python 中 pyfaidx 模块统计fasta文件每一条染色体的长度

 

001、python版本 和 pip版本

a、python版本

[root@PC1 pip]# python --version
Python 3.11.3

 

b、pip版本

[root@PC1 Python-3.11.3]# pip --version
pip 23.1.2 from /usr/local/lib/python3.11/site-packages/pip (python 3.11)

 

002、利用 pip安装 pyfaidx 模块

[root@PC1 Python-3.11.3]# pip install pyfaidx

 

003、利用pyfaidx统计染色体的长度

[root@PC1 test]# ls
a.fa
[root@PC1 test]# cat a.fa                    ## 测试fasta文件
>chr1
aattcc
gg
>chr2
gg
>chr3
ggcc
>chr4
ggcctt
aacccc
tt
[root@PC1 test]# faidx a.fa -i chromsizes   ## 统计每一条scaffold的长度
chr1    8
chr2    2
chr3    4
chr4    14