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摘要: Swiss-model也是一款预测蛋白质结构模型的工具。网页地址:https://swissmodel.expasy.org/ 首先,进行常规的注册后,点击start modelling 以搜索BRCA1蛋白质为例: 进入NCBI的protein网页:https://www.ncbi.nlm.nih 阅读全文
posted @ 2017-12-01 17:07 橙子牛奶糖 阅读(20697) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 见维基的解释: An intrinsically disordered protein (IDP) is a protein that lacks a fixed or ordered three-dimensional structure.IDPs cover a spectrum of stat 阅读全文
posted @ 2017-11-27 17:08 橙子牛奶糖 阅读(1935) 评论(0) 推荐(0)
摘要: I-TASSER是一款用于预测蛋白质结构和功能的工具,网站链接:https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ 具体描述如下: I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement) is a hierarch 阅读全文
posted @ 2017-11-27 11:15 橙子牛奶糖 阅读(12878) 评论(10) 推荐(2)
摘要: 神经网络是在模仿大脑中的神经元或者神经网络时发明的。因此,要解释如何表示模型假设,我们先来看单个神经元在大脑中是什么样的。如下图,我们的大脑中充满了神经元,神经元是大脑中的细胞,其中有两点值得我们注意,一是神经元有细胞主体,二是神经元有一定数量的输入神经。这些输入神经叫做树突,可以把它们想象成输入电 阅读全文
posted @ 2017-11-26 17:28 橙子牛奶糖 阅读(1188) 评论(0) 推荐(0)
摘要: MutPred的功能是预测氨基酸替换后的致病性及其分子机制,旧版本见链接:http://mutpred1.mutdb.org/ 新版本更新为MutPred2,见网站链接:http://mutpred2.mutdb.org/index.html,如下图所示,点击predict here 操作步骤见下图 阅读全文
posted @ 2017-11-22 17:27 橙子牛奶糖 阅读(2337) 评论(6) 推荐(0)
摘要: 假如有test1.txt的格式如下图所示: 有test2.txt的内容如下: 现需将test2.txt含有的关键字的行搜索出来并显示行数 则可以用到命令: 运行后,效果如下: 36840733和36909134表示含有这两个关键字所在的行数。 阅读全文
posted @ 2017-11-15 19:04 橙子牛奶糖 阅读(29895) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run 下面详细说明怎么解决这个问题。 首先需要下载htsjdk软件,下载地址: http: 阅读全文
posted @ 2017-10-30 17:10 橙子牛奶糖 阅读(456) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index. Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题: 阅读全文
posted @ 2017-10-28 17:56 橙子牛奶糖 阅读(612) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matchin 阅读全文
posted @ 2017-10-28 14:50 橙子牛奶糖 阅读(947) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 如上图所示,如果用逻辑回归来解决这个问题,首先需要构造一个包含很多非线性项的逻辑回归函数g(x)。这里g仍是s型函数(即 )。我们能让函数包含很多像这的多项式,当多项式足够多时,那么你也许能够得到可以分开正样本和负样本的分界线,如图下粉红色分界线所示: 当只有两项时,比如x1、x2,这种方法能够得到 阅读全文
posted @ 2017-10-21 22:25 橙子牛奶糖 阅读(872) 评论(0) 推荐(0)
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