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摘要: 出现这种问题说明一般存在两个问题: 第一,vcf文件不足8个分割制表符,比如像如下文件: 为了解决这个问题,说明在做snp filter时候,需要提取至少8个制表符的字符串,比如,像如下文件所示: 第二个问题:字符串之间是非制表符分隔的,比如下图: 显然,上图字符串之间的间隔只有一个空格,因此需要将 阅读全文
posted @ 2017-07-20 16:17 橙子牛奶糖 阅读(1604) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 如下图片所示: 对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合; 如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。 阅读全文
posted @ 2017-06-25 18:15 橙子牛奶糖 阅读(2554) 评论(2) 推荐(1)
摘要: 在做外显子分析Indel Realigner时,弹出以下错误: Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/broadinstitute/gatk/engine/CommandLineGATK : Un 阅读全文
posted @ 2017-06-25 15:36 橙子牛奶糖 阅读(1341) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 假设有文件长如下样子: CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT samplename 1 3552841 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT: 阅读全文
posted @ 2017-06-20 23:40 橙子牛奶糖 阅读(7714) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 方法一: 用以下命令修复: bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq bbrename.sh 下载地址网上自行搜索 对于多个fq文件,可以用以下命令: while read line do nohu 阅读全文
posted @ 2017-06-20 18:20 橙子牛奶糖 阅读(2758) 评论(2) 推荐(0)
摘要: 运行一下程序时出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错 说明要先更新hg19.dict,在做上步之前,先运行如下命令: 运行完后,会得到1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vc 阅读全文
posted @ 2017-06-17 17:30 橙子牛奶糖 阅读(1432) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 在运行如下程序时出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错: 出现这种报错说明内存不足。因此我们可以加上“-Xmx”参数 阅读全文
posted @ 2017-06-17 17:14 橙子牛奶糖 阅读(3463) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 在Linux中,对于echo命令,保存文件时,">"和">>"是有区别的; 假如有A_R1,B_R2,C_R1三个字符 经上步处理,name.txt文件则保存A,B,C三个字符串 经上步处理,name.txt文件则保存C最后这个字符串 阅读全文
posted @ 2017-06-14 21:55 橙子牛奶糖 阅读(5274) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 对于解压多个.gz文件的,用此命令: 对于解压多个.tar.gz文件的,用下面命令: 阅读全文
posted @ 2017-06-07 23:32 橙子牛奶糖 阅读(7279) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 出现这种问题时,先检查代码有没有问题,换一张图片是不是也有闪退情况。 如果以上都检查过没问题,还是有闪退现象,那就检查MATLAB的版本是不是太低了,比如r2010a版本运行edge函数时,就经常出现闪退现象。 解决方式就是,安装一个高级一点的版本。 阅读全文
posted @ 2017-05-16 10:48 橙子牛奶糖 阅读(807) 评论(0) 推荐(0)
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