生物信息与育种

摘要： 最近安装github上的R包，经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误。起初以为是网络的问题，换了 阅读全文

摘要： 文献来源： 尹立林, 马云龙, 项韬, 朱猛进, 余梅, 李新云, 刘小磊, 赵书红. 全基因组选择模型研究进展及展望[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 233-242. 华中农大赵书红老师于2019年发表在《 畜牧兽医学报》上的综述，主要针对动物。 1. GS概况 2009年开始奶 阅读全文

摘要： Genomic SelectioninPlant Breeding: Methods,Models,and Perspectives 国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）José Crossa 2017年发表在《Trends in Plant Science》上的综述。 1. GS/GP在植物育种中 阅读全文

摘要： GS应用主要在国外大型动物和种企，国内仍以学术为主。近期整理相关学术文献，了解到一些相关研究人员，记录下备忘查询，但不可能全面。 1.GS研究 Theo Meuwissen（挪威生命科学大学） GS概念提出者，号称“基因组选择之父”，贝叶斯方法为主，但是做动物的，所以可略过。 https://www 阅读全文

摘要： 综述：Genomic Selection in the Era of Next Generation Sequencing for Complex Traits in Plant Breeding 要点： MAS仅对数量较少的主效QTL有效，而GS适用于大量微效QTL控制的复杂数量性状。GS根据分布 阅读全文

摘要： 转自公众号Eric生信小班。学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachi 阅读全文

摘要： 转自公众号Mol Plant植物科学，学习三代组装策略 PacBio+BioNano+Hi-C+遗传图谱 薏苡，又称薏米或薏苡仁，起源于亚洲，是远古乃至中国夏商时代最重要的作物之一。据文献记载及考古学发现互相印证，薏苡在中国有~7000年的栽培和驯化历史[1]。薏苡除了作为我国原产的传统药、食两用经 阅读全文

摘要： 转自希望组公众号。学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦（Betula pendula）是一种速生乔木，能在短短一年时间内开花，木质坚实，可做细工、家具等，经济价值极高。近日，芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序，并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序，为林木基因组学研究和遗传改 阅读全文

摘要： 前提是gz文件超大，如上百G，肯定不能直接解压来做。 不解压情况下获取gz超大文件的前/后几行？ gzip -cd test.gz |head -100 gzip -cd test.gz |tail -100 Perl读入gz文件操作？ use PerlIO::gzip; open IN,"<:gz 阅读全文

摘要： 1.分析软件 很多很多软件，最常用的有： MEGA PHYLIP 构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法），Booststrap验证。 通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。 如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。可以用类似SNPhylo的 阅读全文