小鲨鱼2018

摘要： Linux 中变量字符串的截取 两类截取方式： #表示从左侧截取； %表示从右侧截取； 同时对应两种贪婪匹配模式： ##表示左侧贪婪匹配； %%表示右侧贪婪匹配； 同时对应两种方向： *.表示从左侧匹配； .*表示从右侧匹配； 001、实例1，左侧匹配截取 [root@PC1 test]# ls [ 阅读全文

摘要： python 中 if语句条件判断退出，并输出错误信息 001、 (base) [root@PC1 test]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- import sys list1 = [3, 8, 30 阅读全文

摘要： 001、 #!/usr/bin/env bash depth=9.8653 if echo "$depth > 10" | bc -l | grep -q 1 then echo "pass" else echo "fail" fi (base) [b20223040323@admin2 test] 阅读全文

摘要： 001、 from Bio import AlignIO alignment = AlignIO.read("input.fasta", "fasta") AlignIO.write(alignment, "output.phy", "phylip-sequential") 。 阅读全文

摘要： 001、原始fasta格式数据的多序列比对 mafft --auto --thread 4 all_460_trim02.fasta > aligned_sequences.fasta 002、fasta格式数据转换为phy格式 DNAsp软件实现： 003、network软件计算： 004、 00 阅读全文

摘要： 001、 seqmagick convert aligned_sequences.fasta output.phy 002、 seqmagick convert --output-format phylip --phylip-sequential aligned_sequences.fasta ou 阅读全文

摘要： 001、 conda install -c bioconda seqmagick 002、 seqmagick 。 阅读全文

摘要： 001、删除数据 vcftools --recode-INFO-all --vcf geno_snp_rm_het.recode.vcf --exclude female_sites.list --recode --out rm_female_sites 002、提取数据 vcftools --re 阅读全文

摘要： 001、 bwa + gatk最佳实践流程比对全基因组、单独比对染色体比对深度的差异 阅读全文

摘要： 001、 vcftools --gzvcf 50_male_auto_mt_y.gz --site-mean-depth --out output_prefix 阅读全文