橙子牛奶糖

摘要： 该文献纳入了EGG（Early Growth Genetics Consortium）和UK biobank两大数据库，分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体。这两个数据用到的样本量分别如下： Early Growth Genetics Consortium（网址：http://egg-consortium. 阅读全文

摘要： 1、进入网站http://snpeff.sourceforge.net/，下载snpeff: 2、解压、安装 解压后出现如下图： 3、注释变异： 注：由于snpeff是一个基于java的软件包，需要在有java的环境中运行，因此使用此工具包前先安装好java，如果已经安装过java，则忽略此。 结果 阅读全文

摘要： miniconda2版本比较低时会出现这种报错，通过更新miniconda2就可以解决这个问题，用到的命令行： 参考链接：https://stackoverflow.com/questions/33488081/why-is-anaconda-source-activate-non-existent 阅读全文

摘要： 如下图所示，想把含有‘-nan’字符串的行提取出来 则用到awk函数，命令行如下： 效果如下图： 注：上述只提取第三列，如果想提取所有不匹配的行的所有列，则将$3改为$0 阅读全文

摘要： plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.3版本 参考链接： 阅读全文

摘要： 下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下： 其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下： population_2.txt的格式同population_1.txt，只有一列sample名字的信息。 计 阅读全文

摘要： 如下文件所示，只想提取红框中的内容，即进行提取第一列，且去除第一行的操作 则用到下列命令行： 得到如下图： 阅读全文

摘要： 进入链接：http://www.internationalgenome.org/data-portal/sample 点击“filter by population”,在弹出的选择框里，选择想要下载的population，比如CHB。然后再点击“download the list” 下载后，保存文件 阅读全文

摘要： 所用的函数非常简单，只需要用到mesh函数，示例代码如下： 参考链接：https://cn.mathworks.com/matlabcentral/answers/17998-image-processing-how-can-i-create-a-3d-density-plot-based-on-t 阅读全文

摘要： 假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度 首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置，查询链接：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-1 阅读全文