橙子牛奶糖

摘要： 如果想从一堆数据集中随机抽出一个数，用sample函数就能实现，代码展示如下： 类似的，从数据集随机抽出两个数或者三个数则将1改为2或者3即可： 结果如下所示： 阅读全文

摘要： SNP (Single Nucleotide Polymorphism):强调在一个群体中具有一定频率的变异，一般为二态性。比如G→C SNV ( single nucleotide variants ) :包含多种单核苷酸变异，比如该位点可能由T变C，也可能由T变A。则T→C,A。SNV并没有强调 阅读全文

摘要： 计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算： 很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，--freq表示计算等位基因频率，--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体，当然，你也可以选择你想计算的染色体区域，filefreq指的是输出的文件名。 结果如下图所示： 阅读全文

摘要： 如果想输出所有的列的话，只需要$0这个函数，例如以下命令： rs16945916指的是打印在行中含有该字符的所有列。 阅读全文

摘要： 批量修改文件的分隔符，可以用FS和OFS命令 FS：Field Separator，字段分隔符 OFS：Out of Field Separator，输出字段分隔符 假设有这么一个文件file1.txt,其内容如下： 可以看出，file1的分隔符很长，不止一个空格符组成，因此我们需要先将分隔符统一一 阅读全文

摘要： 最近在整理文件，准备把vcf文件转化为Excel格式，或者CSV格式，网上搜了一堆资料，还真有人专门开发出转化格式的工具：叫vcf2csv（下载地址http://vcf2csv.sourceforge.net/#links），赶紧下载安装，开始转化，结果弹出行列不一致的错误，遂放弃。 尝试了一堆无用 阅读全文

摘要： 假如有三个文件file1.txt，file2.txt，file3.txt 每一个文件内容如下： 现在打算提取每一个文件字符为16的行，打印该行所有的内容、以及该文件名，并追加到file4.txt，则可以用以下命令： 则file4.txt的内容会如下： 阅读全文

摘要： 对于下图，左边是行人，作为阳性例子，赋值y=1,右边是景物，作为阴性例子，赋值y=0; 步长概念： 如下图所示，步长表示绿色框框移动的距离，有时候也称为滑动参数stride,如果一次移动一个像素，则称步长为1，通常步长为1时，表现最好，但是计算成本高，一般，选用4或8个步长更为常见。 通过绿色框框进 阅读全文

摘要： 本章节主要讲怎么确定梯度下降的工作是正确的，第二是怎么选择学习率α，如下图所示： 上图显示的是梯度下降算法迭代过程中的代价函数j(θ)的值，横轴是迭代步数，纵轴是j(θ)的值 如果梯度算法正常工作，那么每一步迭代之后，那么j(θ)值应该是每一次迭代后都会相应降低，曲线的用处在于告诉你迭代到哪一步之后 阅读全文

摘要： 以房屋价格为例，假设有两个特征向量：X1：房子大小（1-2000 feets）, X2：卧室数量（1-5） 关于这两个特征向量的代价函数如下图所示： 从上图可以看出，代价函数是一个又瘦又高的椭圆形轮廓图，如果用这个代价函数来运行梯度下降的话，得到最终的梯度值，可能需要花费很长的时间，甚至可能来回震动 阅读全文