2018年3月15日
plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）
摘要： plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.3版本 参考链接： 阅读全文
posted @ 2018-03-15 16:17 橙子牛奶糖 阅读(9477) 评论(0) 推荐(4)
使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数（Fixation index，FST）
摘要： 下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下： 其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下： population_2.txt的格式同population_1.txt，只有一列sample名字的信息。 计 阅读全文
posted @ 2018-03-15 11:22 橙子牛奶糖 阅读(9603) 评论(5) 推荐(1)