bookdown - 撰写和发表自己的网络书籍/文档
BOOKDOWN官网 - bookdown上有不少人发布了自己的电子书
bookdown-demo （一个demo，github源码）- Rstudio出品，Yihui Xie开发，著名单细胞课程在用，y叔也在用 【强力推荐】
bookdown的优势
- 完全开源，向收费说不
- 完全自定义，想干啥就干啥
- 有Rstudio背书，可以大胆的长期使用
- 静态网站，很容易部署到Internet
- 支持LaTeX，可以直接导出tex文档
- 导出排版好的PDF文档和kindle文档
- 使用十分方便，安装后可以专心使用RMarkdown写作
- 写完后直接排序组合，一键build成书
R Markdown的优势（值得系统学习）
- 代码与文本共存，程序员的最爱
- 轻量级，再大的文件也有着极快的读取速度
- 文末可以列出参考文献，科研狗的最爱
目前生信领域有两个用bookdown写得比较好的文档：
Analysis of single cell RNA-seq data - Hemberg / github
Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees - ggtree
快速开始（里面有详细教程）
- 完全开源，直接fork到自己的github（参考），然后git pull，写完直接push。
- 不想开源，那就下载bookdown-demo，可以用Dropbox来进行跨平台的编辑。
Mac下需要预装一些工具：
- mactex - https://www.tug.org/mactex/mactex-download.html
- XeLaTeX - http://www.texts.io/support/0001/
安装bookdown的R包
install.packages("bookdown")
用RStudio打开bookdown-demo.Rproj
打开R Markdown文件：index.Rmd，点击右侧的Build，生成初始的网页html文件，以及其他文件（PDF、epub，tex等）
撰写文档的基本逻辑
编写一个一个的Rmd文档，注意里面的标题要规范，最终书的标题就是从每一个Rmd文档中提取出来的。
修改 _bookdown.yml 文件，里面的 rmd_files: ["index.Rmd", "intro.Rmd"] 就是书籍的章节顺序，它会完全按顺序组合，一级标题就是一个章，二级标题就是章下面的一个小结，如此展开，Rmd的文件数量不限，最终只归总标题。
_bookdown.yml 文件里的 book_filename 是 PDF 文件的名字，index.Rmd 文件里的title才是真正的书名。
掌握了这些基本就可以开始写书了。
内容与形式彻底分离了，内容在Rmd里，以后不管bookdown这个包如何更新，都可以迅速完成网站的迁移。
使用细节
使用以下功能能让你的book更加专业，甚至能让你直接使用本工具来写毕业论文。
去掉一些不必要的花哨功能
去掉右侧的Facebook等链接，得改包。
优化搜索功能，搜索是确实烂，得改进包。
插入数学公式
插入代码
文内跳转
随时跳转到文档的任意一处，在标题后面添加 {#label} 来标记一个地方，然后用 \@ref(intro) 来构建跳转链接。
图像和表格也可以跳转，只不过在其表头要添加标记，跳转格式一样。
参考文献
参考文献稍微复杂些，需要在 book.bib 文件里手动输入参考文献。
我看有人用 betterbib，可以生成更为标准的参考文献。
注意：就算把文献添加到bib文件了，如果文中没有引用，那也还是不会出现在文中的。
建议使用 zotero-better-bibtex 插件，浏览文献官网，用插件导入文献zotero，然后到处LaTeX的参考格式，加到bib文件里即可。
可以接着谢益辉做的事：
搭建一个平台，构建合适的接口，让每个人都能开发自己的book；
主题，主题要能满足每个人的需求；
封面，自定义封面；
自定义功能；
优化搜索；
创建一个网站，能够自动读取github的Rmd文件，来生成一个html和pdf的书籍。
RMarkdown的基本语法
基本的markdown语法
标题，一级二级三级等
有序无序列表
粗体斜体
专有引用
段落引用
分割线
插入链接
插入图片
插入表格
插入视频
插入代码
RMarkdown进阶语法
插入数学公式
插入跳转链接
插入参考文献
参考：
