橙子牛奶糖

摘要： 一 文献题目： A genome-wide association study of severe asthma exacerbations in Latino children and adolescents 不想看英文题目： 拉丁裔儿童和青少年急性哮喘发作的全基因组关联研究 杂志和影响因子： E 阅读全文

摘要： 遗传相关的计算之前介绍过几次了，感兴趣的翻之前的推文： 1、利用GCTA工具计算复杂性状/特征（Complex Trait）的遗传相关性（genetic correlation） 2、LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性 之前的两篇推文均有一个小局限，就是针对多个表型间的遗传相关性计算 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 今天有点忙，但文献分享不能落下，因此先介绍两篇吧。 一、不显著，也可以在高分杂志讲故事 文献题目： Genetic Regulation of Atherosclerosis-Relevant Phenotypes in Human Vascular Smooth Muscle C 阅读全文

摘要： 传统的全基因组关联分析（GWAS）计算的是单个SNP与表型的相关性，除此之外，我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 本推文主要介绍的是SNP间的上位效应与表型的相关性分析。 上位效应的公式为：Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e Y为表型，A和B分别为两 阅读全文

摘要： 多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用 多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）的计算，我在去年的推文中就已经写过。 感兴趣的请见之前的推文：GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算 纵观这 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： Identification of a Core Module for Bone Mineral Density through the Integration of a Co-expression Network and GWAS Data 不想看英文题目： 整合 阅读全文

摘要： FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 开发、维护。 不多说，下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。 1、安装、下载FEM if (!requireNamespace("BiocManage 阅读全文

摘要： No phenotype name specified, defaulting to 'outcome'.Error in [[<-.data.frame(*tmp*, type, value = "outcome") : replacement has 1 row, data has 0 这个报错 阅读全文

摘要： log2(mean(case))- log2(mean(control))或log2(mean(case)/mean(control)) mean(case) 指的是case样本的平均表达值；control同理； 忙，没时间解释，先记录一下。 阅读全文

摘要： 最近在做甲基化分析，看到logFC值，突然好奇这个值是怎么转化过来的。 测试了一下，limma的logFC值与glm函数的Estimate值是一样的。 以下是limma包的结果，可以看到 logFC值为-0.09222974： logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B 阅读全文