--split-files、--split-3

 

001、

--split-files：所有情况

--split-3：双端

–split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中
–split-files: 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃
–split-3 : 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里

--split-files通用。

 

ref：

01：https://www.biostars.org/p/186741/