摘要：
进入NCBI网站 在SNP的搜索框中输入SNP位点，比如“rs52811957” 在弹出的对话框中选择“Gene View” 进入以后会显示该变异相邻SNP、原始氨基酸、变异后的氨基酸、position等 阅读全文
posted @ 2018-06-27 20:39
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摘要：
1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令： 注意：输入的vcf以gz格式存在，不然会报错：Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式，见这篇文章bcftools 阅读全文
posted @ 2018-06-22 14:47
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对于某些特殊vcf，想去除没有变异的基因型（主要形式为0|0或者0/0），则需要用到GATK的--excludeNonVariants参数，命令行如下： 参考链接： https://www.biostars.org/p/203809/ https://software.broadinstitute. 阅读全文
posted @ 2018-06-22 14:37
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摘要：
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示： sample1 sample2 sample3 3、输入命令： 参考链接： https://www.biostars.org/p/184950/ https://samto 阅读全文
posted @ 2018-06-22 10:21
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摘要：
首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件（.bed, .bim, .fam）。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： 注：这里的metaData，输入的fam文件 阅读全文
posted @ 2018-06-20 16:38
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见链接：https://www.r-bloggers.com/how-to-make-a-histogram-with-ggplot2/ 写的很完整。 此外，关于一些参数的用法： axis.text:改变坐标轴刻度值的字体大小； axis.title.x和axis.title.y改变x轴和y轴标题字 阅读全文
posted @ 2018-06-18 17:38
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摘要：
根据Samtool 的manual文档介绍，如果想搜索bam文件的某段区域，需要用到以下命令： 于是聪明的我也跟着命令搜索了这段区域的序列，结果报错：[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown ref 阅读全文
posted @ 2018-06-15 17:17
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file1的内容如下： a b c d e f g h 现在想要修改成 a b c:d e f g:h 则需要用到如下命令： 阅读全文
posted @ 2018-06-10 20:40
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摘要：
利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式，需要用到“-Oz”和“index”命令，具体如下： 阅读全文
posted @ 2018-06-07 17:05
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摘要：
由于plink1.9和1.07这两个版本互掐，经常出现各种不兼容问题，“.bim file has a split chromosome. Use --make-bed by itself to remedy this.”报错就是一个典型的版本问题，版本1.9解决这种问题需要用到以下命令行： 用-- 阅读全文
posted @ 2018-05-22 09:36
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