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橙子牛奶糖
简介:陈文燕,本科暨南大学,中科院博士。 欢迎关注微信公众号“bio生物信息”,进群与众多生信同行一起讨论学术问题。私信不回,有问题请在文章下面评论。
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2018年1月14日
斯坦福大学公开课机器学习:advice for applying machine learning | learning curves (改进学习算法:高偏差和高方差与学习曲线的关系)
摘要: 绘制学习曲线非常有用,比如你想检查你的学习算法,运行是否正常。或者你希望改进算法的表现或效果。那么学习曲线就是一种很好的工具。学习曲线可以判断某一个学习算法,是偏差、方差问题,或是二者皆有。 为了绘制一条学习曲线,通常先绘制出训练集数据的平均误差平方和(Jtrain),或者交叉验证集数据的平均误差平
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posted @ 2018-01-14 17:24 橙子牛奶糖
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2018年1月13日
斯坦福大学公开课机器学习: advice for applying machine learning | regularization and bais/variance(机器学习中方差和偏差如何相互影响、以及和算法的正则化之间的相互关系)
摘要: 算法正则化可以有效地防止过拟合, 但正则化跟算法的偏差和方差又有什么关系呢?下面主要讨论一下方差和偏差两者之间是如何相互影响的、以及和算法的正则化之间的相互关系 假如我们要对高阶的多项式进行拟合,为了防止过拟合现象,我们要使用图下所示的正则化。因此我们试图通过下面的正则化项,来让参数的值尽可能小。正
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posted @ 2018-01-13 17:18 橙子牛奶糖
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斯坦福大学公开课机器学习:advice for applying machine learning | diagnosing bias vs. variance(机器学习:诊断偏差和方差问题)
摘要: 当我们运行一个学习算法时,如果这个算法的表现不理想,那么有两种原因导致:要么偏差比较大、要么方差比较大。换句话说,要么是欠拟合、要么是过拟合。那么这两种情况,哪个和偏差有关、哪个和方差有关,或者是不是和两个都有关,搞清楚这点很重要。能判断出现的情况是这两种中的哪一种,是一个很有效的指示器,指引着可以
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posted @ 2018-01-13 15:08 橙子牛奶糖
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2018年1月10日
四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时,SNVs数量的比较(Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data)
摘要: 摘要:如果不设置任何过滤标准的话,SOAPsnp会call出更多的SNVs;AtlasSNP2算法比较严格,因此call出来的SNVs数量是最少的,GATK 和 SAMtools call出来的数量位于SOAPsnp 和 Atlas-SNP2之间;四种calling算法的整体一致性是很低的,尤其在n
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posted @ 2018-01-10 15:36 橙子牛奶糖
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2017年12月25日
斯坦福大学公开课机器学习:advice for applying machine learning | model selection and training/validation/test sets(模型选择以及训练集、交叉验证集和测试集的概念)
摘要: 怎样选用正确的特征构造学习算法或者如何选择学习算法中的正则化参数lambda?这些问题我们称之为模型选择问题。 在对于这一问题的讨论中,我们不仅将数据分为:训练集和测试集,而是将数据分为三个数据组:也就是训练集、验证集和测试集。本节将会介绍这些内容的含义,以及如何使用它们进行模型选择。在前面的学习中
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posted @ 2017-12-25 15:14 橙子牛奶糖
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2017年12月20日
Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结
摘要: 外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis): 1、对突变频率、突变类型、突变方式进行统计分析 Mutations statistical analysis 具体见下图: 参考文献:Di, Jiabo, et
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posted @ 2017-12-20 14:09 橙子牛奶糖
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2017年12月17日
斯坦福大学公开课机器学习: advice for applying machine learning - evaluatin a phpothesis(怎么评估学习算法得到的假设以及如何防止过拟合或欠拟合)
摘要: 怎样评价我们的学习算法得到的假设以及如何防止过拟合和欠拟合的问题。 当我们确定学习算法的参数时,我们考虑的是选择参数来使训练误差最小化。有人认为,得到一个很小的训练误差一定是一件好事。但其实,仅仅是因为这个假设具有很小的训练误差,当将其样本量扩大时,会发现训练误差变大了,这说明它不是一个好的假设。比
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posted @ 2017-12-17 19:35 橙子牛奶糖
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斯坦福大学公开课机器学习:advice for applying machine learning - deciding what to try next(设计机器学习系统时,怎样确定最适合、最正确的方法)
摘要: 假如我们在开发一个机器学习系统,想试着改进一个机器学习系统的性能,我们应该如何决定接下来应该选择哪条道路? 为了解释这一问题,以预测房价的学习例子。假如我们已经得到学习参数以后,要将我们的假设函数放到一组新的房屋样本上进行测试,这个时候我们会发现在预测房价时,产生了巨大的误差,现在我们的问题是要想改
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posted @ 2017-12-17 18:13 橙子牛奶糖
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斯坦福大学公开课机器学习: neural networks learning - autonomous driving example(通过神经网络实现自动驾驶实例)
摘要: 使用神经网络来实现自动驾驶,也就是说使汽车通过学习来自己驾驶。 下图是通过神经网络学习实现自动驾驶的图例讲解: 左下角是汽车所看到的前方的路况图像。左上图,可以看到一条水平的菜单栏(数字4所指示方向),白亮的区段显示的就是人类驾驶者选择的方向。而最右端则对应向右急转的操作(箭头3),中心稍微向左一点
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posted @ 2017-12-17 15:26 橙子牛奶糖
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2017年12月13日
看了一场不正经的艺术展(以色列:飞鸟与曼陀罗)
摘要: 光明节第二天~ 先上一张图镇博客,以此说明为什么不正经o(*////▽////*)q 看完不正经图片后,进入主题~ 在以色列宗教文化当中,曼陀罗代表着信仰与天堂,人们对其赋予很高的意义,很多艺术家以曼陀罗为主题画了相当多的艺术品。 比如阿泰·翰(Attai Chen)的艺术作品: 飞鸟在以色列文化中
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posted @ 2017-12-13 19:38 橙子牛奶糖
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