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橙子牛奶糖
简介:陈文燕,本科暨南大学,中科院博士。 欢迎关注微信公众号“bio生物信息”,进群与众多生信同行一起讨论学术问题。私信不回,有问题请在文章下面评论。
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2021年1月28日
shell实现碱基/氨基酸序列提取(sed,grep,awk三大利器走向天下)
摘要: 假定存在file.fa文件,其序列如下所示: 现在有四个任务,分别如下所示: 任务一:提取包含“RBFOX1”字符的序列 第一步:sed -i '/>/i\@' file.fa file.fa指的是包含所有序列的文件;这一步的意思是在以">"开头的字符串前一行加上"@",方便后续序列的识别和匹配;
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posted @ 2021-01-28 20:10 橙子牛奶糖
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2021年1月24日
本周最新文献速递20210124
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition 不想看英文题目: 大规模关联分析探究影响人类肠道微生物组组成的宿主
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posted @ 2021-01-24 22:53 橙子牛奶糖
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2021年1月19日
Linux:显示特定字符所在的行,并统计特定字符之间的行数差(grep, awk)
摘要: 举个例子,我想计算>开头的行之间的行数差距,如下截图,>开头的行分别在第1、8、18、25、32行。因此,第1、8、18、25、32行之间的行数差为7、10、7、7。 使用如下命令即可完成: grep -n ">" file | awk 'NR==1{tmp=$1;print $1}NR>1{pri
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posted @ 2021-01-19 16:12 橙子牛奶糖
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2021年1月17日
本周最新文献速递20210117
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: Single cell transcriptomic analysis of human pluripotent stem cell chondrogenesis 不想看英文题目: 人软骨来源多能干细胞的单细胞转录组学分析 杂志和影响因子: Nat Commun(1
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posted @ 2021-01-17 23:00 橙子牛奶糖
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2021年1月10日
本周最新文献速递20210110
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: FOXP1 negatively regulates intrinsic excitability in D2 striatal projection neurons by promoting inwardly rectifying and leak potassi
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posted @ 2021-01-10 20:34 橙子牛奶糖
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2021年1月8日
孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效(power)和样本量计算
摘要: 孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效(power)和样本量计算 1 统计功效(power)概念 统计功效(power)指的是在原假设为假的情况下,接受备择假设的概率。 用通俗的话说就是,P<0.05时,结果显著(接受备择假设); 在此结论下,我们有多大的把握坚信结
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posted @ 2021-01-08 19:04 橙子牛奶糖
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2021年1月2日
本周最新文献速递20210102
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: Aging-Associated Alterations in Mammary Epithelia and Stroma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 不想看英文题目: 单细胞RNA测序揭示乳腺上皮和间质的衰老相关变化
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posted @ 2021-01-02 22:54 橙子牛奶糖
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2020年12月28日
本周最新文献速递20201227
摘要: 本周最新文献速递 一 文献题目: Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis 不想看英文题目: 整合单细胞RNA-Seq和ATAC-Seq数据分析人类发育过程中造
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posted @ 2020-12-28 19:52 橙子牛奶糖
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2020年12月21日
本周最新文献速递20201220
摘要: 本周最新文献速递 一 (这篇文献是读者发给我的,希望我解读一下,交个差) 文献题目: Parallel selection on a dormancy gene during domestication of crops from multiple families 不想看英文题目: 休眠基因在作物
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posted @ 2020-12-21 11:30 橙子牛奶糖
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2020年12月18日
Post-GWAS: eQTL、mQTL共定位分析(Summary-data-based Mendelian Randomization,SMR)
摘要: 1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作,旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。 传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析,鉴定与表型相关的基因座,但鉴定出来的位点大多数位于基因间隔区,其如何通过
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posted @ 2020-12-18 20:33 橙子牛奶糖
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