftools --gzvcf 50_male_auto_mt_y.gz --site-mean-depth --out output_prefix
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posted @ 2025-06-23 09:52 小鲨鱼2018
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