plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式

plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式

两个版本用到的命令不一样

对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为:

plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf

生成的vcf为4.2版本

对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为:

plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf

生成的vcf为4.3版本

 

参考链接:

http://www.cog-genomics.org/plink/2.0/formats#vcf

http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#vcf

posted @ 2018-03-15 16:17  橙子牛奶糖  阅读(5430)  评论(0编辑  收藏  举报